——几年前——
在某个地区的丛林里科学家们反复研究着某个宝可梦。
站在那里的是被称为富士博士的一位科学家。他对宝可梦的遗传基因进行了研究，据说这里拥有所有宝可梦的dNA，是非常罕见的宝可梦。
那个宝可梦世界上只有一只，在人前出现的情况也非常稀少，连知道它存在的人都很少，是稀有的宝可梦。
富士博士成功地和那个宝可梦 交换了友谊。那个宝可梦意外地友好，出现的事至少对研究足够了。
有一天，那个宝可梦生了孩子。找遍世界也没有轮到的那个宝可梦为什么能生孩子不明，不过，只是那个宝可梦的孩子对他来说是个好消息。
作为孩子出生的宝可梦是非常有趣的宝可梦。据调查，继承父母遗传基因的潜在能力非常高。单论战斗能力，连父母都超过了。
但是在那个研究的过程中，知道了他的研究成果的某个组织企图利用他和那个宝可梦们。那个组织交涉要把他拉进自己的组织。
虽然组织很可疑，但在研究人员富士博士看来，拥有高技术的他们的申请很有魅力。因此，藤博士无法拒绝他们的邀请。
富士博士接受了他们的建议，决定为他们进行研究。但当时的他无法想象，这个决定日后会酿成无数悲剧。
最初的悲剧是与正在研究的宝可梦分别。和富士博士加深了交流的那个宝可梦，对输给欲望的他绝望了，从他的面前消失了身姿。藤博士当时并没有在意，但总有一天会对这次离别感到深深的后悔。
虽然父母都不在了，但作为研究对象的孩子依然存在。他决定把那个宝可梦带到组织那里继续研究。
富士博士和组织一起继续那个宝可梦的研究。那个宝可梦的研究也因为组织的科学力极高的事顺利地进行着。他埋头于那个宝可梦的研究，终于突破了作为疯狂科学家的道路。
结果，富士博士在那个宝可梦身上加入了某种手脚。这是连上帝都不允许的行为，没错，就是改造基因。富士博士自己改造了那个宝可梦的特殊遗传因子，引出了宝可梦的潜在能力，并且想要给予超越显界的强度。
那个实验成功了。宝可梦的力量得到了远远超越普通宝可梦的力量。让那个宝可梦装备特殊的护甲，组织也成功地控制了那个宝可梦。
然后那个宝可梦的研究经过了约7个月的时候，新的悲剧向他袭来。
从出生开始就作为研究对象活着的那个宝可梦，有一天感到了疑问。自己为什么会出生?自己是谁?自己是为了什么而存在的?但是，没有人能回答这个问题。
听了研究内容，自然就能传达给自己，作为知识积累起来。然后那个宝可梦自己成长变聪明了。
有一天，富士博士遭遇了第二次悲剧。组织到现在为止控制着那个宝可梦。但是那个宝可梦因为太强的力量终于暴走了，自己的意思从研究所溜出来了。
那个宝可梦的力量太过强大，甚至远远超出了富士博士和组织的想象。富士博士目睹了那只宝可梦的力量，对自己至今为止的行动感到非常后悔。如果他在外面的世界胡作非为的话，可能会破坏一切。
为什么自己会协助组织?为什么自己犯了这样不可挽回的错误?为什么自己背叛了关系很好的宝可梦?
但是，即使后悔过去的行为，时间也不会倒退。他一生都要背负自己所犯的错误。
幸运的是，富士博士并没有听到那个宝可梦发狂的新闻。这是不幸中的万幸，他为此放下心来，决定离开组织。为了不再被他们盯上，我躲在他们看不到的地方。
但是从那以后那个宝可梦到底去了哪里，没有人知道那个。
…
···
···
坎特联赛已经结束了好几天。真治和利利度过了平稳的时光，康太和幸美以更高的目标各自重复着特训。
这时，利利埃对研究所里的书籍表现出了兴趣。那本书并不厚，内容也很少。对于喜欢读书的理惠来说，这是很少见的。
看到利利埃沉迷于这本书的样子，真治很在意，决定跟她打招呼。
“莉莉叶，你在看什么?”
“啊，真治哥，我有一本很感兴趣的书……”
说着，理惠把那本书递给真治。那本书应该说是日记比较好吧。好像是关于某个宝可梦的观察日记。
“观察日记?是奥基德博士写的吗?”
“作者好像不清楚。内容也有些模糊，所以只能读到一部分记录……。”
我确认了一下里面的内容，内容确实有些模糊不清，根本称不上是日记。
“我读一下。”
理惠说着把日记的内容读给真治听。
“7月5日。这里是南美洲的圭亚那。在丛林深处发现了新品种的宝可梦。”
新品种的宝可梦。光是这样，对健身教练来说就非常有魅力。但是只有日期，没有标注年份，所以不清楚是什么时候写的。
利叶接着念日记的内容。
“7月10日。我把新发现的宝可梦命名为目幽。”
日记中记载的是一只名为目幽的宝可梦。但是真治听了那个名字却对那个宝可梦没有印象。虽然不知道是什么时候写的，但这或许可以称为世纪大发现。
但是对于下面写的内容，2人感到有疑问的事。
“2月6日，目幽要生孩子了。”
上面写着的是一个从未听说过的名叫缪图的宝可梦。目幽加上目幽 ，2人听了那个宝可梦的名字抱有兴趣。
但还有一点更让人在意。那是日记上记载的日期。因为有很多部分掠过无法读懂，所以从7月飞到了2月。到底是什么原因飞到这里的呢?
在最后的内容中，记载了简短而令人震惊的内容。
“9月1日。宝可梦目幽太强了。不行…我无法控制!”
这是日记最后的内容。之后就只有空白页了。
不知道是谁写的这本日记，也不知道写完最后的内容后本人的情况如何。肯定不是大木多写的。
那么到底是谁写的呢?这时，从日记的最后一页掉下了一张照片。