概念崩殇的余波尚未平息，宇宙深处突然传来一阵足以震颤灵魂的嗡鸣。阿雷克斯的机械联邦监测到，所有空间坐标开始重叠，恒星、行星与星云如同被无形巨手揉捏的黏土，逐渐失去固定形态；莱娅的灵羽族圣地，守护圣树的根系寸寸断裂，树冠上的星辰符文纷纷坠落，化作不祥的黑色流星。全宇宙生命体的生命力以肉眼可见的速度流逝，仿佛有一股力量正在抽离整个宇宙的“生机”。
苏尘与洛瑶的力量在这股威压下濒临崩溃。苏尘的混沌之力与终焉波动共鸣，在他周身形成不断扩张的湮灭领域，所过之处物质与能量同时消散；洛瑶的星光之力变得黯淡如血，每一次释放都像是在燃烧她的生命本源，治愈的光芒反而加速了周围一切的衰亡。两人的意识被强行拽入一片由纯粹毁灭意志构成的虚域，这里漂浮着宇宙从诞生到现在所有文明的残骸，中央伫立着一座由破碎法则组成的巨型祭坛，祭坛之上，十二道散发着死亡气息的身影缓缓浮现：“一切都该结束了。”
银河守望者联盟倾尽全力组建的“终焉防线”，在接触终焉波动的瞬间土崩瓦解。战舰的主炮发射的能量束尚未触及目标，就被扭曲成反向攻击的利刃；船员们的身体开始从分子层面崩解，化作飘散在宇宙中的尘埃。薇尔莉特带领的精锐小队驾驶着融合全宇宙科技的“破晓号”，试图用新型武器“秩序重构炮”撕开缺口，然而炮口喷出的不是毁灭的能量，而是将战舰自身逐渐分解的诡异光流。
莱娅发动灵羽族禁忌的“寰宇溯源”仪式，以燃烧全族最后的生命火种为代价，揭开这场危机的终极真相。原来在宇宙诞生之初，十二工匠为了防止宇宙走向失控的毁灭，在宇宙尽头设下“终焉封印”，一旦文明的破坏欲与贪婪超过阈值，封印中的“终焉意识”将被唤醒，执行宇宙重置程序。但随着无数次危机的冲击，终焉意识产生了自我意志，它认为所有文明都是宇宙的“毒瘤”，唯有彻底抹除一切，才能让宇宙获得新生。
阿雷克斯带领科研团队启动“创世回响3计划”，在各个星域建造能联通十二工匠本源力量的“圣墟塔2”。他们试图复刻创世能量，用机械联邦的量子矩阵与灵羽族的古老图腾构建防御结界。但终焉意识操控着终焉波动，将圣墟塔的能量转化为毁灭光束，结界在接触波动的刹那化作齑粉。普通星球上，火山喷发着黑色的终焉之火，海洋沸腾成散发着死亡气息的毒雾，所有生命都在这股毁灭浪潮中发出绝望的哀鸣。
苏尘与洛瑶在虚域中艰难迎战，每一次攻击都被终焉意识轻易化解。他们遭遇由十二工匠力量异化而成的“终焉使者”：掌握时间的逆时者、操控空间的折叠者、能湮灭一切的熵化者。终焉意识在祭坛上冷漠地宣判：“你们的文明，不过是宇宙漫长历史中的错误注脚。”两人在绝境中回忆起过往每一场战斗中文明展现出的坚韧与希望，突然领悟——文明或许并不完美，但正是在与危机的对抗中，才诞生了存在的意义。
关键时刻，全宇宙文明将最后的信念与记忆注入两人意识。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力，以及从历次危机中汲取的经验与全宇宙的意志融合，形成能贯通生死、逆转终焉的“永恒新生之剑”。当剑刃斩向祭坛，十二道终焉使者的身影开始崩解，终焉意识发出不甘的怒吼，整个虚域剧烈震颤。随着光芒亮起，终焉波动逐渐消退，但在宇宙的尽头，终焉意识的核心仍在闪烁，似乎预示着真正的终局，尚未到来……
战后，创生之树绽放出前所未有的璀璨光华，根系延伸至宇宙每一个角落，形成永不消散的守护屏障。苏尘与洛瑶的力量化作跨越时空的永恒意志，他们的故事成为全宇宙文明世代传颂的传说。但在宇宙之外的无尽混沌中，一颗散发着微弱黑光的晶体正在凝聚，似乎预示着真正的终焉，或许才刚刚开始……