给事中刘弘化、御史方大任等交章助周宗建攻魏进忠、郭巩，郭巩复力诋诸人。皇帝诏下诸疏平议，廷臣为两解之。乃严旨切责，夺郭巩、周宗建俸三月。是时，刘朝典内操，遂谋行边。廷臣微闻之，莫敢言。周宗建曰：“郭巩自谓未尝通内，今诚能出片纸遏朝，吾请为洗交结之名。”郭巩噤不敢发。周宗建乃抗疏极谏，历陈三不可、九害。当时，刘朝典与魏进忠有隙，事亦中寝。其冬周宗建出按湖广，以丁忧归。
天启五年三月，大学士冯铨衔御史张慎言尝论己，属其门生曹钦程诬劾以周宗建为首的后七君子，并及黄尊素。
黄尊素生于万历十二（公元一千五百八十四）年，字真长，号白安，浙江绍兴府余姚县（今宁波市余姚县）人，他是明末着名学者黄宗羲之父。万历四十四年（公元一千六百一十六年）进士。授宁国推官，因为人精敏强执。擢御史，谒假归。
天启三年冬还朝后，黄尊素便上疏请召还余懋衡、曹于汴、刘宗周、周洪谟、王纪、邹元标、冯从吾，而劾尚书赵秉忠、侍郎牛应元、通政丁启睿顽钝；赵秉忠、牛应元俱引去。山东妖贼既平，余党复煽，巡抚王惟俭不能抚驭，黄尊素疏论之，因言：“巡抚本内外兼用，今尽用京卿，不若扬历外服者之练习。”
黄尊素又数陈边事，力诋大将马世龙无功而升迁，忤枢辅孙承宗意。时天启皇帝在位数年，未尝一召见大臣。黄尊素请复便殿召对故事，面决大政，否则讲筵之暇，令大臣面商可否。天启皇帝不能用。
天启四年二月，大风扬沙，昼晦，天鼓鸣，如是者十日。三月朔，京师地震三次，乾清宫尤甚。适天启皇帝体违和，人情惶惧。黄尊素力陈时政十失，末言：“陛下厌薄言官，人怀忌讳，遂有剽窃皮毛，莫犯中扃者。今阿保重于赵娆，禁旅近于唐末，萧墙之忧惨于敌国。廷无谋幄，边无折冲，当国者昧安危之机，误国者护耻败之局。不于此进贤退不肖，而疾刚方正直之士如仇仇，陛下独不为社稷计乎？”疏入，魏忠贤大怒，谋廷杖之。韩爌力救，乃夺黄尊素俸一年。
胡子睿知道赵娆乃是汉桓帝乳母，旦夕在太后侧，中常侍曹节﹑王甫等与共交结，谄事太后，黄尊素在这里是用赵娆比喻客氏，与魏阉勾结，为祸大明。既而杨涟劾魏忠贤，被旨谯让。黄尊素愤，抗疏继之，略言：“天下有政归近幸，威福旁移，而世界清明者乎？天下有中外汹汹，无不欲食其肉，而可置之左右者乎？陛下必以为曲谨可用，不知不小曲谨，不大无忌；必以为惟吾驾驭，不知不可驾驭，则不可收拾矣。
陛下登极以来，公卿台谏累累罢归，致在位者无固志。不于此称孤立，乃以去一近侍为孤立耶？今魏忠贤不法状，廷臣已发露无余，陛下若不早断，彼形见势穷，复何顾忌。魏忠贤必不肯收其已纵之缰，而净涤其肠胃；魏忠贤之私人，必不肯回其已往之棹，而默消其冰山。始犹与士大夫为仇，继将以至尊为注。柴栅既固，毒螫谁何？不惟台谏折之不足，即干戈取之亦难矣。”魏忠贤得疏愈恨。
万燝既受廷杖（此节前书已述，不复述），又欲杖御史林汝翥，诸言官诣阁争之。小珰数百人拥入阁中，攘臂肆骂，诸阁臣俯首不敢语。黄尊素厉声曰：“内阁丝纶地，即司礼非奉诏不敢至，若辈无礼至此！”小珰乃稍稍散去。无何，万燝以创重卒。
黄尊素上言：“大明律例，非叛逆十恶无死法。今以‘披肝沥胆’之忠臣，竟殒于‘磨牙砺齿’之凶竖。此辈必欣欣相告，吾侪借天子威柄，可鞭笞百僚。后世有秉董狐笔，继朱子（朱熹）《纲目》者，书曰‘某月某日，郎中万燝以言事廷杖死’，岂不上累圣德哉！”
胡子睿认为黄尊素在大明这样一个人冶社会里有法律意识，是难能可贵的；董狐乃是春秋时晋国的史官，赵穿尝攻赵灵公于桃园。赵盾（宣子）未出山而复。太史书曰：“赵盾弑其君”，以示于朝。宣子曰：“不然。”对曰：“子为正卿，亡不越竟，反不讨贼，非子而谁？”，赵盾遂无言已对，孔子评曰：“董狐古之良史也，书法不隐。”后人尝用董狐直笔来形容史官刚直，坚持原则。
黄尊素又拿一些当时公认的奸邪之人来举例：“进廷杖之说者，必曰祖制，不知二正之世，王振、刘瑾为之；世祖、神宗之朝，张璁、严嵩为之。奸人欲有所逞，惮忠臣义士掣其肘，必借廷杖以快其私，使人主蒙拒谏之名，己受乘权之实，而仁贤且有抱蔓之形。于是乎为所欲为，莫有顾忌，而祸即移之国家。万燝今已矣，辱士杀士，渐不可开。乞复故官，破格赐恤，俾遗孤得扶榇还乡，万燝死且不朽。”疏入，益忤魏忠贤意。
八月，河南进玉玺。魏忠贤欲侈其事，命由大明门进，行受玺礼，百僚表贺。黄尊素上言：“昔宋哲宗得玺，蔡确等竞言祥瑞，改年元符，宋祚卒不竞；本朝弘治时，陕西献玉玺，止令取进，给赏五金。此祖宗故事，宜从。”事获中止。天启五年春，遣视陕西茶马。甫出都，逆党曹钦程劾其专击善类，助高攀龙、魏大中虐焰，遂削籍。
黄尊素謇谔敢言，尤有深识远虑。初入台，邹元标实援之，即进规曰：“都门非讲学地，徐文贞已丛议于前矣。”邹元标不能用。杨涟将击魏忠贤，魏大中以告，黄尊素曰：“除君侧者，必有内援。杨公有之乎？一不中，吾侪无噍类矣。”万燝死，黄尊素讽杨涟去，杨涟不从，卒及于祸。魏大中将劾魏广微，黄尊素曰：“魏广微，小人之包羞者也，攻之急，则挺而走险矣。。”魏大中不从，魏广微益合于魏忠贤，以兴大难。