三月，滇西北鹤丽镇标千总张正泰聚集无赖游勇，歃血为盟，成立“合义堂”。七月，屠杀鹤庆、丽江、剑川回民，进围邓川、浪穹，兵锋指向大理。大理及郊区回汉冲突不断升级。八月初，大理回民惊恐万状。回民父老求知府唐惇培制止。唐惇培表面上召集回汉士绅商订“互保”条约，实则以堵防张正泰为名，将回族团练全部调往上关防守。回民又请求知县毛玉成保护，毛玉成率众向唐惇培和迤西道林廷禧请命，均遭拒绝。
毛玉成垂泪而已。此时有贵州回民吕藩，住在丰城庄，素以多策谋称。情势危急，回民都来找他问计，表示愿意听从他的驱使。吕藩说：“某日黎明，团练汉人将来夺村。我们预先准备好引火之物，埋伏在附近汉村中。等到他们出兵，各村同时放火，他们会心慌意乱，不战自溃了。”大家按照他的主意办理，各个回民村庄幸得一时保存。大理城内回民看到求官无望，只好分区设防。
初九日，团练期满，迎团于四乡。火烧回族村寨、清真寺。初十日，团练围攻大理西门，回民拼死抵抗，血战数日。后来有死士50 余人，奋力占有武营军库，得火药若干、大刀多柄、陈旧火枪多支，得以暂时勉强抗拒。蒙化回民于事前两日得大理回民求救书。“忠义堂”的领导人即在清真寺开会，决议救援，他们通知各村共募得志愿青年近千人，共举马天有带队冲锋，蓝金喜、马朝珍、马金保统帅中军，马三进士办下关粮草事务，马云霄督后队，杜文秀则订行军律例、掌军法，同时通知“永胜堂”，共起弥渡、赵州回众，会师大理。八月初五，鸡鸣起行。卯时，已距下关不远，遥见关外汉团来屠下关、营头上、小关邑等处回民。红旗业已进关，有即与城内汉团会合之势。马天有出其不意，挥众而上。红旗军惊溃，马天有遂入下关，进据大理。清军团练均未大战而散，知县毛玉成、迤西道林廷禧，死于乱军之中。知府唐惇培逃往宾川，死于途中。提督文祥时在姚州，分兵回救，为时已晚。其时，张正泰急向大理奔来，回民军分三路出击，大败张正泰军。杜文秀暨蒙化回民，既据有大理，远近回民，应者日众，势力渐大。蓝金喜、马金保、马朝珍、马良、杜万荣、马名魁等，都自矜有功，各不相下；蓝金喜贪财无德，御下寡恩，更失人望；更有甚者，借机报复，侵扰人民。回民内有识之士，都恐自开衅端，遗人间隙。便发起大会，共同商讨。会中蓝金喜等竞相夸伐，独有文秀沉默不语，最后才说：“欲举大事，须收拾人心，不当专尚武力，且汉众我寡，尤须重用汉人。”大家都佩服他的见解，吕藩尤力赞其议。于是下令严禁杀戮无辜，掳掠民财，并厚葬知县毛玉成。对同情回民的文祥夫人予以抚慰。于是回汉仇杀的局面，顿成过去。而援回抗汉之师，转化成协和回汉各族的地方部队，但就是这样他们仍然不想放弃推翻清朝的大任。结果，在大理城中，回民各部欢聚一堂，随后在九月二十五日的这一天，杜文秀被推为“总统兵马大元帅”，升坛授命，授吕藩为军师，马金保为中军将军，杨荣为骠骑将军，刘纲为平东将军，陈义为镇西将军，马良为平北将军，朱开元为平南将军，蓝金喜为奋勇将军，杨德明为左翼将军，宝文明为右翼将军，马天有为前军将军，马朝珍为后军将军，张子经为总理军机正参军，马国忠为总理军机左参军，马印图为总理军机右参军。马安国为都掌教，管理伊斯兰教事务。此后又陆续设官授职。