在冬季的十月癸未日，偏沅巡抚韩世琦在古州击败了贼将黄明。甲申日，额鲁特的噶尔丹前来进贡。乙酉日，大学士图海率军凯旋，皇帝对他进行了嘉奖和慰劳。壬辰日，皇帝下诏，撤回平南、靖南两藩的军队返回京城。癸卯日，皇帝下诏免去吐鲁番进贡的犬和马。
十一月辛亥日，皇帝下诏，跟随叛贼的人，除了公然抵抗王师的人外，其余的都削去官职并放回家乡。任命诺迈为汉军都统。癸亥日，定远平寇大将军贝子彰泰、平南大将军都统赖塔、勇略将军总督赵良栋、绥远将军总督蔡毓荣上奏说，王师在十月二十八日攻入云南城，吴世璠自杀，他的首级被传示，吴三桂的尸骨被分解，向中外展示，伪相方光琛被诛杀，其余党羽投降，云南平定。同一天，皇帝前往孝陵昭告此事，并在蓟州驻留。丁卯日，皇帝在孝陵进行祭祀。辛未日，皇帝召贝子彰泰、将军赵良栋回京。乙亥日，皇帝在南山打猎，射杀了三只老虎。己卯日，皇帝返回京城。
十二月戊子日，朝廷设立满洲将军驻守荆州，汉军将军驻守汉中。 癸巳日，群臣请求皇帝上尊号。皇帝下诏说：“自从逆贼作乱，百姓响应，军队疲于征战，百姓疲于运输。再加上水旱灾害频繁，各种灾异现象接连出现。这都是我德行不足所致。幸赖祖宗神灵保佑，平定了叛乱。现在正是选拔贤良之士，让百姓休养生息的时候，然而如果过分满足自己，做些无意义的装饰，怎能不感到羞愧呢！因此，不要这样做。”同时，补办了广西的乡试。戊戌日，大学士图海去世。己亥日，皇帝在太和门接受百官朝贺，宣布捷报于中外。癸卯日，给太皇太后、皇太后加上徽号，并颁布恩诏，赏赐宗室，奖赏外藩，给予封赠，扩大 解额，举荐隐逸之士，表彰节孝之人，抚恤孤独无依者，对不愿接受赦免的罪犯也全部赦免。任命于成龙为江南江西总督，吴兴祚为广东广西总督。丁未日，皇帝在太庙进行合祭。
这一年，朝廷免除了直隶、江南、江西、山东、山西、浙江、福建等省七十五个州县的灾害税赋，具体数额有所不同。全国丁户数量为一千七百二十三万，征收的银两为二千二百一十八万三千七百六十两有余。盐和茶的税收为二百三十九万九千四百六十八两。铸造的钱币为二万三千一百三十九万。朝鲜、厄鲁特都前来进贡。
二十一年壬戌春季正月壬戌日，是上元节，皇帝赐给朝廷大臣们宴会，观赏花灯，并让他们用柏梁体的形式赋诗。皇帝首先唱道：“丽日和风被万方。”朝廷大臣们依次接续着赋诗。皇帝亲自写了《升平嘉宴诗序》，并将其刻在翰林院的石碑上。丙寅日，调任蔡毓荣为云贵总督。戊辰日，王大臣们上奏说：“耿精忠家族世代受封为王，却甘愿叛逆，扰乱浙江、江西，以及安徽、徽州等地，如果不是靠军队的武力，其蔓延之势将何其严重。李本深、刘进忠等人多年担任提镇，享有高官厚禄，却不能改变他们的邪恶之心，俯首从贼，这又有何益处。他们都应该从严惩治，以此作为防备，作为世道人心的典范。我们谨拟定了这样的建议，请皇上下旨。”皇帝下旨：耿精忠、曾养性、白显中、刘进忠、李本深等人，都处以磔刑并枭首示众。耿精忠的儿子耿继祚，李本深的孙子李象乾、李象坤，以及他的侄子李济祥、李济民，还有祖弘勋等人，都处以斩刑。那些被贼人误导的陈梦雷、李学诗、金境、田起蛟等人，都减死一等处罚。己巳日，特别封安亲王岳乐的儿子岳希为僖郡王。
