公元一六二八年，注定又是不平静的一年，正月在消灭了魏忠贤的阉党之后，崇祯皇帝颁布了法令，中官非奉命不得出禁门，意思就是除非是奉了皇上的旨意，否则太监是不能私自出宫的，这是鉴于魏忠贤之祸，限制了太监的行动范围，朝中的东林党大臣们不禁额手相庆，终于是将阉党死死的限制住了。既然阉党已经一蹶不振，那么自己就要粉墨登上历史舞台了，果然年刚一过，朝廷立刻颁布指令，赠恤天启被冤陷诸臣杨涟，左光斗，魏大中，周顺昌等东林党人士。
指令刚一颁布，紫禁城外立刻是哭声一片，不仅是这些遇害大臣的家属，门生故吏，亲朋好友，在紫禁城外跪哭，一时间声音惊天动地，连崇祯皇帝都被惊动了，他走出皇宫亲自抚慰死难者家属，把这些家属和一大帮文臣感动的痛哭流涕，皇宫外一片山呼万岁的声音，崇祯胸中豪情万丈，看来诛灭阉党是利国利民的大好事。
今年天灾人祸仍是不断，夏季的时候一场台风灾害席卷了江浙闽一带，台风持续了一个月，引起了暴雨和海啸，沿海地区遭受了重创。大量民众死亡，台风侵袭的范围非常大，杭州，嘉兴，绍兴三府是重灾区。明史载，浙江杭，嘉，绍三府大风雨，海溢漂没数万人。这场灾害比王恭厂爆炸的范围还要广，死伤民众的人数更多。
就在沿海地区发生台风灾害的同时，边镇更是发生了骇人听闻的事情。而且就在袁崇焕麾下，自袁崇焕挂兵部尚书衔重新督师辽东之后，辽东并没有发生大的战事，不过就是皇太极改元天聪之后派出小股部队掠边，总体并未对大明边防造成太大破坏。原因有二，一是皇太极改元天聪，跟崇祯刚上位一样，金国境内也需要整顿吏治，清理内政，暂时无暇西顾，而且最重要的是自从努尔哈赤开始就定下了满蒙和亲的政策，所以从天聪二年开始，睿智的皇太极开始实施将满蒙打造成一个整体的国政方针。
二月的时候借口察哈尔多罗特部杀金国使者，亲率四旗大军猛攻多罗特部，多罗特部不过是察哈尔的一个中小部落，整个部族人口也不过就数万人，两红两蓝旗三万大军一天就攻破了多罗特部的军阵，斩杀青壮近万，几乎将多罗特部的劳动力一举消灭，金兵冲进多罗特部的营寨，俘虏了妇孺一万余人，剩下的万余残部向西远遁而去，最终消失在历史的长河中。
这还不算，随后就在同年，金兵稍加整顿之后继续进攻猛攻察哈尔，大掠而还。俘虏人口牛羊无数，大大增强了金国的实力，而最可悲的是，察哈尔部打不过如狼似虎的金兵，竟然一路西撤，然后反过来攻入宣大，在宣大地区劫掠了一番才心满意足的回去了，这真是历史上的咄咄怪事，在金兵面前如绵阳的察哈尔部在宣大军面前又变成了虎狼。
而在辽东的袁督师虽然没有战事但是麾下却发生了兵变，这就是着名的宁远兵变。起因非常简单，真的不关袁崇焕的事，自从魏忠贤在去年底被诛灭之后，阉党实行的一系列税收政策也被一并废除，这就导致了持续运转六七年的辽饷在崇祯元年突然中断，辽东本地兵马还好一点，从四川湖广调集辽东参与镇守的一万余兵丁被朝廷欠饷四月有余，本地兵马军户尚有田地可以养家糊口，可是从内地调往边镇驻守的士兵如果没有饷银，连生活都成了巨大问题，终于这种积怨在忍受四个月之后爆发。
明史载，时四川、湖广兵驻宁远（今辽宁兴城）者以欠饷四月，变。余十三营起应之。缚巡抚毕自肃、总兵官朱梅等于谯楼上。贷商民足五万乃解。毕自肃疏引罪，自杀死。袁崇焕“请合宁、锦为一镇，仍以总兵官祖大寿驻锦州，加中军副将何可纲都督佥事，代朱梅驻宁远，而移蓟镇赵率教于关门，关内外只设二大将。”许之。袁崇焕遂留宁远。时度支大绌，锦州、蓟镇兵相继变。户部尚书毕自严言：一岁之出，浮于所入一百一十三万余。
袁崇焕硬是找民间借贷了五万两才补齐一万兵丁四个月的饷银，而巡抚毕自肃自杀而死，在平定了这起兵变事件之后，袁崇焕对辽东军进行了一次调整，将宁远和锦州合并为一阵，在总兵官祖大寿下面增设了何可纲监军，撤了宁远总兵官朱梅的职务，将蓟镇的赵率教调过来，而袁崇焕亲自在宁远城督师。