大抵武职为将军、大将军、都督、中郎将、翼长、领军、指挥、先锋、统制等，文职为参军、大参军、参议、参谋、主政、主簿、司务等；又有大冢宰为文职之最高领导，大经略为武职之长，有大司马为回民军队要员，承审司为司法之官。任用之人，开始以回民为多，其后则汉人之数目大增。对各少数民族旧有之土司根据其原来职位之高低授以抚夷大都督、抚夷大将军、宣政司、副宣政司等职。做到“外连夷长，内结汉民，进无异心，退有余地”。宣布起义军的纲领：“遥奉西京之号召，驱除满清。”其实西京也就是指的回民一部在昆明建立的政权，听从那边的指示。而我一看，好家伙这是要跟我们对着干了呀。要兵马有兵马，要官职有官职，这不离造反很近了嘛，还真别说，他们就造反了。
随后，杜文秀觉得一个政权的建立就不能没有法例来约束自己的臣民和官兵以及各级将领。所以他颁发了《管理军政条例》，5 条，关于镇守官吏执行14 条，关于军令执行28 条，关于行营23 条。略见其政治建树之大概：“一、保举官员，须审查才能，酌量功勋。果然堪授此职，方可保举前来。亦须循序渐进，勿得越级滥保。若有不论才能功勋，或私自受贿，或亲故滥行保举，实属不重名器。一经查觉，本人罢职，该保举官滥保一员，降一级，二员降二级；如至十员以上，罢职。二、地方税课，旧有例者，方准抽收。不得私加名目，妄自征收。如土产等类，亦不准勒逼抽取。违者，一经查觉，小者记过，大者参处。三、府厅州县各衙门内，不须多养闲人。至六房书吏，两班差役，以及门房签押各行，须择忠厚明白者用之。一切猾吏，不准任用，以为民害，并量其事之轻重劳逸，每月分别等第，给以工食，不准私索民间分文。如有私索一两至五（十）两者，杖一百追赃；自十两以至二十两者，杖二百，追赃抄家；自二十两以至五十两者，拟绞；至一二百两以上者，拟斩。四、文武官员，无论镇守地方，或攻开地方，不准估娶民间妇女，为妻作妾。违者，罢职。五、发兵征讨地方须委统带官一员，如元帅亲临。所有各将官，无论何职，务须听号令，勿得违抗。如违，准管带官按所订军令认真惩办，而统带官亦须秉公提调，量能委派，不得于所喜之人委以平顺之事，故意使之成功；亦不得于所恶之人，委以凶险之事，故意使之获罪。如违，实属存心偏袒，有负委托至意，应参处拿问。六、带兵官经过投诚地方，如有擅入村寨，妄动一草一木，吓诈等情，查出，不论官兵，均枭首示众。七、族分三教，各有根本，各行其是。既同营干事，均宜一视同仁，不准互相凌虐。违者，从重治罪。八、官兵如经过文武庙宇，不准驻扎。违者，治罪。”当这八条条文全部张贴出来的时候，回民内部引起了强烈的反响，认为杜文秀这个样子是很不错的，这个时候的上下级回民各层都是关系不错的，所以也都赞成杜文秀的做法。而且不仅在回民内部张贴，还大肆分发到了清军营中，甚至传到了京师我的手上，我一看才知道原来杜文秀也是一个严于立法，爱民如子的人，看起来他可以为我大清国的回民治理出一份力。所以我很敬重这一位回民起义军的领袖，虽然他打出了反清旗号，但是这有什么关系，只要是人才我们都可以接纳。
