郑一官受到前幕府将军召见的事情传开后，日本人、华侨皆视郑一官为达官显贵，日本各地豪门贵族常约郑一官交游。
当时，平户藩（明冶维新后并入长崎县）作为自由港是日本对外贸易中心，来自海外各国的商船皆云集于此；当地诸侯松浦氏认为郑一官虽然年轻，然而他熟悉海事，又善外交，而且为人富有胆智财略，确实是个难得的人才，于是在河内浦千里滨（今长崎县松浦郡）赐给郑一官宅地以建立新居，松浦氏又介绍家臣田川昱皇之女田川松与郑一官结婚。
田川昱皇本是从中国是中国迁到平户的侨民，中国姓名为翁昱皇，赴日本后改称为田川氏；田川松本不是翁昱皇亲生，而是翁昱皇养女，年方十七，习性端淑。郑一官与田川松成婚翌年，即天启四年（公元一千六百二十四年）七月十四日辰时，田川氏出游千里滨，拾文贝，俄将分娩，未及回家，乃依千里滨内巨石生产，此儿即为郑芝龙长子郑森（幼名福松，后名成功）。此石后来改名为儿诞石，至今日本长崎县仍立“郑成功儿诞石”纪念碑。
同年，由于明朝和荷兰人在贸易上引起了争执，影响到了李旦的商业利益；此时的西方世界，以前一直活跃在明朝沿海的葡萄牙、西班牙已经衰落，英国在这个时间段还没有崛起，荷兰是最强盛的国家，号称“海上马车夫”，李旦遂推荐得力干将郑芝龙前往澎湖，为荷兰人担任翻译，这也是李旦使出的手段。
荷兰人在巴达维亚（今雅加达）建立大本营，成立了军事和商业复合体“东印度公司”，东印度公司是创造了很多世界纪录的公司，它是世界上第一家发行股份并可以在证券交易所上市的公司，也是第一家跨国公司，第一家可以征集佣兵、可以发行货币、代表国家行使外交的公司。
东印度公司一直想在中国占据一个航海的补给点，早在万历三十二年（公元一千六百零四年），东印度公司的三艘商般就在韦麻朗的带领下，试图占领澎湖，明朝大将沈有容用计将其驱离。（前文提过，不复述）。
荷兰人利用郑一官来执行截击来往大明、马尼拉之间，与西班牙人、葡萄牙人通商的船只；荷兰舰队的司令官雷约兹后来在写给时任东印度公司总督德卡本特的信，描述道：“等候好多时的帆船‘好望号’于1月21日由日本平户出航，月底到达此地。……我们接纳了来自日本的一名通事，他的名字叫郑一官，我们虽然给予他优厚待遇，但目前对我们没有什么用处。”后来接任雷约兹职务的德韦特，也写到：“经过雷约兹司令的批准，我们每天都期望能够在这里集中二、三十艘中国帆船，新来通事郑一官被派往北方去截击于俘获一些船只。”
郑一官不甘心当荷兰人手中的刀，他经人认识了颜思齐，颜思齐身材高大魁梧，为人豪爽仗义，视钱财如浮土，平户藩任命他为“甲螺”，郑一官与颜思齐结为兄弟；当时，旅日华侨受到日本人的歧视，处境相当艰难，颜思齐于是密谋推翻日本幕府统冶，事败后，郑一官建言道：“吾闻台湾素为海上荒岛，势控东南，土地肥饶，可作霸业根基，今当先取其地，然后侵略四方，则大业可成也。”
颜思齐从之，率部前往台湾，此时福建闹饥荒，郑一官又从中招募三千余人前往台湾，郑一官一面从海上捕渔，一边开垦荒地，开始台湾最早的拓荒运动；不久，颜思齐染病，在弥留之迹，他对郑一官道：“与公共事二载，本期在台湾创建功业，扬中国声名于海外。不意壮志未遂，已于中道夭折，台湾开拓大业，公等继起。”
后人为纪念颜思齐对台湾开拓之功，在北港树立“颜思齐先生开拓台湾登陆纪念碑”，民国着名文人连横在《台湾通史》中评价他：“西人有言，中国人无冒险进取之心。乌乎！如颜思齐者，岂非常不羁之士哉？成则王而败则寇，固犹不失为男子。”
颜思齐死后，部众决定用拜剑的方法来决出首领，众人将颜思齐之佩剑插于一斗米上，众人逐一往拜，宝剑纹丝不动；郑一官磕头而拜时，宝剑竟然腾空而起，众人大骇，群推郑一官为首领
郑一官继承颜思齐事业后没多久，李旦也死了，他指名让郑一官继承了他的家业，郑一官从此声势大盛，郑一官又招募了郑经等人，他改名为郑芝龙，将部下分为十八支，又设立参谋、监军等职务，逐渐成为凡内地之虚实，了然于胸。加以岁月招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万，礼贤尚士，劫富而施贫，重赏以招接济，厚糈以饵间谍，人人乐为之用，来者不拒，而去者亦不追的海盗首领。
郑一官及妻儿都接来，并将事业的重业转到台湾岛上，就在郑一官“春风得意”之时，荷兰东印度公司也瞧上了这块宝地，他们在赶走原驻岛的西班牙人后，在台湾大员（今南平）建筑了“热兰遮”和“赤嵌城”，作为立足之处，值得一提的是，荷兰东印度公司并不是一开始就看上台湾的，他们原来打的主意是澳门或澎湖。
荷兰东印度公司派出一支以雷约兹为司令，拥有十六艘战船，一千多岁的士兵前往攻击澳门的葡萄牙人，然而，葡萄牙人在澳门经营多年，得之荷兰人要来加强的时侯，又特地加强了防守；荷兰人没有做好充分的准备，就贸贸然地进攻澳门，吃了个大亏，“丢兵卸甲”而去。
雷约兹既拿不下葡萄牙人，于是索性停靠在澎湖，又因为澎湖，于是选择了台湾大员（今南平）作定居点；雷约兹仍然还是和当年的韦麻朗一样，要求和中国开展贸易，然而，这一次，有胆有识的沈有容已经调往登莱，于是随着福建巡抚商周祚拒绝了雷约兹的要求，中荷之间的战争还是不可避免地打响了。