地方上，督抚同城却互不隶属，往往明争暗斗，为有志之士诟病已久。因此，肃顺建议，凡是督抚同城，只保留总督，裁撤巡抚。
除中华帝国占有的南方各省外，满清治下尚有四川、湖北、云南、甘肃四省督抚同城。尤其是四川，既有巡抚，又有总督，而四川总督仅辖四川一省，与巡抚完全重合。
此番改革后，将裁撤四川巡抚、湖北巡抚、云南巡抚、甘肃巡抚四个大员。巡抚衙门下属的官僚，也将全部裁撤。
这是一番非常大的变动，咸丰颇有忧虑，问肃顺道：“一下子裁撤四个封疆大吏，会不会影响人心士气？”
肃顺非常坦率地回答道：“短时间内会有，但从长远看，这是一件利国利民的好事。奴才建议在边疆设置行省，安置这些被裁的官吏。
“具体来说，就是在西北、蒙古、青海、东北设置行省。西北设置一巡抚，青海设置一巡抚，蒙古设置一总督，东北设置一总督、两巡抚。”
在边疆地区设置行省，徐继畲的奏折里已有提及，百官亦多响应。咸丰也很动心，和肃顺一起走到一幅巨幅地图前，详细研究起设置边疆行省问题。
清代对边疆的控制颇为有力，尤其是蒙古、新疆、西藏，历来不服中原王朝的统治，却在清朝投入了中原王朝的怀抱。
境随时迁，随着西方列强的渗透、南方菁华地区的沦陷，满清必须加强对边疆的控制。最有效的措施，莫过于在边疆设置行省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。
新疆原本分为两部，即天山北路的准部、天山南路的回部，由伊犁将军统带。其中，蒙古游牧地区实行盟旗制；维吾尔、布鲁特、塔吉克等族实行伯克制（类似于西南地区的土司制度）。
在这种管理制度下，新疆军政不分，回部各族不断反叛，而俄国、英国、浩罕国又不断渗透新疆。时至今日，伊犁将军只管军政不理民事的军府制，已经行不通了。
咸丰君臣一致决定设立新疆省，省会为乌鲁木齐，设巡抚一员，受陕甘总督节制。伊犁仍设将军，统管伊犁、塔城两处边防，不再总统全疆军务；塔城增设副都统一员，主司塔城边防。
清代青海大致以黄河为界，分为青海蒙古和玉树等四十族土司。黄河以北主要为蒙古人，有和硕特、辉特、绰罗斯（准噶尔）、土尔扈特、喀尔喀五大部落。
雍正时期，编青海蒙古为二十七旗，后增至二十九旗，由西宁办事大臣主持会盟。黄河以南主要为藏人，设有四十个土司，其中以玉树土司最大，故称玉树等四十族土司。
青海地处回、藏之间，地理位置绝佳，足以钳制回、藏。正因为如此，青海设省理所应当。特设巡抚一名，由西宁办事大臣改任，同样推行郡县制。
西藏在清代分为卫、喀木（康）、藏、阿里四部，以及霍尔三十九族地区。地方最高行政长官为驻藏大臣，驻拉萨，会同**喇嘛、班禅额尔德尼办理藏内政务，其政令由噶厦（西藏官府）执行。
那曲、昌都地区北部的各部落统称霍尔三十九族，简称三十九族，为蒙古人后裔，由驻藏大臣的属员夷情章京管辖。
西藏地位特殊，暂不设置行省，仍由驻藏大臣办理政务。其中，涉外、边防事务，权力仍归清廷。
有清一代，蒙古是满人的重要盟友，在明清战争中发挥了重要作用。蒙古各部参照满洲八旗，划分为蒙古八旗，受到清廷的优待，对清朝颇为忠心。
蒙古分为内属蒙古与外藩蒙古。
内属蒙古包括察哈尔、归化城土默特、唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海等部，各旗由朝廷派遣官员（一般为总管）治理，与内地的州、县无异。
外藩蒙古各旗则由当地的世袭扎萨克管理，处於半自治状态。在外藩蒙古，以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，对各旗札萨克进行监管。
清朝历来都很重视蒙古，长期与蒙古联姻，得到蒙古的效忠。在平定准噶尔部落的反叛后，蒙古各部已经绝意反叛。乾隆时期，土尔扈特部落跋涉万里，从沙俄东归中国，受到清朝的礼遇。
鉴于这种紧密的联盟关系，咸丰决定继续保持蒙古的特殊地位，不在蒙古设置行省。
东北是清朝龙兴之地，清廷实行封禁政策，禁止汉人出关移民垦殖。关外为皇家禁地，自成体系。
一方面是八旗驻防系统，以盛京为陪都，设盛京将军为最高军政长官，置户、礼、兵、刑、工五部，各设侍郎主持，并在吉林、黑龙江设驻防将军。将军之下，设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。
另一方面是州县民政系统，设奉天府尹，管辖八旗驻防以外的州县民官。在东北原有汉民聚居之处，置府、州、县、厅，如同内地。
这种管理体制相当粗放。清朝失去南方各省后，亟须开发东北。
因此，肃顺建议，在东北设置奉天、吉林、黑龙江三个行省，设东三省总督一员、吉林巡抚一员、黑龙江巡抚一员。
肃顺特别提到：“东北官制混乱，却也有意想不到的收获。盛京官制特殊，既有六部，又有将军，彼此不相统属。官库分散，度支出纳并无专官。因此，东北究竟有多少公款，谁也不知道，谁也不清楚。
“奴才认为，东北地大物博，物产丰富，与朝鲜、俄国商贸常有往来，一定蓄积丰富。为此，奴才派人秘密访查东北各官库，此事皇上应该记得。
“如今，一年下来，访查已有结果。东北官库蓄积丰富，出乎想象，总数不下一千万之多。仅奉天一地，银钱货殖就有五百万之多。
“有这么多钱，足以办成许多大事。北洋衙门的经费、湘军的军饷，暂时也都有了着落。”
咸丰大为兴奋，说道：“肃六，你这个户部尚书真行，既能清查户部弊案，又能筹集钱粮。朕没有看错你，明日朕就下旨，升你做协办大学士。”
肃顺也不谦让，说道：“谢皇上恩典。奴才为皇上办差，并不图升官发财。但做了大学士，奴才可以更好的为皇上办差。”
这话说得十分诚恳，丝毫不显做作，令咸丰深感满意。
肃顺再接再厉，建议废止满汉、蒙汉不得通婚的禁令，鼓励内地汉人到边疆地区开荒。咸丰均一一采纳。