三十五年丙子年的春季正月甲午日，皇上颁布诏书，决定亲自出征噶尔丹。他赏赐了随征的大臣和军校们宴席。甲申日，命令公彭春参赞西路军务。
二月丁亥初一，皇上前往陵墓祭拜。辛卯日，皇上返回京城。壬辰日，任命硕鼐为蒙古都统。癸丑日，在郊外、宗庙、社稷进行了告祭。甲寅日，命令皇太子胤礽留守京城。丙辰日，皇上亲自统领六军启程出征。
三月戊辰日，皇上在行宫观看射箭比赛。辛未日，驻扎在滚诺，遭遇了大雨雪，皇上露天站立，等待士兵们扎营完毕，才进入行宫帐篷。等到军队都烧好了饭，皇上才开始用餐。他把自己的帐篷里的粮食和柴薪留下来，等待后来到达的士兵。庚辰日，赐予已故巡抚王维珍祭祀和安葬的礼仪，谥号敏悫。
夏季四月辛卯日，皇上到达格德尔库。壬辰日，驻扎在塔尔奇拉。皇上谕示：“现在已经到达边界，从明天开始，都要列成环形营地。”前哨报告噶尔丹在克鲁伦，于是命令蒙古兵先行占据河流。
五月丙辰初一，皇上驻扎在拖陵布拉克。辛酉日，驻扎在枯库车尔。壬戌日，侦知噶尔丹的所在位置，皇上率领前锋先行出发，其他军队张开两翼跟进。到达燕图库列图后驻扎。那里平时缺水，但到了那时，山泉却涌了出来，皇上亲自去视察。癸亥日，驻扎在克鲁伦河。皇上对大臣们说：“噶尔丹不知道占据河流来抵抗我们，这是他没有能力了。”前哨的中书阿必达探报说，噶尔丹不相信大军会突然到来，他登上孟纳尔山，看到黄色的帐篷和众多的军队，漫无边际，大吃一惊说：“他们怎么来得这么容易啊！”于是放弃了他的帐篷和营地，连夜逃跑了。检查他的马粪，似乎他已经逃跑了两天了。皇上率领轻骑兵追赶他。沿途丢弃的物品、骆驼、马匹、妇女和儿童非常多。皇上对科尔沁王沙津说：“敌人怎么会如此仓皇？”沙津说：“他们是为了逃生。”喀尔喀王纳木紥尔说：“我们当时逃难时，也是这样。”皇上给皇太后上书，详细陈述了军情，并约定了回京的日期。追到拖纳阿林后返回，命令内大臣马思喀继续追赶。戊辰日，皇上开始班师回朝。当天早晨，出现了五色云彩。癸酉日，驻扎在中拖陵。抚远大将军伯费扬古在昭莫多大败噶尔丹，斩首三千人，并在阵中斩杀了噶尔丹的妻子阿奴。噶尔丹只带着少数几个骑兵逃跑了。癸未日，驻扎在察罕诺尔。皇上召见了蒙古的各位王爷，奖赏他们修路、凿井、监督放牧的功劳，分别赐给他们白银。
六月癸巳日，皇上返回京城。这次战役中，中路皇上亲自统率，追击噶尔丹，西路费扬古大败噶尔丹，只有东路萨布素因为路途遥远而迟到，没有立功。甲午日，对喀尔喀郡王善巴，因为他把所有的马匹都借给军队，有功于军事，所以晋封他为亲王；对贝子盆楚克，因为他侦察敌人有功，所以封他为郡王。各位大臣都举行了庆贺的仪式。乙未日，皇上赐予察哈尔护军每月增加一金的饷银，喀尔喀人增加六金，限定给三年。同时，皇上还下诏暂停本年的秋审。壬子日，任命吴琠为左都御史，调张旺为福建水师提督，张云翼为江南提督。
秋季七月戊午日，皇上因为平定了朔漠，所以在太学刻石纪念。同时，任命李辉祖为湖广总督。癸亥日，扩大了直隶省的乡试录取名额。戊辰日，改任吴英为福建陆路提督，岳升龙为四川提督。