而后，不仅如此。杜文秀还想的很周到，认为回汉之间的斗争会影响各族之间的和平，就形不成一个强有力的政权，所以杜文秀为此制订和执行了民族政策，大力改善回汉关系，加强民族团结。他“重用汉人”，“不分汉回一体保护”，“回人犯罪较汉人定罪加严”。在他的297 名统属官职中，汉、白、彝、景颇、僳僳、纳西等族官员就有284 名，回族官员仅13人。文职36 名内阁参军中，大都为汉、白族。十八土司中汉族有大司寇李芳园，大司成梁国玉，大司略董飞龙；白族中有大司卫姚得胜；彝族有大司防李文学。杜文秀指出：“至若迤西，回之受职者数千，汉之受职者数万。”大理政权军队中，“汉兵十之七八，回民（兵）十之二三。”他对汉族和其他少数民族的风俗习惯和宗教信仰十分尊重。杜文秀在民族政策方面用力最勤，效果最突出。民族问题在当时当地是最不好解决的问题，杜文秀成功地解决了。从而实现了回、汉、白、彝、纳西、傣、僳僳、景颇各族人民联合的政治局面，为大理政权坚持十余年奠定了坚实的基础。并且杜文秀励志于改革官僚体系，当然指的是他们自己内部而不是整个国家，整个国家的官僚依稀已经不像以前那么膨胀了，精兵简政的政策实施以来，效果显着。各地的行政力都在大大提高，贪污的官吏也在减少，甚至于有些地方已经没有官僚贪墨财产的嫌疑了。我还动员了各级百姓自行的组织起了监察队，只要当地官吏实施了什么不合理的政策，他们都可以提出异议甚至于反驳都可以，当然不能寻衅滋事，如果个别非要寻衅的话，那不好意思拉出去大板五十下。
而后杜文秀依李芳园的建议，“改正朔，蓄全发，易衣冠”。废除府厅州县制，把属地改为64 四，每设大使1 人（镇守使）、参军1 人（州县官）、主簿1 人（管财务）、承审司1 人（管司法）。进而严明法制，廉洁吏治，稳定了社会秩序。杜文秀采取了一系列恢复和发展生产的措施。对发展农业、商业、矿业、手工业生产极为重视。兴修水利，发贷耕牛、籽种给农民耕种。农忙季节则避免大量调动军队和征调夫役。规定“田赋征粮米，除丁银”。“地方税课，旧有例者方准抽取。不得私加名目，妄自征收”。“每年征粮一次，其余大小苛敛一律豁免”。并轻征商税招徕外地商人、商贩和手工业者免税；在交通要道或险要地带派兵保护，以利外地商人通行。当我看到了一条条的回民政策以后，确实不得不感叹自己还要向杜文秀学习的地方还有很多很多，不能因为自己是一个统治者而盲目自大，刚愎自用。这是很危险的事情，毕竟“人无完人”这个道理我还是懂的，所以我要在不断的反思和反省，争取当好一个统治者，不至于在我的任期之内百姓对我的好感不要太差就行，我就谢谢他们了。
在外商贸易之地设立专门办事机构；对进入滇西货物数量及其价值进行登记，如其在境内被盗或遗失，由地方当局负责赔偿；整修道路，促进滇西与四川和缅甸之间的贸易；在大理南门外、永昌、腾越等地设立行店和货栈为商人提供方便。滇西地区商业和手工业发展较快，一些城市的商品经济比较发达，大理城内呈现出一片繁荣景象，滇西地区“百姓安居乐业”。看到了滇西百姓的安居乐业，当地官吏也不忍心去发兵平叛，哪个人不是爹生娘养大的，看见自己的子民安居乐业，繁荣昌盛。这不就是自己当年励志要考取功名，而修身齐家治国平天下的吗？这个任务已经在杜文秀的帮助下实现了，为什么要破坏这一局面呢？双方好像在心中都达成了一个协议，维持了相对稳定的局面，官兵不剿，回民不反。以至于我们的军队收复了滇西各郡县以后，我还是把权利给到了杜文秀，让他好好管理这一方百姓和回民，封他为“定南将军”，擢升为一品官员御史大夫，可以无时间限的上书言事，直达军机处而达胜听，甚至可以越级上报，各级官员不得阻拦。所以在滇西收复以后，各地的百姓在杜文秀的治理下，慢慢的生活逐渐好转还带动了其他的经济发展，可谓是云南有了杜文秀和岑毓英两个人，一文一武可谓绝配。
