第二年春天正月戊子日，图赖等人在潼关打败了李自成。李自成倚靠山势布阵，但图赖率领的一百名骑兵发动了突然袭击，取得了显着的战果。随后，李自成亲自率领马步兵迎战，但又被多次击败，他的军队开始溃散。己未日，大军包围了潼关，李自成筑起多道壕沟，坚守城墙。穆成格、俄罗塞臣首先登上城墙，其他军队随后跟进，再次大败李自成。李自成逃往西安。丙申日，阿济格、尼堪等人率军抵达潼关，李自成的将领马世尧投降，但随后因反复无常被斩首。
丁酉日，任命多罗饶余郡王阿巴泰为总指挥，固山额真准塔为左翼指挥官，梅勒章京谭泰为右翼指挥官，代替豪格去征讨山东。庚子日，太宗的第七女固伦公主嫁给了内大臣鄂齐尔桑的儿子喇玛思。河南孟县的河水清澈了两天。壬寅日，多铎的军队到达西安，李自成逃到商州。癸卯日，大学士谢升去世。乙巳日，真定、大名、顺德、广平等地的山贼全部被平定。
丙午日，命令房山县每年用太牢（古代祭祀用的牲畜）祭祀金太祖、金世宗的陵墓。丁未日，免除山西今年一半的赋税。将国子监的孔子神位更名为“大成至圣文宣先师孔子”。庚戌日，禁止包衣大等私自收留投充的汉人，冒占田宅，违者将被处死。壬子日，免除济源、武陟、孟、温四县今年的赋税以及磁、安阳等九州县的一半赋税。癸丑日，免除了修边民壮的八千多人。
二月丙辰日，阿巴泰在徐州打败了山贼。己未日，修订了律例。任命李鉴为宣大总督，冯圣兆为宣府巡抚。投降的将领许定国在睢州袭击并杀死了明朝的兴平伯高杰。辛酉日，命令豫亲王多铎移师去平定江南，英亲王阿济格去讨伐流寇的余党。丙寅日，禁止管庄拨什库破坏民众的坟墓。己巳日，任命祁充格为内弘文院大学士。庚午日，阿济格剿灭了陕西的余寇，攻克了四座城市，使三十八座城市投降。丁丑日，多铎的军队到达河南，贼将刘忠投降。
三月甲申朔日，开始在历代帝王庙祭祀辽太祖、金太祖、金世宗、元太祖、明太祖，并将他们的臣子耶律曷鲁、完颜粘没罕、斡离不、木华黎、伯颜、徐达、刘基作为从祀。庚寅日，多铎的军队从虎牢关出发，分遣固山额真拜伊图等人从龙门关出发，兵部尚书韩岱、梅勒章京宜尔德、侍郎尼堪等人从南阳出发，合军于归德，所过之处都投降了，河南全部平定。辛卯日，免除了山东的荒地赋税。庚子日，前明朝的大学士李建泰来投降。乙巳日，派遣八旗官军轮流驻守济宁。丙午日，朝鲜国王的次子李淏返回。己酉日，免除了蓟州第一年的赋税。壬子日，太行山的所有山贼都被平定。
在夏季的四月丙辰这一天，我们派遣了八旗军官各一名去盛京驻防。辛酉日，我们任命王文奎为陕西总督，焦安民为宁夏巡抚，黄图安为甘肃巡抚，前明朝的尚书张忻为天津巡抚，郝晋为保定巡抚，雷兴为陕西巡抚。甲子日，我们把为明朝殉难的太监王承恩安葬在明帝陵的旁边，并给予他祭田，建立墓碑。己丑日，多铎的军队到达了泗州。阿山等人占领了泗北淮河桥，明朝的守将焚烧了桥梁并逃走，我军于是在夜间渡过了淮河。
在丁卯日，我们发布了一道命令说：“流贼李自成杀害君王，虐待百姓，引起了神和人的共同愤怒。我顺应天命，安抚了中华，但他仍然占据秦川，抗拒我们的教化。因此，我命令和硕豫亲王率领南伐的军队直接攻打崤山和函谷关，和硕英亲王率领西征的军队从绥德渡过黄河。在不到一个月的时间里，整个秦川都被我们平定了。我同情这些百姓，希望他们都能开始新的生活。那些被贼军胁迫或误导的人，我们都将赦免他们，并免除他们所有的拖欠赋税。大军所过之处，免除今年赋税的一半，其余的免除三分之一。”
庚午日，豫亲王多铎的军队到达了扬州，我们劝降前明朝的阁部史可法和翰林学士卫胤文等人，但他们不愿意。甲戌日，我们任命孟乔芳为陕西三边总督。太宗的第八个女儿固伦公主嫁给了科尔沁土谢图亲王巴达礼的儿子巴雅斯护朗。
丁丑日，拜尹图、图赖、阿山等人攻克了扬州，前明朝的阁部史可法不屈服，被杀。辛巳日，我们开始举行武乡试。
五月壬午日，河道总督杨方兴进献了瑞麦。皇上说：“只要百姓丰收，人民快乐，那就是吉祥的征兆，不在于瑞麦。我们应该更加关心百姓，更加努力地安抚他们。”癸未日，因为旱灾，皇上命令刑部考虑囚犯的情况。他命令内三院大学士冯铨、洪承畴、李建泰、范文程、刚林、祁充格等人纂修《明史》。
丙戌日，多铎的军队到达了扬子江，前明朝的镇海伯郑鸿逵等人率领水军用船只分别守卫瓜洲和仪真。我们的军队在江的北面，拜尹图、图赖、阿山率领水军从运河悄悄渡过长江，梅勒章京李率泰乘夜登陆。黎明时分，我们的军队都渡过了长江，敌人全都溃败了。