二月庚辰日，任命达都为左都御史。癸未日，因为平定云南而派遣官员前往岳渎、古帝陵、先师阙里进行告祭。甲申日，皇帝亲临经筵。丙戌日，任命佟国维为领侍卫内大臣。辛卯日，皇帝在景山斋居，为太皇太后祈福。癸巳日，皇帝东巡，启程。皇太子胤礽随行。蒙古的王贝勒等人请求皇帝上尊号，但皇帝没有允许。任命穆占为蒙古都统。妖人朱方旦被诛杀。戊戌日，皇帝到达山海关，派遣大臣祭祀伯夷、叔齐的庙宇。
三月壬子日，皇帝祭拜了福陵、昭陵，并在盛京驻跸。甲寅日，在福陵进行告祭。丙辰日，在昭陵进行告祭。皇帝赏赐了将军以下的所有官员，包括守陵官、年老退休的官员以及因伤病废弃的士兵。皇帝还赦免了盛京、宁古塔等地的罪犯。免除了皇帝出行所经过的地方的租税。己未日，皇帝祭拜了永陵，并举行了告祭仪式。皇帝还准备了鲢鱼、鲫鱼等进献给太皇太后、皇太后。庚申日，皇帝从山路前往乌拉进行狩猎。辛酉日，皇帝在长白山进行了望祭。乙亥日，皇帝在松花江上泛舟。
夏季四月辛巳日，皇帝返回京城。赐给宁古塔将军、副都统等宴会，并赏赐了退休官员和士兵。乙巳日，皇帝在中后所停留。流放的王廷试的儿子德麟叩见皇帝，请求代替父亲戍守，但部议没有批准。皇帝下谕说：“王德麟的请求很值得同情。遇到我来到这里，也是难得的机遇。他们父子都是读书人，可以都释放回家。”
五月辛亥日，皇帝返回京城。壬子日，皇帝下诏，因为宁古塔地区气候苦寒，将流人改发到辽阳。己未日，大学士杜立德请求退休，皇帝温和地批准了他的请求。丙寅日，皇帝免除了吉林的贡鹰，并减少了徭役。戊辰日，任命王熙为大学士。
六月乙酉日，任命佟国瑶为福州将军。庚寅日，任命公倭赫为蒙古都统。甲辰日，大学士冯溥请求退休，皇帝温和地批准了他的请求，并派遣官员护送他，让他快速返回原籍。
秋季七月庚戌日，任命杭艾为左都御史。甲寅日，命令刑部尚书魏象枢、吏部侍郎科尔坤巡查京城周边地区，将那些欺压百姓的豪强拘捕并上报。乙卯日，将平定耿精忠、尚之信、吴三桂三位叛逆的战绩向蒙古宣告。
八月丙子日，皇帝下诏，让内阁学士参与政事。癸卯日，谭弘的儿子谭天秘、谭天伦被诛杀。
九月戊申日，赐给蔡升元等一百七十六人进士及第或进士出身，根据他们的表现给予不同的待遇。甲子日，皇帝下诏，每天他都会亲自上朝听政，春夏季节在辰时初刻，秋冬季节在辰时正刻。
冬季十月甲申日，定远大将军贝子彰泰、征南大将军都统赖塔凯旋而归，皇帝亲自到郊外慰劳他们。己丑日，任命黄机、吴正治为大学士。辛卯日，皇帝下诏重修太祖实录，编纂三朝圣训以及平定三位叛逆的方略。
十一月甲寅日，任命李之芳为兵部尚书，希福为西安将军，瓦岱为江宁将军。戊午日，皇帝下诏在广西建立双忠祠，用来祭祀巡抚马雄镇、傅弘烈。庚申日，任命赵赖为汉军都统。戊辰日，任命施维翰为浙江总督，噶尔汉为满洲都统。