而且大理政权的波及甚广，昆明西之镇南、姚州、赵州、弥渡、宾川、云南、邓川、浪穹、云龙、丽江、鹤庆、剑川、永昌、永平、龙陵、腾越、顺宁、云州、缅宁、永化、蒙化、大姚、姚安、广通、中甸、维西、禄丰、安宁；昆明南之思茅、普洱；昆明北之罗次、武定、元谋、禄劝，均已归大理政权掌握。其最盛时已占有云南53 座城池。昆明东之曲靖、寻甸，表面上受云南政府的任命，实际上暗中听从杜文秀的指挥。贵州方面，则有金万照、张翎翔、马河图等，占据新兴府及普安厅所属各州县。陕西、四川方面，则有蓝大顺、蓝二顺、蓝朝鼎等先后攻至绵竹、西安。这几方面都是大理政权的别动队。此时大理政权几乎掌握西南各省。
也同样是丙辰这一年，杜文秀最风光的时候可能也就是四反围剿了。（注意这不是蒋介石时期的四反围剿，不一样）大理政权建立伊始，提督文祥奉朝廷命自姚州向大理进发。都司何有宝奉恒文命西上，与文祥会师。何有宝骁勇当前锋，所向披靡，从镇南直攻至红岩、赵州，距大理30里。杜文秀亲率大军前往迎敌。暗派吕藩诱说何有宝之子自清。文祥拟诱捕何有宝父子斩之。何有宝杀捕者，远遁。杜文秀挥兵掩杀，文祥营溃乱，退回镇南。清军第一次西征，被杜文秀击败。庚申二月，回民连陷姚州、大姚、云南等县后，又分兵进攻红岩、弥渡、宾川。大理震动。杜文秀亲率大军于红岩、赵州对敌，急调扬威大都督蔡发春于云州星夜来援，乘其不备，相继克复红岩、弥渡、云南县等要地。时迤东南友军马如龙率领东南回民义军赴迤西援助，自曲江出发，取道通海、峨，出易门，入南安州。宜良汉族诸生李芳园亦率部由安宁经易门至南安州，联合攻取广通县，进占楚雄，截断褚克昌后路。褚克昌粮运不济，军心动摇。七月，蔡发春攻克褚克昌的宾川大营，褚克昌兵败身亡，全军覆没。清军第二次西征，也被杜文秀击败。
癸亥八月，署云南布政使岑毓英镇压了迤东曲靖等地回民起义军，率大军西征，破杜文秀于罗川，进占楚雄，分军取景东，复元谋、镇远。邓川、云南、赵州、浪穹、鹤庆、弥渡、宾川均不战而得。继陷永北，败杜文秀于镇南。岑毓英遂命张润、张愉等攻上关，钱大川攻下关。杜文秀督师力战，清军攻上下关者皆败。杜文秀挥兵追击，诸城已失复得。岑毓英腿部中伤，命李惟述扼楚雄，余部退归省城。清军第三次西征，历时一年，终被杜文秀击败。丙寅正月，马如龙已降清，为临沅镇总兵，继署提督，久久无功，不为清廷大吏信任，急于立功自效。清军分中路、北路和南路发起攻势。中路又分为二支：一由参将杨振鹏、副将李惟述指挥，自楚雄攻镇南；一由参将杨先芝、游击合安国指挥，夺取姚州。北路由昭通镇总兵杨盛宗指挥，自昭通进攻永北，再出鹤庆、丽江，攻占上关。南路由署腾越镇总兵田仲兴和署普洱镇总兵李锦文指挥。