己酉日，大军行进至都尔鼻（地名），各路蒙古外藩的军队也陆续前来会合。甲寅日，大军行进至讷里特河。
六月辛酉日，向蒙古的各位贝勒以及孔有德、耿仲明、尚可喜等人颁布了军令，命令他们：“行军时不得离开军旗，不得喧哗，不得私自外出劫掠。对于抗拒者要诛杀，归顺者要安抚。不得毁坏庙宇，不得杀害无辜行人，不得抢夺他人财物，不得拆散夫妻，不得淫乱妇女。违者将受到惩罚。”之前，察哈尔的林丹汗向西逃奔至图白特，他的部众因为林丹的暴虐而痛苦不堪，有十分之七八的人逗留在原地，粮食耗尽后，甚至出现了杀人相食的情况，屠戮和劫掠不断，部队溃散四处。到这时，陆续前来归附的人有数千户。辛未日，大军行进至库黑布里都，讨论了觉罗布尔吉、英俄尔岱擅自杀害察哈尔布颜图部众的罪行，并剥夺了他们的赏赐。甲戌日，大军行进至喀喇拖落木，命令贝勒德格类率兵进入独石口，侦察居庸关的情况，约定在朔州会师。戊寅日，谕令蒙古的各位贝勒说：“科尔沁的噶尔珠塞特尔等人叛逃至索伦，被他们的族兄弟等人追获并杀害，我对此深感恻然。我希望能够宣扬德化，使人民共同过上安乐的生活。现在虽然有些贝勒因罪被诛杀，但这也是因为我教化还未遍及所致。”又命令减轻阿鲁部达喇海等人越界驻牧的罪行。壬午日，察哈尔的土巴济农率领他的民众千户前来归附。喀尔喀部的巴噶达尔汉也前来归附。甲申日，命令大贝勒代善等人率兵进入得胜堡，攻略大同，西至黄河，副都统土鲁什、吴拜等人则直接进入归化城安抚察哈尔的逃民，所有人都在朔州会师。
秋季七月己丑日，命令贝勒阿济格、多尔衮、多铎等人进入龙门，会合宣府的大军，皇帝亲自统领大军从宣府出发，向朔州进军，约定四路兵马按期同时进军。辛卯日，拆毁了边墙。壬辰日，进入上方堡，到达宣府右卫，以书信责备明朝守臣背弃盟约之罪，并再次谕令他们派遣使者议和。癸巳日，驻扎在城东南。当时阿济格正在攻打龙门，还未攻下，于是命令他攻略保安。丁酉日，在城东扎营，给明代王写了一封信，再次约他派遣使者议和。代善攻打得胜堡，并成功攻克。明朝参将李全自杀身亡。进攻怀仁、井坪，都没有攻克，于是驻扎在朔州。丙午日，皇帝围攻应州，命令代善等人迅速前往马邑。土鲁什到达归化城，察哈尔林丹的妻子率领她的八个寨子的民众共一千二百户前来投降。庚戌日，阿济格等人攻克了保安州。壬子日，德格类进入独石口，夺取了长安岭，攻打赤城，但没有攻克，所有人都在应州会师。
八月乙卯日，命令将领们攻略代州。萨哈廉袭击崞县，并成功拔取。丙辰日，硕托进入圆平驿。甲子日，阿巴泰等人攻取了灵丘县的王家庄，并成功攻克。礼部承政巴都礼战死。又攻打应州的石家村堡，并成功攻克。丙寅日，皇帝从应州出发，听说明朝阳和总督张宗衡、大同总兵曹文诏驻扎在怀仁，推测他们这一夜必定会逃往大同，于是命令土鲁什、吴拜埋伏兵力拦截他们。但军队行进缓慢，张宗衡等人逃走了。皇帝愤怒地责备了他们。戊辰日，皇帝到达大同，给曹文诏写了一封信，让他赞同和议。又给众官员写了一封信，索要那些在明朝的察哈尔余孽。曹文诏挑衅战斗，但被击败。贝勒阿巴泰等人拔取了灵丘。