丁亥日，我们任命王志正为延绥巡抚，并免除了高密县元年的额定赋税。皇上赐给诸王以下及百官冰块，并把这个规定定为法令。己丑日，宣府地区的一个妖民刘伯泗因为谋反被伏诛。庚寅日，我们任命王文奎为淮扬总督，赵福星为凤阳巡抚。
丙申日，多铎的军队到达了南京。前明朝的福王朱由崧及大学士马士英逃走到了太平。而忻城伯赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等三十一人则开城投降。兴平伯高杰的儿子高元照、广昌伯刘良佐等二十三人率领马步兵二十三万余人也先后投降。
丁酉日，我们任命郝晋为保定巡抚，并免除了平度、寿光等六州县的元年额定赋税。戊戌日，我们命令满洲的子弟们去上学，每十天去监考一次课程，春秋两季则每五天进行一次射箭演习。前明朝的中书张朝聘捐赠了一千根木材来帮助建造宫殿，并请求按例给予议叙。但皇上认为用官应该只看重贤能，不能因为捐赠就授予官职，于是命令有关部门给予他相应的报酬。
庚子日，我们免除了章丘、济阳等地京班匠人的价格，并命令直省废除匠籍，让他们成为普通百姓。甲辰日，我们规定了叔父摄政王的礼仪，所有的文书上都称他为“皇叔父摄政王”。乙巳日，我们免除了皇后的租税，并免除了崇文门的米麦税。
庚戌日，我们宣布了平定江南的捷报。乾清宫已经建成，并再次开始建造太和殿、中和殿和位育宫。
六月癸丑日，我们免除了兴济县元年的额定赋税。甲寅日，我们免除了近畿地区今年三分之二的圈地额定赋税。乙卯日，任命丁文盛为山东巡抚。丙辰日，皇帝颁布命令，要求南中的文武军民剃发，如果不遵从，将会受到军法的制裁。这个月，皇帝开始命令直省在规定的十天内按照法令剃发。辛酉日，豫亲王多铎派遣军队在芜湖追击前明朝的福王朱由崧。明朝的靖国公黄得功率兵迎战，但图赖大败他，黄得功中流矢身亡。总兵官田雄、马得功抓住了福王及其妃子来投降，各位将领也都投降了。同时，我们免除了永宁等四县元年的荒年赋税。
丙寅日，再次重申了剃发的命令。我们也免除了深、衡水等七州县元年的荒年赋税。丁卯日，陕西的妖贼胡守龙发起叛乱，但孟乔芳成功地讨伐并平定了这场叛乱。戊辰日，皇太妃去世。辛未日，何洛会率领军队驻防西安。同时，我们命令江南地区在十月举行乡试。己卯日，皇帝颁布诏书说：“本朝在东陲立国已有多年，疆域广阔，无意并吞他国。过去在边疆用兵，本意是希望和平共处。不幸的是，敌人凶恶至极，明朝的国运永远终结了，因此我军入关，为明朝雪恨。但由于敌人首领尚未消灭，我们不敢有丝毫懈怠，于是命令两位王爷誓师西讨。然而，南中却乘机立君，妄自尊大，施行暴政，严重虐待人民。我日夜忧惧，想拯救穷苦百姓，西边的敌人既已摧毁，便开始南伐。我军兵不血刃，从汴京抵达淮河。刚刚攻克扬州，就平定了江南。金陵的士女，都感受到了我们天子的恩泽。现在我们已经俘虏了福王，南方基本平定，特此颁布大赉，与民更始。河南、江北、江南的官民，凡有被误伤的，都予以赦免。所有的横征暴敛和拖欠的赋税，都予以免除。大军所过之处，免除今年额定赋税的一半，其余免除三分之一。”
闰六月甲申日，阿济格在邓州击败李自成，穷追至九江，共进行了十三次战斗，每次都大败李自成。李自成逃窜到九宫山，自缢身亡，其党羽也都被平定。前明朝的宁南侯左良玉的儿子左梦庚、总督袁继咸等人率领马步兵十三万、船只四万从东流来投降。丙戌日，我们规定了群臣公以下及生员耆老的顶戴品式。己丑日，黄河在王家园决堤。庚寅日，皇帝下诏命令阿济格等人班师回朝。辛卯日，我们改变了江南民解漕、白二粮的官兑方式，改为官解。壬辰日，皇帝颁布谕旨说：“明朝末年的台谏官员们，贪图名利，结党营私，相互攻击，迷惑君主，最终导致了国家的丧乱。现在天下初定，百事更始，各位官员应该公正忠诚地为国家服务，各尽职责，不要重蹈覆辙，自招灭亡。”同时，我们确定了满洲文武官员的品级。癸巳日，我们命令大学士洪承畴去招抚江南各省。甲午日，我们确定了诸王、贝勒、贝子、宗室公的顶戴式样。乙未日，废除了割脚筋的刑罚。癸卯日，我们命令吴惟华去招抚广东，孙之獬去招抚江西，黄熙允去招抚福建，江禹绪去招抚湖广，丁之龙去招抚云南、贵州。多铎派遣贝勒博洛及拜尹图、阿山率兵进攻杭州，前明朝的潞王投降，淮王从绍兴来投降。嘉兴、湖州、严州、宁波等郡都平定了。我们分派总兵官吴胜兆攻克了庐州、和州。乙巳日，我们改南京为江南省，应天府为江宁府。同时，我们命令陕西在十月举行乡试。