在回民起义的高峰有一场战役也是避免还是逃脱不掉的，那就是所谓的保卫昆明城。这场战役主要是回民攻击而清军处于被动防守的状态下。所以这场战役单独的拉出来与众位共同瞧瞧是怎么回事。
而且，这个时候我们要先接到马如龙投降清军开始讲起。马如龙向清廷投降后，到各地劝说回族军队，并写信给回民首领杜文秀回军在滇西，希望劝杜文秀投降，驳回。杜文秀认为马如龙这个没心没肺的人居然敢背弃大理政权而去参加了这个忘恩负义的清军，所以气急败坏，把马如龙的劝降信烧了，表示自己的不降之心，也同时证实了当时的回民起义正在蒸蒸日上，所以杜文秀有这个胆量敢拒绝这封投降信。马如龙一看，嘿！你这个杜文秀是敬酒不吃吃罚酒了，所以他联合了岑毓英总督进行对回民的平叛了。
作为云南清廷提督，马如龙相当于省军区司令。他开始调集兵马进行试探性的进攻，清军兵分三路开始西征，而最后，他们屡屡被杜文秀打败，派何国安、杨先智在前长关进攻杜文秀的军队。虽然他们首战告捷，但紧接着和国安之后，杨先智就开始暗中与杜文秀联络，拭目以待。所以从这里看出清军内部也有回民的内奸，这个杨先智就是一个。此时，马如龙的大营驻扎在定远，连续数夜发生大营骚乱（大营中突然有人大喊大叫，人心惶惶，一片混乱，自相残杀，有何忌讳？军队，当军营中有很多新兵时，它就会发生）。当马如龙命令部下士兵攻击杜文秀的回军时，回族士兵不是远远观望，就是丢下武器逃跑。马如龙觉得大势已去，便上书云贵总督，说自己突然病重，率部官兵回昆明城。因为马如龙的这一次失策，使得清军官营中损失不少人和军需用品，还有就是丧失了进攻回民的好机会。而且马如龙况且自己也不知道这帮新兵会这么的不经打，跟一盘散沙一样。
结果后来，马如龙又一次的兴致勃勃的打算第三次围攻昆明城。与我们的大营达成绥靖协议。当有人派人宣布法令时出现了问题。随便派人肯定不行。当然，重量是不够的。然后派一个大官去，可是昆明这些大官一个都不敢去，做什么的？这些云南回军首领，一会儿投降清军，一会儿反抗我军，虽然有各种各样的原因，但他们反复无常。这种事情见多了，不知道当初答应的条件会不会再改变主意？万一我说错了，被回军屠杀，那就白死了。于是在云贵总督府里，大家看看我，我看看你，就是没人说话。结果就被岑毓英大骂他们就是一帮好吃懒做的官吏，留着他们也无用。全部革职查办，并且下放到各地的工厂和农田上去建基本建设吧，要在劳动中改造自己。这就是我给上中下三层灌输的思想，如今看来还是很管用的。
结果杜文秀决定趁昆明空虚，东征。是杜文修集结了10万大军，马如龙认为自己手下训练的穆斯林团靠不住，只训练汉团守城，并有自己的私产，黄金三万两，米三千石，全军赏赐，以激励他的士兵。回族将军杨振鹏暗中联络，与马如龙手下副将何国安等人接触齐心协力，内外合作。联合国安正要击杀马如龙，却被马如龙发现。马如龙立即命人抓杀副将何国安、副将马雪林和侍卫马云龙。马如龙的举动把杨先芝吓了一跳。与马如龙在昆明城西门外与回军激战时，杨献之率部叛逃，攻打马如龙。马如龙被人盯上，险些被抓杀。他在手下士兵的拼命保护下，退回了昆明城。马士德、马文钊、马奎等人跟随杨先智，击溃了杜文秀的军队。
当马如龙部下马忠率领清军增援昆明城。两人见面后，马忠说服马如龙，在生死存亡的关键时刻，他应该放下个人的悲痛，与岑毓英和好。随后，马如龙亲自上门与岑毓英长谈了一番，颇有些相见恨晚的感觉。两大伟人的和解，可以说是这场战争真正的转折点。马如龙是英姿飒爽的英雄，却能屈能伸，能大能小，着实令人敬佩。随后，数万回军攻打宾川，马如龙仅率清军增援2000人，将其击退。马如龙、岑毓英攻打江油阁。马如龙被流弹击中，但他依然沉着指挥。好在路弹虽然击穿了铁甲，但伤势并不是很重。马如龙、岑毓英率领清军先后攻克江油关、武定、洛慈等地。
回军连败后，回军整编部署，在昆明城南筑高台、筑工事。岑毓英率清军进攻，马如龙连年征战，伤病缠身。正在床上养伤的马如龙听到枪声，立即奔赴前线。攻克五华寺、养神寺等地，马如龙率军冲锋，被流弹击中腹部，倒在地上，被部下抬回城中。岑毓英闻讯，连忙将朝廷赠赐予的治疗枪伤的药送给了马如龙。再三月份，清廷云南巡抚岑毓英离开曲靖，率领大军三万救昆明。清军的一部分挺进到昆明东南七十里的祁甸，向回军发起进攻，打通了通往昆明的道路。一直到5月初，新任云贵总督刘越钊率领2万清军从曲靖向昆明城东北寻甸发起进攻。在岑玉英的命令下，清军游击队杨玉恪率部绕道四川会理，从北面派奇兵突袭清军后方。清军在昆明城外的东、西、北战场与回军激战。
这些也就是保卫昆明城的点滴微末，如果想要了解深入可以看到云南回变的第一章，那是总体的章节可能会比较清晰一些。当昆明城的保卫很是顺利的时候，接着又是一个大问题出现了，就是可能有人会问：“你的开头写道了那个什么大理政权是个什么政权，不会也是跟太平天国的天京一样吧？”，还别说真是有点相同，不过一个在江宁，另一个在大理而已隔了好几千里远呢。
这次的昆明保卫战被云南的几个外国人拍了下来，通过了英国的《路透社》进行了宣报：“清国内部云南穆斯林起义被镇压，属实震惊。”当天各大头条全部都在宣传这件事情，英国人在街头不免赞叹：“中国是一个有骨气的国家，怪不得数年前的战争我们一次都没打赢过，看起来是正确的。谁也不知道统治了中国之后，他将面临着多少次起义，我想那个国家自己也吃不消的。”，这也算是给了我们一个比较中肯的评价了。
好了，接下来就该把那个大理政权好好介绍一番了。