其一自景东攻蒙化，一自普洱攻威远、云州和缅宁。马如龙亲自率兵9000人，在楚雄、定远之间往来策应。四月，杜文秀分三路反攻，一出大小骠川进攻楚雄；一援镇南，攻大姚；一驰援姚州。马如龙本与杜文秀同时起兵反清，其部下大都为回民，今马如龙同室操戈，屠杀同族兄弟，部下多不乐意。合安国、杨振鹏且与杜文秀暗有联络。马如龙军容虽盛，实无战志。未几，杨振鹏溃于宾川，合安国溃于姚州，李惟述退保楚雄。其北路杨盛宗溃于永北，撤回昭通。南路以“瘴疫盛行，粮饷不继”为借口，田仲兴退守新平，李锦文部撤归普洱。马如龙称病，引兵东归昆明。清军第四次西征，又被杜文秀击败。
当杜文秀四反围剿以后，云南当地地方总局认为强硬的办法不可取，索性就让巡抚徐之铭奏请朝廷从事招抚。以马德新为云南伊斯兰教着名学者，人望甚着，马如龙与杜文秀同为回民，遂委马德新、马如龙出面遣人西上议和。二月，派马载堂抵大理，招抚未成，马载堂反被杜文秀说服留居大理任职。五月，遣督标中军副将杨振鹏奉命再赴大理劝降。行前马德新、马如龙分别致函杜文秀。杨振鹏尚未到大理，五月十五日杜文秀即致书杨振鹏，说明不可议和及难于议和之故，并劝其“无烦尊驾到榆”。
现摘录入下：“想滇南大势，自兴师以来，我等所据城池不少，所戕官员甚多，而今竟转和息，复予官职，是无异杀刺史者为刺史，杀宰相者为宰相。体制何存？在朝廷岂不虑贻笑于天下后世乎？推其心，不过因江南未靖，西洋复来，各省纷争，天下鼎沸，暂为缓此急彼。俟彼处稍定，必将举全师以压我境。迨至彼时，我兵已散，我将各离，始知朝廷包藏祸心，则谋不及施，勇不及逞，嗷嗷待毙，悔之晚矣。此不可和者，一也。数年以来，我兵到处，杀其父母，夺其子女，搂其玉帛，焚其房屋。凡受害者，无不饮恨于心。所恃者，用威之后，继之以恩。纵有一二不平之人，亦因兵权在我，一切精壮尽为我用，彼即思逞，附和无人。若一从和，则精壮散，兵权分，不平之人于以得计，暗中调为，乘隙生变，以雪前仇，以报前仇。彼时外兵压境，内患迭兴，真使我等手足无措，必将坐受其困矣。此不可和者，二也。当此时也，我以图谋大事，渐民以仁，摩民以义，凡有驱策，莫不听命。则此时之民，无不视我为父母，即视彼为仇雠。为我驱策，无不听命。若一从和，是为朝廷之民，归之朝廷。彼又将视朝廷为父母，视我为兄弟。一旦有变，犹欲驱百姓以迫敌，则是驱兄弟以攻父母。有是理乎？有是理乎？况为兄弟也者，势必顾父母以攻抗傲之兄弟，未有顺弟兄以攻恃怙之父母。此不可和者，三也。若一从和，则半年两载之后，或朝廷另委督抚，另委提镇，来滇视事，将现受其职者调往别省。欲不从，则抗违君命。欲从之，则虎已离穴。当乎其际，势必不从。不从，即叛矣。昔日之叛，实因灭回激成，犹可说也。后日之叛，必因违君命而起，有何言哉？则前日之误，犹为不误，后日之误，终为大误矣。此不可和者，四也。
天下穆民，本属一家，何分低昂，今之所设都督、将军、先锋、统制等官，外虽各有官职，而内实顾持教门。所以远近亲友，无不乐从。若一受大清之职，则某也身荣显贵，某也食贫居贱，富贵失望，贫贱攸分，人心含怨，势必至操戈入室，同类相伤，祸有不可胜言者矣。想朝廷以和相议，以官相饵者，尽在此矣。此不可和者，五也。
（接下文）