明朝的代王母杨氏与张宗衡、曹文诏以书信来请求和谈。辛未日，皇帝派遣使者用书信回复了他们。壬申日，代善率领军队前来会合。癸酉日，驻扎在大同，派遣明朝宗室朱乃廷以及俘获的僧人进入城中。三次索要回信，都没有得到回应。于是释放了朱乃廷的妻子儿女以及朱乃振。丁丑日，在四十里铺扎营，截获了明朝间谍送往北楼口的信件，于是给明朝写了一封回信说：“你们在信中将满洲视为属国，我并未觉得这是错误的。只是辽东的官员欺凌我国，明朝的皇帝被臣下的狂妄之言所迷惑，虽然十几年来刀兵不断，但从未有一句询问及此，使我国的真实情况无法传达给明朝。如果派遣一名信使来判别是非，那么兵戈早就可以平息了。想要享受太平，只在旦夕之间。否则，你们国家的臣僚蒙蔽欺罔，虚报战果，谎称我国受到了严重的伤害，但如果我国真的如此弱小，岂能多次侵犯你们？难道明朝的皇帝不能稍微考虑一下吗？我求和的诚意，黑云龙是知道的，只是担心他怕得罪大臣而没有完全告诉你们罢了。”己卯日，大军到达阳和。明朝总兵曹文诏用伪造的信件向张宗衡谎报说炮击了我军，并声称缴获了我军的一杆军旗等话语，这些信件被我军的巡逻者截获。于是皇帝给张宗衡写了一封信说：“我认为明朝应该有忠臣义士实心为国谋划，但你们竟然如此虚妄地欺骗，难道不愧疚吗？现在我与你们约定，我军以一当十，如果你们能约定日期出战，我将勒令军队等待。如果你们用谎言欺骗君主，祸害生灵，那么祸患将无穷无尽。”壬午日，驻扎在怀远。癸未日，驻扎在左卫。
闰八月丙戌日，皇帝下书责备宣府的太监欺瞒皇帝、误国。丁亥日，副都统土鲁什在战斗中受伤并去世。军队攻击万全左卫，并成功攻克。庚寅日，军队返回。察哈尔的噶尔马济农等人派遣使者请求投降，说他们的汗王林丹已经去世，汗王的儿子和国民都想要归顺，于是皇帝命令阿什达尔哈等人前往侦查。丁酉日，军队移至旧上都城。庚戌日，军队移至并攻克了蚌地。辛亥日，察哈尔的寨桑噶尔马济农等人率领其国民六千人来归顺，并献上豆土门福金。
九月戊辰日，留守的贝勒济尔哈朗上报，季思哈、吴巴海征讨虎尔哈并俘虏了一千三百多人。阿鲁部的毛明安整个国家都来归附。辛未日，渡过辽河。壬申日，皇帝回到盛京。
十月己丑日，开始建设太祖的陵墓和寝殿，种植松树，并立有石兽。壬辰日，评定征讨宣、大将士的功过。己亥日，科尔沁的台吉吴克善送来了他的妹妹，皇帝接纳了她。庚戌日，因为八年的征讨都取得了胜利，皇帝写文告慰太祖。壬子日，朝鲜国王李倧派遣使者送来书信，但皇帝认为其言辞不恭敬，于是回信严厉责备他。
十一月乙丑日，六部的官员根据他们的政绩进行了晋升或降级。
十二月癸未朔日，朝鲜国王送来书信谢罪。壬辰日，皇帝命令副都统霸奇兰、参领萨木什喀征讨黑龙江尚未归顺的地区。丙申日，对宗室、额驸等人专管的佐领进行了划分。丁酉日，墨勒根喇嘛进贡了嘛哈噶喇金像，皇帝派遣使者到盛京迎接。癸卯日，察哈尔的祁他特车尔贝、塞冷布都马尔等各率其部下归顺。皇帝派遣吴巴海、荆古尔代征讨瓦尔喀。甲辰日，佐领刘学诚上书请求建立郊坛，并勤于朝政。皇帝说：“你提议我勤于朝政是对的。但关于建立郊坛，我还不知道天意如何，不敢轻率行事。如果将来能成就大业，那时再讨论也不晚。”
