七月份，康熙皇帝任命化善为蒙古都统。接着，湖广提督徐治都在应城大败了夏逢龙，并焚烧了他们的船只，使得敌人逃到了黄冈。丙戌日，康熙皇帝去塞外巡视。戊子日，南阳总兵史孔华收复了汉阳。庚寅日，瓦岱收复了黄州，并捕获了夏逢龙，最后他被处以磔刑，叛乱被平定。壬午日，云南提督万正色因为冒领军饷而被判死刑，但康熙皇帝考虑到他之前在被敌人俘虏时表现出的不屈精神以及他在战争中的贡献，免除了他的死罪，革去了他的提督职务，但仍保留了他的世袭官职。壬辰日，康熙皇帝在喀尔必哈哈达驻扎，并将一个名为纳哈里的山峰赐予了新的名字。
八月份，康熙皇帝在巴颜沟进行狩猎。此时，叶映榴的遗疏送到了皇帝手中，皇帝赠予他工部侍郎的职位，并下令对他的家人进行优厚的抚恤。乙卯日，张玉书奏报说，他在检查河工时，大多采用了靳辅之前的建议。
九月份，康熙皇帝派遣彭春、诺敏率兵驻扎在归化城以防备边境。那时，喀尔喀被噶尔丹攻破，他们靠近了边境。皇帝派遣阿喇尼去传达他的旨意，并运送粮食去赈济和安抚他们。辛卯日，康熙皇帝返回京城。癸巳日，重新设立湖广总督，任命丁思孔担任此职。
十月份，康熙皇帝将杨素蕴调任为湖广巡抚。庚戌日，任命辅国公绰克讬为奉天将军。乙卯日，皇帝为大行太皇太后（即孝庄文皇后）确定了尊谥，并在辛酉日将她的牌位升入了太庙，同时向全国发布了诏书。
十一月份，因为讨伐敌人时逗留不前，荆州将军噶尔汉等人被剥夺了职务，并被鞭打一百下。而那些跟随敌人并接受官职的官吏被逮捕治罪，其余的人被宽恕。
十二月份，康熙皇帝任命希福为蒙古都统。甲辰日，建立了福陵、昭陵的圣德神功碑，皇帝亲自撰写了碑文。乙巳日，任命尼雅翰为西安将军。己酉日，张玉书被提升为礼部尚书，徐元文被提升为刑部尚书，并再次被提升为户部尚书。丙寅日，康熙皇帝返回京城。兵部、工部联名上疏，说福建之前制造炮船时减少了工料银二万余两，应该由已故的总督姚启圣来赔偿。但康熙皇帝考虑到姚启圣在经营平台方面有很大的功绩，所以决定不再追究。
这一年，皇帝免除了江南、江西、湖广、云南、贵州等省三十三个州县的灾民的部分赋税。朝鲜和琉球也向清朝进贡。
康熙二十八年己巳年的春天正月庚午日，皇帝下诏要南巡并亲自视察河工情况。丙子日，皇帝启程出发。同时下诏，所经过的地方都不要让百姓整修道路。献县的百姓向皇帝进献了优质的稻谷。壬午日，皇帝下诏免除山东的地丁赋税。甲申日，皇帝驻跸在济南。乙酉日，皇帝到泰山进行祭祀。庚寅日，皇帝到达剡城，并视察了中河。壬辰日，皇帝到达清河。癸巳日，皇帝下诏免除江南地区累积欠下的二十余万赋税。乙未日，皇帝驻跸在扬州。皇帝下诏说：“我此行是视察风俗民情，不设置盛大的仪仗队，随行的护卫人员也仅三百人。刚才驻在扬州时，看到民间结彩盈街，虽然这是出于百姓的爱戴和尊敬，但也会稍微损耗一些民力。因此，对于前方将要经过的城镇，都应当停止这种迎驾的活动。”
二月辛丑日，皇帝驻跸在苏州。丁未日，驻跸在杭州。皇帝下诏增加学额，赏赐军士，恢复因公事被降职的官员，并赐予随行的王大臣们银币，赐给驻防地的老年百姓金子。辛亥日，皇帝渡过钱塘江，到达会稽山麓。壬子日，皇帝祭祀禹陵，亲自撰写了祭文，并题名，行了九叩礼，并制作了颂词刻在石碑上，碑额为“地平天成”。癸丑日，皇帝返回杭州驻跸。视察了骑射训练，并赐给将军以及官兵盛大的宴会。丁巳日，皇帝到达苏州。已故的湖广粮道叶映榴的儿子敷迎接圣驾，为他的父亲请求谥号。皇帝赐予“忠节”两个大字。松江的百姓为皇帝建造了石碑祈求长寿，并献上碑文。江南的百姓请求皇帝留下，并献上当地特产作为御食，堆积在岸边。皇帝下令只取一小撮米和一枚果子，作为留下的理由。浙江巡抚金鋐有罪，被削职遣戍。任命张鹏翮为浙江巡抚。增设了武昌、荆州、常德、岳州的水师。癸亥日，皇帝驻跸在江宁。甲子日，皇帝祭祀了明陵。赐给江宁、京口驻防的高龄男女白金。乙丑日，皇帝视察了射箭训练，并赐给宴会。皇帝还参观了观星台，与学士李光地讨论了星象，发现参宿在觜宿之前，恒星随天而动，老人星应该在江南出现，而不是隐没。江宁的士民请求皇帝留下圣驾，皇帝因此多留了两日。