八月丁酉日，索诺和因为缺乏军需而被免职，任命凯音布为兵部尚书。
九月甲寅初一，回回国王阿卜都里什克上奏说：“我仗着天威，得以投降。我派遣使臣回国叶尔钦，请求皇上敕令策旺阿拉布坦不要虐待我们。”乙卯日，皇上赐予厄鲁特投降的人官职、俸禄和衣物粮食。壬申日，皇上巡视塞外。丙子日，驻扎在沙城。皇上下诏：“近年来宣化所属地区牧养军马，供应非常繁重，深劳民力，所以决定全部免除明年的额定赋税。”丁丑日，副都统祖良璧在翁金击败了噶尔丹部的人丹济拉。
冬季十月甲申初一，皇上派遣官员赐给西路军士衣物、牛羊等物品。丁亥日，驻扎在昭哈。赐予右卫、大同阵亡的军士白银。庚寅日，大将军费扬古献上俘虏。皇上赐给他们银两赎身，让他们与家人团聚。戊申日，皇上亲自视察右卫的军士，并赐给他们食物。皇上传谕说：“昭莫多之战，你们缺乏粮食，步行还能抵御敌人，所以特别赐给你们食物。你们所借的库银全部免除。那些伤病的人，另外再赏赐。”众人都叩首欢谢。庚戌日，皇上驻扎在丽苏。皇上给皇太后写信，感谢她赐予的裘服。
十一月戊寅日，噶尔丹派遣使者乞求投降，使者格垒沽英到来，可能是想暗中探听皇上的旨意。皇上告诉他：“我给你们七十天的期限，超过这个时间我就进兵了。”庚辰日，皇上回銮。
十二月壬寅日，皇上返回京城。任命宗室费扬固为右卫，祁布为满洲都统，雷继尊为汉军都统。庚戌日，皇上下诏：“陕、甘沿边的州县卫所，因为军队经过，供应繁多，百姓劳苦，所以决定明年全部免除地丁银米。”
这一年，免除了江南、江西等省三十二州县的灾赋，有一定的差别。朝鲜也入贡。
三十六年丁丑春正月丙辰日，皇上到南苑进行狩猎活动。戊辰日，哈密回部抓获了噶尔丹的儿子塞卜腾巴尔珠尔并献上。己巳日，皇上派遣官员慰问勇略将军赵良栋，并赐给他人参和鹿尾。甲戌日，皇上谕旨：“朕阅读《明史》，发现一代之中并没有女性干预政事，以臣子凌驾于君主之上的事情。我朝的例子中，这样的情形较多。朕不像前人那样，动辄讥讽导致亡国。现在修撰《明史》，应把这个谕旨增入敕书中。”
二月丁亥日，皇上亲自出征噶尔丹，启銮出发。这一天，驻扎在昌平。阿必达上奏说哈密擒获了厄鲁特人土克齐哈什哈，他是杀害使臣马迪的首要罪犯。皇上命令诛杀他，将他的子女交给马迪的家中为奴。戊戌日，皇上驻扎在大同。丁未日，驻扎在李家沟。戊申日，皇上下诏免除军队所经过的岢岚、保德、河曲等州县今年的额定赋税。这一天，驻扎在辇鄢村，山泉喷涌而出，人马都得到了滋润。庚戌日，派遣官员祭祀黄河之神。
三月丙辰日，皇上驻扎在屈野河。厄鲁特人多尔济、达拉什等人先后前来投降。皇上赐给哈密回王金币和冠服。丁巳日，赵良栋去世，皇上听到这个消息后，感叹悼念了很久，对近臣说：“赵良栋是个伟大的男子。”辛酉日，驻扎在榆林。戊辰日，驻扎在安边城。宁夏总兵王化行请求皇上在花马池狩猎。皇上说：“何不用这些马力去狩猎噶尔丹呢？”辛未日，驻扎在花马池。丙子日，皇上从横城渡河。派遣皇长子胤禔去祭奠赵良栋和前任提督陈福。丁丑日，皇上驻扎在宁夏。慰问昭莫多、翁金战役中阵亡的士兵。己卯日，祭祀贺兰山。庚辰日，皇上检阅军队。命令侍卫将御用的食物平均赐给战士们。