户部尚书毕自严算了一笔账，整个一年辽饷收支严重赤字，亏空达到了一百一十三万两。如果毕自严知道这只是个开始，随着时间的推移，辽饷的缺口越来越大，不知道他会作何感想。而这一切的始作俑者都是当时被视为阉党克星的东林党人。
这些事情都发生在大明的北地和沿海，相对来说南直隶还是比较平静的。在刘毅去拜见了张鹤鸣回到太平府之后，他立刻进行了对青弋军的整顿工作。自从青弋军扩军之后他一直忙于其他各方面的事务，直到和张鹤鸣谈论了一番之后，他才惊觉，其实最重要的还是军队，在明末乱世，手上有一支强军是多么重要，特别是得到了魏忠贤的巨额财产之后刘毅的实力大增。现在是要考虑将扩军之后的青弋军提升整合的时候了。
三月，刘毅再次扩大了青弋军的人数，不仅是正兵一千二百，民团三千六百人，他还补充了一千二百人加入青弋军。因为他从民团中挑选了三百人交给郑芝龙培训海军，所以又补充了三百人，然后刘金跟他说人手不足，短期内招募人手有困难，希望刘毅能调拨六百人给他，这样就能将情报军的体系完整额建立起来，刘毅在全军遴选了六百人交给他。又补充了六百人进军队，然后再经过和周之翰商讨之后，刘毅认为不能亏待手下任何一个将士，所以将戊戌和甲午等人组成的私兵扩大到三百人作为刘毅的亲兵卫队，作为一个镇抚使，拥有三百亲兵卫队只要周之翰不计较也就算了。
刘毅想让戊戌和甲午还有活下来的四十名亲兵们恢复真名，可是大家都说这样叫习惯了，就不要更改了，刘毅也只得随他们去了，同时任命戊戌和甲午为自己的亲兵队正队副。
青弋军的军官安排更是做了调整，陶宗作为副千总，直接负责管代青弋军正兵营。刘金作为副千总管代情报军，晋军因为水性好，已经率领三百人去水师培训，以后成立水师就让他管代水师，吴东明虽然是把总但是让他管代芜湖县青弋军民团，陈宝负责繁昌县，王浩负责当涂县。这样安排之后，青弋军直接可以作战的兵力是四千八百人，外加亲兵三百，情报军一千二百，水师三百人，总计六千六百人。这是目前刘毅的全部实力，但是除了正兵营和亲兵之外，其余都是以民团名义组建的，王嵩对此无所谓，青弋军可是天子亲自赐旗的虎狼之师，刘毅爱怎么整就怎么整，况且他就几千人，能翻得起什么浪，王嵩虽然知道青弋军能打，但是没有亲眼见过青弋军在战场上是怎么攻杀敌军的，所以心中没什么概念。
而刚刚到任的史可法更是一头雾水，如果放在几年前，刘毅碰见史可法这种明末牛人，可定会跟他推心置腹一番，可是自己来到大明已经快十年了，见过的牛人太多了，心里早就有了免疫能力，况且现在自己已经是挂了卫镇抚使的军衔，而史可法不过是个七品知县，两人的等级差的太多，说起来自己是史可法上官的上官的上官，所以刘毅没有对史可法进行过度的关注，还是先让他熟悉一下芜湖的人文地理还有政务吧，军务这方面刘毅是不允许别人染指的，青弋军将是大明最后一道防线，他绝不允许这道防线被破坏，他要建立对这只军队的绝对领导权。而正兵营中的一帮老军士也随着刘毅的整编而升职。
本来只是小旗的李福和马精良被安排进了民团担任总旗，民团的编制和正兵营完全一样，都是两连骑兵，五连火铳兵，一连辎重兵，一连医护兵，还有一连炮兵。说来也是搞笑，李福和马精良两人一直是一同升职，一起当小旗，现在又一起当总旗，还都分在芜湖县民团当中，李福对下属一下比较和蔼所以得了个福禄星的外号，而马精良天天板着个脸，所以背后士兵们都叫他马面。
民团的训练时间虽然只有正兵营的一半，但是马精良和李福等人从来不敢懈怠，一直都是往死里操练大家，校场上挂着巨大的条幅，上面是刘毅的经典名言，平时多流汗，战时少流血，每天大校场上都是热火朝天，士兵们的喊杀之声响彻云霄。