三月戊辰朔日，皇帝从江宁出发。甲戌日，皇帝视察了高家堰，并指示了治理河道的策略。丙戌日，皇帝返回京城。听闻安亲王岳乐去世的消息后，皇帝首先到他的府邸哀悼，然后才回宫。丁亥日，皇帝下令八旗科举考试要先进行骑射考试。戊子日，皇帝下诏称赞靳辅治理河道的功绩显着，可以恢复他的原职。丁酉日，增设了八旗火器营，由副都统来统领。
闰三月壬子日，皇帝赐予安亲王岳乐祭葬并立碑，谥号为“和”。己未日，皇帝去谒陵。丙午日，谒孝庄皇后山陵和孝陵。辛酉日，皇帝返回京城。
夏季四月乙亥日，是月初一，皇帝撰写了关于孔子的赞序以及颜回、曾参、子思、孟子的四篇赞文，并颁发给学宫。壬辰日，再次命令索额图等人前往尼布楚，与俄罗斯（鄂罗斯）商议并确定边界。喀尔喀外蒙古归附清朝，并报告饥荒。皇帝命令内大臣伯费扬古前往赈济安抚他们。同时，皇帝还下令在台湾铸造钱币。
五月乙巳日，任命阿兰泰、徐元文为大学士，顾八代为礼部尚书，郭琇为左都御史。壬戌日，颁布了《孝经衍义》。癸亥日，命令归化城的驻军做好边防准备。
六月乙亥日，任命佟宝为宁古塔将军。两广总督吴兴祚因为铸造钱币不实而被罢免官职。
秋季七月，任命石琳为两广总督。癸卯日，册封贵妃佟氏为皇后。甲辰日，皇后去世，谥号为“孝懿”。
八月癸酉日，皇帝巡视边疆。戊寅日，驻跸在博洛和屯，并赐予当地居民银两和粮食。
九月癸卯日，皇帝返回京城。戊午日，任命倭赫为蒙古都统，额驸穆赫为汉军都统。
冬季十月丙寅日，任命郎谈为满洲都统。辛未日，增设喀尔喀两翼札萨克（蒙古官职），招集流亡者，并编入旗队。癸酉日，左都御史郭琇因为给本省巡抚写信请托而被降职。甲戌日，孝懿皇后下葬，皇帝亲自前往送行。这个月，岷州的生番归附清朝。
十一月丙申日，皇帝返回宫中。辛酉日，孝懿皇后的神主被供奉在奉先殿。
十二月乙丑日，皇帝下诏免除云南从二十一年到二十三年间民众所欠的赋税。丙寅日，皇帝在慈宁新宫朝见皇太后。戊辰日，任命张英为工部尚书。乙亥日，内大臣索额图上奏报告与俄罗斯立约，确定尼布楚为边界，并在界上立碑，碑文用五种文字书写。
这一年，还免除了直隶、浙江、湖北等省十一个州县因灾害造成的赋税。朝鲜也向清朝进贡。
二十九年庚午年的春天正月癸丑日，皇帝前往南苑。庚申日，派遣官员赈济蒙古喀尔喀。
二月甲子日，岳乐的儿子马尔浑继承了安郡王的爵位。乙丑日，派遣大臣巡视直隶地区的灾区及流民。五城的粥厂延长了救济期限，加倍发放了银两和粮食，并增设了救济处所。己巳日，皇帝亲自去孝庄文皇后的陵墓以及孝陵祭拜。庚午日，下起了大雨。癸酉日，皇帝返回京城。甲戌日，皇帝亲自参加经筵讲学。戊子日，重新起用陈廷敬为左都御史。
三月壬辰日，是月初一，免除了长芦新增加的盐税。乙未日，下诏修撰三朝国史。癸卯日，命令都统额赫纳、护军统领马赖、前锋统领硕鼐率领军队征讨厄鲁特部落。在这之前，噶尔丹的军队入侵了喀尔喀蒙古，朝廷多次下诏劝解但对方不听从，军队已经接近边塞。于是，命令额赫纳等人到边境防御。辛亥日，免除了云南黑井新增加的盐税。任命张思恭为京口将军。
夏季四月丁丑日，由于干旱，赦免了死罪以下的所有囚犯。甲申日，在阙里（孔子故里）建立了子思子庙。《大清会典》编纂完成。
五月辛卯日，是月初一，命令九卿推荐选拔州县官员中适合担任科道官员的人。
六月癸酉日，大学士徐元文被免职。戊寅日，噶尔丹追击喀尔喀并侵入了边境。皇帝命令内大臣苏尔达前往科尔沁召集蒙古军队进行防御。同时命令康亲王杰书、恪慎郡王岳希率领军队驻守在归化城。
秋季七月庚寅日，是月初一，任命张英为礼部尚书，董元卿为京口将军。辛卯日，噶尔丹入侵乌珠穆秦。皇帝命令裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔为副将军，从古北口出发；恭亲王常宁为安远大将军，简亲王喇布、信郡王鄂紥为副将军，从喜峰口出发。内大臣佟国纲、索额图、明珠、彭春等人都参与军事策划，阿密达、阿拉尼、阿南达也都到军前会合。己亥日，任命陈廷敬为工部尚书，于成龙为左都御史。癸卯日，皇帝亲自出征，从京城出发。己酉日，皇帝驻扎在博洛和屯，因疾病而返回京城。
八月乙未日，是月初一，发生了日食。抚远大将军裕亲王福全在乌阑布通大败噶尔丹，噶尔丹派喇嘛济隆前来请求和谈，但福全没有立即进攻。皇帝严厉地责备了他。乙丑日，皇帝返回京城。丙子日，噶尔丹送来誓书表示归顺。皇帝说：“这个敌人不值得信任。整顿军队等待他的下一步动作。”