九年春正月丁卯日，皇帝亲自送科尔沁的土谢图济农等人回国。癸酉日，免除了功臣的徭役。丁丑日，皇帝下诏，太祖的庶子称为“阿格”，六祖的子孙称为“觉罗”，觉罗系要佩戴红带来区分。如果有人辱骂他们的祖父，将受到死罪的惩罚。
二月壬午日，皇帝命令大臣们推荐那些公正无私且通晓文艺、可以担任使者的人。丁亥日，将喀喇沁部的蒙古壮丁编为十一旗，每旗设都统一员，下设副都统、参领二员来统领。戊子日，皇帝谕示：“近来，进言者都请求攻打明朝，我怎能不考虑。但也需要看准时机行动。现在察哈尔刚刚归附，人心未定，城池也未修缮，如果轻率出兵，怎能成就大业。而且，一旦大军出动，明朝的皇帝可能会逃跑或请求和谈，我们是应该进攻还是防守？命令高鸿中、鲍承先、宁完我、范文程等人商议后上报。”己丑日，沈佩瑞请求在广宁、闾阳屯田，并建造船只来运输粮食，作为进取的计划。皇帝赞赏并采纳了他的建议。乙未日，范文程、宁完我建议，如果举荐不实应该实行连坐法。丁未日，皇帝命令多尔衮、岳讬、豪格、萨哈廉率领精锐骑兵一万，去收服察哈尔林丹的儿子额尔克孔果尔额哲。
三月戊辰日，皇帝谕示：“近来百姓的耕种受到了延误，这主要是因为佐领们忙于筑城，百姓们苦于劳役所致 。如果再有滥用民力妨碍农耕的行为，将治其罪。”庚午日，察哈尔的寨桑巴赖都尔等一千四百多人来归顺。
五月乙卯日，霸奇兰、萨木什喀征讨黑龙江的虎尔哈部，成功攻克其地，并将俘获的人口进行编制后归来，根据功劳进行了升赏。癸亥日，皇帝考虑到明朝必然调动宁、锦的军队来增援宣、大地区，于是派遣贝勒多铎率领军队进入宁、锦进行骚扰。己巳日，命令文馆翻译宋、辽、金、元四史。壬申日，贝勒多铎上奏，在锦州松山城外歼灭了明军五百人，并杀了其副将刘应选。丙子日，贝勒多尔衮、岳讬、萨哈廉、豪格等人上奏，说军队到达西喇朱尔格时，遇到了察哈尔的囊囊太妃和台吉琐诺木等人，他们以一千五百户投降，随后抵达了额尔克孔果尔额哲的住所，其母亲率领额哲前来投降。
六月乙酉日，贝勒多铎凯旋归来，皇帝赐给他良马五匹，并根据功劳赏赐了从征的将士。 丁酉日，吴巴海、荆古尔代率军归来，也根据功劳进行了赏赐。明朝登州黄城岛的千总李进功来投降。辛丑日，皇帝谕示：“太祖把人民托付给了我，我应该爱护和养育他们。有些贝勒们不是时候地进行修缮，使百姓劳苦，导致百姓无法安居，逐渐逃亡，这是违背了太祖的意愿，也会 助长敌人的势力。现在朝鲜已经宾服，察哈尔也举国来归，如果我们不能安抚他们的民众，将来即使开拓了更多的土地，又怎么能安置他们呢？贝勒和大臣们应该各自收敛骄纵的行为，以符合我的意愿！”壬寅日，察哈尔的台吉琐诺木率领其属下的六千八百人来归顺。癸卯日，皇帝谕示：“太祖禁止贝勒的子弟在郊外放鹰，是担心他们践踏农田、惊扰牲畜。但现在违反的人越来越多。俗话说：‘涓涓细流如果不堵塞，就会汇成江河。’因此，要严厉禁止这种行为。”