十二月己卯日，前广西巡抚陈洪起因跟随叛贼被判处死刑，但皇帝命令将他流放到宁古塔。癸未日，任命许贞为广东提督。戊子日，任命达海之孙陈布禄为刑部郎中。癸巳日，对于行军失律的罪行进行惩处，简亲王喇布被剥夺爵位，其余的人被遣戍、降职或罢免，根据罪行轻重有所不同。庚子日，郎谈从黑龙江返回，向皇帝报告了罗刹（指俄罗斯）侵犯边境的情况。皇帝命令宁古塔将军巴海、副都统萨布素率领军队进行防御。在黑龙江、呼马尔建立了木城，并分派军队屯田。
这一年，皇帝免除了直隶、江南、江西、山东、山西、浙江、湖广等省七十八个州县卫因受灾而需要缴纳的赋税，具体数额有所不同。朝鲜、安南等国家也向清朝进贡。
二十二年癸亥春季正月乙卯日，皇帝宴请并赏赐了朝廷大臣们。己未日，皇帝观看了官校进行射箭比赛。
二月癸酉日，帅颜保被罢免，介山被任命为礼部尚书，喀尔图则被任命为刑部尚书。甲申日，皇帝亲自前往五台山。
三月戊申日，皇帝返回京城。戊午日，任命噶尔汉为荆州将军，彭春为满洲都统。
夏季四月乙亥日，皇帝命令各地提督、总兵等官员依次入京朝见。庚辰日，命令巴海回驻乌拉，萨布素、瓦礼祜率领军队驻守额苏里以防御边境。辛卯日，任命公坡尔盆为蒙古都统。
五月丙午日，设立了汉军火器营。甲子日，皇帝命令施琅出征台湾。
六月丁丑日，皇帝视察了内库，并赏赐了朝廷大臣们钱币和器物。戊寅日，任命伊桑阿为吏部尚书，杭艾为户部尚书。癸未日，皇帝陪同太皇太后前往古北口避暑。
闰六月戊午日，施琅攻克了澎湖。庚申日，皇帝下谕告诫刑官在审理案件时不要拖延。
秋季七月，皇帝的车驾驻扎在胡图克图，赐给随行的蒙古王公冠服，赐给兵士银币。甲午日，皇帝陪同太皇太后返回皇宫。
八月庚子日，皇帝命令举行经筵大典，大学士以下的官员侍立。戊申日，任命哈占为兵部尚书，科尔坤为左都御史。戊辰日，施琅上疏报告军队已进入台湾，郑克塽率领他的部属刘国轩等人迎接投降，台湾得以平定。皇帝下诏赐予克塽、国轩封爵，封施琅为靖海侯，将士们也得到了不同程度的提拔和赏赐。
九月癸酉日，任命丁思孔为偏沅巡抚。己卯日，皇帝陪同太皇太后前往五台山。壬辰日，到达长城岭，由于道路艰险，太皇太后决定返回京城。皇帝独自前往五台山。同时，皇帝限制了额鲁特人的入贡人数。
冬季十月，皇帝到达五郎河行宫，然后陪同太皇太后返回京城。丁未日，群臣因台湾平定而请求为皇帝上尊号，但皇帝没有同意。癸亥日，任命萨布素为新设的黑龙江将军。乙丑日，皇帝下诏让沿海迁移的民众返回原居住地。
十一月癸未日，授予罗刹投降的人宜番等官职。戊子日，皇帝因海寇平定而前往祭告孝陵。癸巳日，皇帝巡视边境。
十二月甲辰日，皇帝返回京城。丁未日，跟随叛逆的土司陆道清被诛杀。壬子日，任命纪尔他布为蒙古都统。乙卯日，《易经日讲》完成，皇帝亲自撰写序言并颁布施行。尚书朱之弼、左都御史徐元文因推荐不当的人而被免职。乙丑日，举行了祫祭太庙的仪式。
这一年，皇帝免除了山东、山西、甘肃、江西、湖广、广西等省二十个州县因受灾而需要缴纳的赋税，具体数额有所不同。朝鲜、琉球等国家也向清朝进贡。