杨齐人虽然在上海，但往来的公文不断，这里面除了正常的文书之外，还包括杨齐对福建军政的改革，公文早就报到五军都督府，因为改革的都是卫所兵，属于军户，与并不无关，正好他们互相弹劾，无暇他顾。
对于军制改革，崇祯是支持的，福建的军政改革，并不需要户部、朝廷的拨款，盐务整理完毕之后，朝廷得到了四千万两真金白银，剩下的盐税杨齐也就顺理成章的截留了，这些费用都是查抄四大盐商的家产，都是需要变变***较耗时费力，杨齐愿意打理，崇祯自然没话说。
整编福建军政的具体事宜，自然落在了黄得功的身上，最近他带领“新军”，主要都是杨齐的直属部队，以及福建本地的卫所部队，屡立战功，黄得功的指挥能力这些个指挥使、千户们都是看在眼里，又有朝廷五军都督府及杨齐的公文调令，自然无话可说，不过这整编军政，自然要裁人，这去谁？流谁？就开始在部队里面传了开来，一开始还好，慢慢的就变了味道。
依靠军功、军威，自然可以弹压，可时间长不了，这一来一回的公文，就耗费了不少的时间，好在黄得功已经开始把选中的青壮，按照杨齐下发的“陆军训练手册”，开始军事化训练，那些准备裁撤的老弱病残，就在一旁休息，他们也都知道黄得功的厉害，尤其是还有五万新军驻扎在侧，这帮人的战斗力，他们都是看在眼里的，尽管不满，满肚子的牢骚，但却只能在嘴上说一说。
所有的军官，因为大多都是世袭，而杨齐并不打算激化矛盾，老弱病残必须裁掉，吃空饷的年代一去不复返，所有还想干的军官，因为裁员的关系，两个千户所甚至是三个、四个千户所进行合并，直到合并为满编为止，所有的千户、甚至是指挥使，全部考核新编《武经》，这里面的东西他们也不陌生，除了笔试部分，还有实操，一项一项的考核，比如你是指挥使，就考核你战略、布阵及后勤补给，以及对于未来战争的看法，千户则考核你战术、带兵，安营扎寨，训练士卒等，考核合格者，可以留任，不合格者降级，然后再考核这个级别的笔试、武试。
这里自然会被淘汰很多，这些将领自然会闹事，不过杨齐也都想在了前面，所有考核不过关，不想留在部队的，由总督府出面，对你的军籍进行买断，给你一片土地、银两，自谋出路，若是很想留在部队的，也可以转去其他部门，或者继续进行降级考核，再不济，当你准备充足了，还可以再来考核，或者直接前往上海，在那里有一座“上海军事学院”，由总督府出具票拟，前往学习，毕业通关后，再行归队。
凡此种种分流之后，福建省行都司、福建都指挥使司衙门等各级军事单位，整编前人数在十五万上下，整编后新军部队人数满打满算才达到五万之数，从此以后这部分军队完全脱产，跟杨齐的部队一样，都属于全职军人，编制依然属于五军都督府，其他被裁撤的人员，还可以继续当差的，再次进行筛选，然后进入各级州、府、县等行政单位，成为那里的城防军、衙役。
经过如此层层挑选之后，福建省军事单位的作战能力，没有丝毫减弱，反而战力大涨，各级城防部队的军事素质也有所提高。这里练兵的同时，杨齐还从赵英杰处抽掉了一大批的训练员，前往福建的城防军营区对他们进行军事化训练，为期三个月！并且以后每年都要进行考核，哪个城防军的训练不达标，将扣发该营主官的半年俸禄，其他将官扣发三个月的俸禄，全营士兵的训练周期则从原来的三个月，延长到为期半年的军事强化训练。
这一条条军事命令下发到基层单位之后，城防军原本还有些不满，可当看到就连千户都被裁撤的时候，顿时没了声音，不等赵英杰的训练员抵达，自己就开始带领部队操练起来，一时间福建全省各地都在大练兵，武备风气披靡。
最主要的是因为杨齐这个鹰派战将出身的总督，特别在乎军队的装备，各级军官申报的军服、武器、装备、补给等等一路绿灯，原本各级衙门都要克扣的，随着军队大换血，裁撤雷厉风行的档口，居然没有一个官员敢于触碰杨齐的霉头，为此总督府花费了高达三百万两白银，给整个福建武装人员换装，这也难怪，好多城防军的军服都是补了又补，犹如乞丐服，这次换装，每人下发了最少十二套军服，这里面包括了冬夏两季的作训服、战斗服以及常服各两套，给这些当兵高兴坏了，而且自从杨齐到任之后，这饷银从来就没有拖欠过，所以尽管杨齐对部队要求严格，而士兵却反而感觉温暖，因为自己终于有了归属感！再也不是爹不亲娘不爱的主儿了。
福建的军政改革是在剿匪结束之后，军队携军功之势而来，不到两个月，就完成了十五万人的整编，包括后续的分流、安置等问题，第三个月，再入冬前就开始军事化训练。
杨齐预计在明年的上半年，把福建的新军拉到京城，给皇帝陛下检阅，以达到在全国范围内推广新军的目的，一旦这个目标达成，明朝的战斗力将会大大提高，如果女真人再敢来犯的话，必将打得他们屁滚尿流。
福建的军事改革完成之后，就是民政方面的官员考核，杨齐已经开始着手办理，这里需要户部、吏部、礼部甚至是内阁多个部门联动，考核标准分为：刑事案件、民事案件、财政收入、地方发展、规划、城市整洁等等多个方面进行，很多问题都是这些官员不曾面对的，但又都是确实发生在他们辖区内、且属于其工作范畴的。