闰三月辛巳初一，出现日食现象。庚寅日，康亲王杰书去世。宁夏的百姓听说皇上即将离开，恳请皇上多留几日。皇上说：“边地贫瘠，多留一日，就会多一日的骚扰。你们的诚意，我已经知道了。”
夏季四月辛亥日，皇上到达狼居胥山。甲寅日，回銮。庚申日，命令直省选拔文行兼优的人才为拔贡生，送到国子监。甲子日，费扬古上疏报告闰三月十三日噶尔丹服毒自尽，他的女儿钟齐海率领三百户前来投降。皇上率领百官行拜天礼。敕令各路军队班师。这一天，下起了大雨。厄鲁特投降的人请求庆贺，但皇上制止了他们。之前，皇上曾到宁夏视察黄河，从横城乘船出发，到湖滩河朔后，上岸步行，率领侍卫行猎，打鱼射水鸭作为粮食，到包头镇时与车骑会合。
五月乙未日，皇上回到京城。丁酉日，任命傅拉塔为刑部尚书，席尔达为左都御史，翁叔元被罢免，任命吴琠为刑部尚书，张鹏翮为左都御史。癸卯日，礼部请求皇上上尊号，但皇上没有允许。
六月甲寅日，礼部请求在军队所经过的名山上刻石纪功。皇上同意了这一请求。并给已故的勇略将军一等子赵良栋举行祭祀安葬，并赐谥号为“襄忠”。
秋季七月癸未日，群臣多次请求为皇太后上徽号，但皇上三次都未允准。乙未日，因为朔漠（北方沙漠地带）已经平定，皇上派遣官员前往郊庙、陵寝、先师进行祭祀，并告慰这些功绩。赐给李蟠等一百五十人进士及第出身，等级有所差异。同时，晋封大将军伯费扬古为一等公，参赞以下的官员也各授世职。辛丑日，免除旗兵的借款。乙巳日，皇上派遣官员赏赐外藩四十九旗的士兵。丁未日，皇上巡视塞外。
八月乙亥日，皇上驻扎在巴图舍里，并赐给蒙古的王、公、台吉银币。
九月癸未日，厄鲁特的丹济拉前来归附。皇上独自在毡幄中召见他。丹济拉对人说：“我是罪人，但皇上却毫不怀疑我，真是神人啊。”甲午日，皇上回到京城。庚子日，任命都统凯音布兼任步军统领。壬寅日，皇上亲临经筵（古代帝王为讲论经史而特设的御前讲席）。乙巳日，振平将军、湖广提督徐治都去世，皇上赐赠他太子少保的荣誉，并赐予祭葬，谥号为“襄毅”。同时，赈济黑龙江因水灾受困的居民。任命席尔达为兵部尚书，哈雅尔为左都御史。
冬季十月己巳日，开始允许宗室成员参加乡试和会试。壬戌日，皇上诏告说：“近年来，军队行军出入，都经过山西地区，当地百姓有行赍居送的辛劳。因此，免除山西明年的额定赋税。”同时，叙述了从征的镇国公苏努的功绩，并晋封他为贝子。庚午日，皇上前往谒陵。甲戌日，内监刘进朝因讹诈他人被判处死刑。
十一月辛巳日，皇上回到京城。丙戌日，和硕恪靖公主下嫁给喀尔喀郡王敦多布多尔济。戊戌日，朝鲜请求粮食援助，于是皇上命令运送三万石大米前往赈济。甲辰日，皇上诏令直省（直属中央的省份）上报灾害后应立即核实并上报。
十二月丁卯日，改任宗室董额为满洲都统。乙亥日，在太庙举行合祭。
这一年，免除了直隶、江南、安徽、江西等省五十九个州县因灾造成的赋税差异。朝鲜、琉球、安南都进献了贡品。