在那一年的某个时候，科尔沁、喀喇沁、乌朱穆秦、敖汉、翁牛特、苏尼特、札鲁特、郭尔罗斯、蒿齐忒、阿霸垓等部落都前来朝见。同时，朝鲜以及喀尔喀部的札萨克图汗、墨尔根绰尔济、额尔德尼绰尔济等人，也都前来进贡。
在第五年的春天，正月的某一天，明朝的宜春王朱议衍在汀州作乱，但被总兵官于永绶擒获并斩首。接着，朝廷免除了太原、平阳、潞安三府以及泽、沁、辽三州的受灾赋税。另外，和硕肃亲王豪格率军返回。衍禧郡王罗洛宏在军中去世，他的丧生使得朝廷暂停了两天朝会。
二月的时候，金声桓和王得仁在南昌叛变。不过，江南的官军随后收复了无为州，福建的官军也收复了连城、顺昌、将乐等县。同时，朝廷免除了济南、兖州、青州、莱州上年的受灾赋税。在那个月，固伦公主下嫁给了巴林部的塞卜腾。吕逢春被任命为山东巡抚，李鉴为宁夏巡抚。另外，明朝的贵溪王朱常彪、恢武伯向登位在沅州作乱，但被纛章京线国安等人讨伐并斩首。
三月的时候，贝子吞齐、尚善等人举报了和硕郑亲王济尔哈朗，导致济尔哈朗被降为多罗郡王，同时莽加等人也被降职或革职。肃亲王豪格因为犯罪被判处死刑，但皇帝不忍心将他处死，只是将他幽禁起来。皇帝还任命谭泰为征南大将军，与何洛会一同讨伐金声桓。同时，耿焞被任命为宣大山西总督。在这个月，武大定在宁羌作乱，但被游击张德俊等人大败。
四月初，杨兴国被任命为顺天巡抚。同时，朝廷免除了渭原、金县、兰州卫的受灾赋税。官军收复了建宁，并斩杀了明朝的郧西王朱常湖等人。朝廷还封科尔沁的杜尔伯特镇国公色冷为贝子，并派遣固山额真阿赖等人驻防汉中。大军在辰州取得胜利，接着攻破了永宁，直到全州。明朝的督师何腾蛟逃走，官军捕获了贵溪王朱长标、南威王朱寅卫、长沙王朱由栉等人。铜仁、兴安、关阳等地的苗族和瑶族也前来投降。朝廷还任命刘之源、佟图赖为定南将军，驻防宝庆；李国翰为定西将军，驻防汉中。吴三桂也从锦州移镇到汉中。
闰四月初，朝廷恢复了济尔哈朗的和硕郑亲王爵位。任命李国英为四川巡抚，迟日益为湖广巡抚。朝廷还命令贝子吞齐为平西大将军，与韩岱一同讨伐陕西的叛回。
五月初一，出现了日食现象。官军在巩昌击败了叛回，收复了临洮、兰州。游击张勇在马家坪击败叛回，并捕获了明朝的延长王朱识駉，然后将其斩首。朝廷任命赵福星为凤阳巡抚，朱延庆为江西巡抚。官军还击败了金声桓，收复了九江、饶州。任命刘弘遇为安徽巡抚。
六月初，朝廷免除了西安、延安、平凉、临洮、庆阳、汉中上年的受灾赋税。任命周文业为甘肃巡抚。额塞等人在兰州大破叛回，其余叛党也都被平定。京城发生了地震。太庙建成。
在秋天七月，朝廷首次设立了六部的汉尚书和都察院的左都御史，任命陈名夏、谢启光、李若琳、刘余佑、党崇雅、金之俊为六部尚书，徐起元为左都御史。
八月初，金声桓、王得仁侵犯赣州，但被官军击退。陈泰、李率泰等人在长乐和连江击败了郑彩，并收复了兴化。朝廷命令和硕英亲王阿济格、多罗承泽郡王硕塞等人讨伐天津的土贼。朝廷还禁止民间养马和收藏军器。任命王一品为凤阳巡抚。朝廷还允许满、汉官民可以相互通婚。任命夏玉为天津巡抚，张学圣为福建巡抚。
八月初一，金声桓和王得仁率军侵犯赣州，但被官军击退。之后，陈泰、李率泰等人在长乐击败了郑彩的军队，并在连江再次击败他，收复了兴化。又过了几天，朝廷命令和硕英亲王阿济格、多罗承泽郡王硕塞等人去讨伐天津的土贼。随后，朝廷禁止民间养马和收藏军器。接着，任命王一品为凤阳巡抚。朝廷还发布了命令，允许满、汉官民之间可以相互通婚。最后，任命夏玉为天津巡抚，张学圣为福建巡抚。
九月初一，官军在南康湖口捕获了明朝的巡抚吴江等人，并将他们斩首。之后，和硕英亲王阿济格成功平定了曹县的土贼。朝廷还封贝勒勒克德浑为多罗顺承郡王，博洛为多罗端重郡王。随后，和硕郑亲王济尔哈朗被任命为定远大将军，负责讨伐湖广的贼军李锦。此外，朝廷还封贝勒尼堪为多罗敬谨郡王。
