电影的拍摄已经结束，现在已经进入后期处理中。
剪辑那边，已经请到了《楚门的世界》剪辑师李－史密斯。
他是澳大利亚悉尼人，是个多面手。最早是干音效剪辑的，后来转行入电影剪辑并且越混越开。《机械战警2》、《空难遗梦》都出自他之手。
陈天都之所以找到他，是因为他在未来或会帮克里斯托弗－诺兰连剪五部片子，剪辑风格十分独特，兼具个人魅力，也很符合陈天都的观感。
尽管对李－史密斯有信心，但是剪辑过程中，陈天都依然全程陪同。万一他在剪辑的时候多剪或者少剪了一些镜头，都可能令他的新电影想要表达的效果降低几分。
所幸，两人虽然是第一次配合，一些想法却不谋而合，合作的非常愉快。
陈天都的胶片并不多，他的电影本就不需要太多剪辑动作。两人对电影节奏进行了探讨，都十分赞同快节奏的伶俐转换，这是剪辑最主要的依据——风格。既然在最重要的事务上达成共识，那么剩下的剧情剪辑工作就十分顺利了，居然只在一周内完成了剪辑。
搞定了剪辑，电影距离真正完成又近了一大步。
因为《黑客帝国》的特效工作并非是拍完之后才做，许多事情都是在跟随剧组拍摄而随时进行的。
整部一共有523个特效镜头，比原作足足多出111个特效镜头。由于《黑客帝国》包含大量特效镜头，加之革命性创新特效带来庞大的工作量，除了自己的特效公司manix外，特效总监迈克尔－辛基又联合了世界各地的五大特效公司。
矩阵自己负责“子弹时间”特效镜头。
“子弹时间”特效《黑客帝国》给人留下最深刻印象的就是“凝固时间”的场面：女主角崔尼蒂在旅馆跳起踢翻警察、救世主尼奥在楼顶躲避警探子弹的射击、尼奥和警探在地铁里飞起双枪对峙（把吴语森的招牌动作凝固在半空）。
这几组镜头都是把一个瞬间的动作时间放大了呈现在观众面前，然后带动观众从各个角度欣赏这个瞬间，表达出一种非现实的时间观点，更能融入影片的故事背景，同时在视觉上具有非常独特的冲击力，给观众造成了极其难忘的印象。
从视觉效果上来说，“子弹时间”是一种变相的慢镜头，它以正常的摄影机速度来展示子弹飞行、格斗等高速动作，于是看上去这些动作像是慢下来，但观众不但不感觉拖沓，反而将速度的快感无限扩大。
当《黑客帝国》中尼奥在旋转的运镜中缓慢地倾身躲避子弹，人们第一次真切地看见子弹的运行，看见子弹凝滞时的360度旋转的全景场面，惊异于这种用“慢速”来体现“快速”的效果冲击力。
这种以“慢”来体现快的方法，吴语森原先是最为兴致勃勃的实践者，他的那些慢镜头射击场景，对后来者都产生了深远的影响，这就是所谓的暴力美学。
而在《黑客帝国》中，则将这种方法用到凝固子弹速度这种极端程度。
陈天都更知道，在未来的时空内，《黑客帝国》上映后，“子弹时间”特效成了它的一块招牌，言《黑客帝国》必提“子弹时间”。
这个特效后来也是被模仿得最多的银幕特技之一，很多电影、电视和广告都对它进行了模仿，其中比较有名的有《霹雳娇娃》、《怪物史莱克》、《恐怖电影》等，“子弹时间”特效后来在《剑鱼行动》(2001)中得到了发扬光大，其开篇的爆炸场景简直酷翻了天。
剩下的法国的buf公司，主要负责矩阵的绿色下坠字码效果和其他垂直降落效果；工作室，主要负责全数码环境的制作和复杂机械物，如电子乌贼)的制作；sony－picture工作室，主要负责创作影片中那些地表通向地心的隧道，还有设计隧道中的一些大场面，如庞大的电子乌贼集结的场景。
－killer－s工作室，主要负责再现地底环境；animal－logic工作室，负责高速公路追车场景的设计，和一些“超正常”角色的创作，例如“超人飞天”。
……
“圣诞，你说到哪去旅游好呢。日本怎么样，哪里的温泉文化很普遍，这个季节最适合泡温泉。”凯特拿着一本旅游杂志与正忙碌画着什么的陈天都聊着。
“日本泡温泉？”陈天都头也不回答道，“会不会太热，马上就进入夏天了，你确定还要去洗热水澡？”
凯特一愣，“好吧，那巴西怎么样里约热内卢基督像，我想去那看看……”她话还未说完，陈天都的手机就响了，他对凯特做了个噤声的手势，“迈克尔……现在？好的，我马上到。”
挂断电话歉意的看着凯特，“我很抱歉，凯特，恐怕没时间陪你去旅游。你知道的，电影后期制作离不开我。要不你一个人先去，下次再去也会更熟一点。”
凯特：“……”
特效制作部门的有效性关系到整部影片的成败，为了避免工作分散给协调和整合工作带来的麻烦，陈天都与迈克尔－辛基几乎住在一起了，让凯特埋怨不已，最后还是一个人去旅游了。
好莱坞狗仔恰好抓到了她一个人度假的照片，八卦报纸上便出现了陈天都、凯特分手的传闻。
对此陈天都一无所知，他与迈克尔进行密切磋商，需要整合前期到后期特效制作的整个流程。不仅仅是为这一部电影，续集电影中的特效都有了完整的定案。
譬如锡安的场景，超过只机械乌贼洪流的庞大规模，更强大的空中对战等场景。还设计了“zion－man‘（锡安主机）”这个世界电影史上功能最强大、完备的特效管理信息系统。当然要科幻感和未来感，操作系统一律虚拟画面显影（类似《钢铁侠》操作系统）。
当然，这些都需要在以后的续集中才能看到，估计这也是好莱坞史上第一次在电影拍摄中运用如此庞大的计算机信息管理系统。
通过“数码日记”和“拍摄进程”系统，整个摄制组中从事数码加工、概念设计、故事蓝图描绘、电脑辅助设计、三维模型设计的工作人员，都可以得到想要的场景设计、高解析度模型和处于各拍摄进程当中的所有镜头资料，大大地提高了工作效率。
日以继日的工作下，整个后期制作过程，终于在五月下旬正式结束。
这一天，在洛杉矶一家并不大的影院内，只坐了寥寥几个人。售票的服务员被通知今天这个放映厅被人包场还不以为意，可是随后门口走进来一个又一个观众，都差点让人惊呆。
华纳制片部、发行部主管，梦工厂斯皮尔伯格、卡森伯格联袂出现。还有北美25条主流院线的大人物，即使不是大老板也会派购票部经理或者副职人员到场。陈天都和孔乙己、佩克几个早早等在那里。
“天啊，他们在里面干什么，为什么要约在电影院谈生意？还买爆米花，难道真的是在看电影。”
这个售票员有点小神通，他经常关注院线大老板，正巧认识好几个。可看到这么多大人物都钻进一家放映厅里，不由惊呆了。咽了口唾沫，他悄悄掏出手机，“喂，是《洛杉矶时报》吗，我有个大新闻……没错，就是大新闻，全美所有主要院线的头头、华纳、梦工厂高层，还有圣诞－陈也在场，绝对是大新闻……你们能给多少钱？”