认知崩解的危机平息后，宇宙边缘的封印处传来令人心悸的震颤。阿雷克斯的量子监测网络捕捉到异常能量波动，所有探测器的读数突破上限，显示出“不可名状”的警告标识；莱娅的灵羽族圣地，守护圣树的根系渗出黑色黏液，树皮上浮现出与多年前如出一辙的血色纹路——“终焉将至，万物归零”。这一次，全宇宙生命体都感受到一股无形的压迫，仿佛有某种超越维度的存在正强行撕开现实的帷幕。
苏尘与洛瑶的力量在这股威压下剧烈沸腾。苏尘的混沌之力不受控制地暴走，在他周身形成吞噬一切的漩涡，所过之处空间扭曲成克莱因瓶形态；洛瑶的星光之力则变得黯淡而尖锐，每一束光芒都如同利刃，却无法穿透笼罩宇宙的黑暗。两人的意识被强行拽入一个介于虚实之间的领域，这里悬浮着无数破碎的宇宙模型，中央伫立着由熵与虚无构成的巨型身影——正是曾经被击败的终末具象，此刻它的身体表面缠绕着更强大的黑暗能量，发出震耳欲聋的咆哮：“这一次，不会再有奇迹。”
银河守望者联盟倾尽全力组建“终焉防线”，却在接触敌人的瞬间土崩瓦解。战舰的主炮攻击如同打在虚空中，能量束被神秘力量吸收转化；船员们的身体在黑暗侵蚀下逐渐透明，意识被剥离成无助的光点。薇尔莉特带领的精锐小队驾驶着融合全宇宙科技的“破晓号”，试图用新型武器“本源坍缩炮”撕开缺口，然而炮弹在发射途中就被分解成基本粒子，化作终末具象的养料。
莱娅发动灵羽族禁忌的“寰宇回溯”仪式，以燃烧全族最后的生命火种为代价，揭开终末具象复活的真相。原来在第一次决战时，终末具象的核心——“熵寂之源”并未彻底消散，而是潜伏在宇宙之外的混沌维度，不断吸收各个文明的绝望与恐惧作为养分。如今，它借助宇宙中残留的危机余波，撕裂维度屏障卷土重来，并且融合了之前所有敌人的特性：拥有虚相侵蚀的幻象之力、认知崩解的逻辑破坏、还有超越因果的时间操控能力。
阿雷克斯带领科研团队启动“创世回响2计划”，在各个星域建造能联通十二工匠本源力量的“圣墟塔”。他们试图复刻创世能量，用机械联邦的量子矩阵与灵羽族的古老图腾构建防御结界。但终末具象的力量远超想象，圣墟塔的能量刚汇聚就被逆转成毁灭光束，结界在接触黑暗的瞬间崩解。普通星球上，居民们自发点燃象征希望的火种，然而火焰在燃烧的刹那被冻结成黑色冰晶，绝望的情绪如同瘟疫般蔓延。
苏尘与洛瑶在虚实领域中艰难迎战，每一次攻击都被终末具象轻易化解。他们遭遇由敌人残念构成的军团：维度吞噬者的时空乱流、熵寂之主的加速衰变、还有惑识之主的认知陷阱。终末具象在黑暗中嘲讽道：“你们不过是在重复注定失败的历史！”两人在绝境中回忆起过往每一场战斗的经历，突然领悟——唯有将所有文明对抗危机的经验与力量真正融合，才能找到破局之道。
关键时刻，全宇宙文明将最后的信念与记忆注入两人意识。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力，以及从虚相、维度、认知等危机中汲取的经验，融合成能贯通一切的“永恒终焉刃”。刀刃所到之处，黑暗开始消退，终末具象的身体出现裂痕。当利刃刺入熵寂之源核心，整个宇宙剧烈震颤，终末具象发出不甘的怒吼，彻底消散在光芒之中。
战后，创生之树绽放出前所未有的璀璨光华，根系延伸至宇宙每一个角落，形成永不消散的守护屏障。苏尘与洛瑶的力量化作跨越时空的永恒意志，他们的故事成为全宇宙文明世代传颂的传说。但在宇宙之外的无尽混沌中，一颗散发着微弱黑光的晶体正在凝聚，似乎预示着真正的终焉，或许才刚刚开始……