十月初，和硕礼亲王代善去世。不久，佟图赖收复了宝庆。但降将刘泽清勾结曹县的贼军叛变，刘泽清及其党羽李洪基等人都被处决。
十一月初，广东叛将李成栋占据南雄，并勾结峒蛮侵犯赣州，但被巡抚刘武元等人击退。总兵官任珍成功击败了贺珍的军队。朝廷在圜丘举行祭天仪式，以太祖武皇帝配享。同时，追尊太祖以上的四世先祖为皇帝，并尊他们的配偶为皇后。之后，皇帝亲自到太庙上册宝。接着，因为配天及上尊号礼成，皇帝在宫殿接受朝贺，并宣布大赦。同时，和硕英亲王阿济格、多罗端重郡王博洛、多罗承泽郡王硕塞等人率师驻守大同，以防备喀尔喀。
十二月初一，朝廷命令郡王瓦克达、贝子尚善、吞齐等人前往阿济格的军队。同时，调动八旗游牧蒙古官军的一半兵力，驻守阿尔齐土苏门哈达。之后，姜镶在大同叛变，总督耿焞逃到阳和。朝廷免除了平山、隆平、清丰的受灾赋税。阿济格开始围攻大同。朝廷再次派遣梅勒章京阿喇善、侍郎噶达浑前往阿济格的军队。同时，免除了大同的受灾赋税。杨捷等人收复了都昌，并捕获了明朝的兵部尚书余应桂，将其斩首。最后，任命佟养量为宣大总督。
这一年，苏尼特、紥鲁特等部落前来朝见。朝鲜，喀尔喀部的俄木布额尔德尼、戴青讷门汗喇嘛、塞尔济额尔德尼魏正、硕雷汗、迈达理胡土克图、紥萨克图汗下额尔德尼哈谈巴图鲁，厄鲁特部的顾实汗、锡勒图绰尔济、诺门汗，索伦部的阿济布，鄂尔多斯部的单达，苏尼特部的腾机忒，科尔沁贝勒张继伦，归化城的固伦第瓦胡土克图、丹津喇嘛额尔德尼寨桑，土默特部的古禄格，乌思藏的阐化王王舒克，汤古特的达赖喇嘛都前来进贡。此外，朝鲜、厄鲁特的顾实汗、汤古特的达赖喇嘛再次前来朝见。
六年的春天，正月壬戌，官军收复了罗源、永春、德化等县。癸亥日，朝廷命令多罗敬谨郡王尼堪等人去征讨太原。戊辰日，皇帝发布谕旨说：“我希望天下的臣民都能过上安定的生活，我每天都在思考如何实现这个目标，从不敢有丝毫的懈怠。过去，流寇作乱，造成了极大的惨祸。我入关讨伐这些贼军，得到了士人和百姓的归心。但近年来，一些不法之徒编造谣言，说我要清洗百姓。这些无知的小民轻信这些谣言，惶恐不安，四处逃散，造成了很多混乱。我听说不喜好杀人的君主，能够统一天下。《尚书》上说：‘百姓如果没有君主，就不知道该依靠谁，而君主如果没有百姓的支持，也无法守住国家。’如果君主残害百姓，那他就失去了统治的基础。 从我入关的第一年算起，至今已经六年了，我怎么可能无缘无故地屠杀百姓呢？如果百姓能好好思考这个问题，那么疑虑就会像冰雪一样消融。对于那些自甘为贼，乐于走向死地的人，必定是受到了某种逼迫才走到这一步的。是不是因为总督、巡抚、镇守、按察使等官员不得其人，或者有司官员的剥削，让百姓难以生存呢？还是因为蠲免赋税只是有名无实呢？我希望朝廷内外各官能切实讨论兴利除弊的策略，我会根据具体情况来酌情实施。”辛未日，姜镶的党羽姚举等人杀害了冀宁道王昌龄，攻陷了忻州，但被固山额真阿赖击败并逃走。 乙亥日，皇帝再次发布谕旨说：“设立关卡征税，是为了稽查奸细，不是为了与商人计较微小的利益。各地应按原定的税额征税，不得随意增加以中饱私囊，违者将受到惩罚。”同时，他还谕告山西大同的军民，不要被姜镶的胁迫所引诱，凡是前来归附的人都会得到宽免。戊寅日，朝廷实施了保举连坐之法。庚辰日，皇帝下令，对于言官所论之事不实的情况，应由廷臣集议，不要直接交给刑部处理。辛巳日，任命金廷献为偏沅巡抚。壬午日，谭泰、何洛会收复了南昌，金声桓投水自尽，王得仁被处死，九江、南康、瑞州、临江、袁州等地都被平定。 癸未日，山西的贼党刘迁侵犯代州，阿济洛派遣军队击败了他。
二月初癸卯日，摄政王多尔衮出征大同。朝廷免除了直隶省六年以前的荒赋和四川商民的盐课。辛亥日，明朝的宗室朱森釜等人侵犯阶州，被吴三桂击败并斩首。