张凤翼的方案被否，办公地点又被迁移到宁远，心中不快，私下与语人曰:“枢辅（孙承宗）欲以宁前荒塞居我，是杀我也。国家即弃辽左，犹不失全盛，如大宁、河套，弃之何害?今举世不欲复辽，彼一人独欲复耶?“。张凤翼遂与其乡人潘云翼、万有孚等人极力收集马世龙贪污的证据，以他入手来撼动孙承宗。
万有孚本是待郎万有德的儿子，当初为为广宁理饷同知，广宁城失陷后逃归山海关，王象乾任命他为广宁道佥事，专们处理与西部抚事，他为官贪婪，为自己捞了很多好处，被蓟州巡抚岳和声所弹劾，罢官而去；张凤翼心里更加怀疑这是马世龙与袁崇焕的构陷，于是一起阻挠孙承宗的出关计划。孙承宗不悦，张凤翼又遇丁忧，遂去职。孙承宗复上疏为马世龙等人辨解，诋毁张凤翼”才鄙而怯，识暗而狡，工于趋利，巧于避患“。接到孙承宗的上疏后，廷议以为张凤翼既已归去不复追问。
张凤翼既然以丁忧辞去辽东巡抚之职，喻安性代替了他。廷臣们向天启皇帝进言：蓟辽总督一职不可裁剪，可以命吴用先任蓟、辽都督，代替王象乾；吴用先到任后上疏说:“臣抵任十日，即阅历蓟、昌各路，星驰山海关，至宁远。以臣所睹记，非独关外之难，关内亦难也。关内三协，以选将练兵为要义，以修墙筑台为急务;以抚剿相需、战守互用为决策;以崇简守约、惜军爱民为官方。“
当初，广宁之战失败，方震孺、游士任、李达、明时举等人被弹劾、贬谪之时，孙承宗在兵部时也曾经参与这件事，后来孙承宗皆为他们求情，又称颂杨镐、熊廷弼、王化贞之功劳，请求天启皇帝免除他们的死刑，遣送他们去边境戍守望，朝端哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中交章论驳，天启皇帝皆将这些奏章留中不以理会。
当时，王体乾、宋晋、魏忠贤等十二名阉人因为有功劳，天启皇帝命所荫锦衣官皆予世袭。时任兵部尚书的董汉儒据祖制力争，天启皇帝不从；给事中程注、御史汪泗论等人也上疏谏之，给事中朱大典、周之纲，御史宋师襄、胡良机也特地继续上疏谏之，天启皇帝才没有坚持已见，董汉儒旋以母丧归去，天启皇帝进封董汉儒为太子太保，荫一子为锦衣卫百户。
此时赵彦因为有平定白莲教妖人的功劳，代替董汉儒了任兵部尚书，赵彦是延安府肤施县（今延安市）人，万历十一年(公元一千五百八十三年)考中进士，后来累积功劳升迁为山西左布政使；光宗嗣位，赵彦以右佥都御史巡抚山东。
辽阳失陷于建虏之手后，赵彦请求增兵戍守诸岛，特设大将登州，登、莱设镇，自赵彦此议开始。天启二年，广宁复失。赵彦以山东省处于南北咽喉之地，列上八事，天启皇帝对于赵彦的意见非常重视。
万历年间，蓟州人王森得妖狐异香，倡白莲教，自称闻香教主。其徒有大小传头及会主诸号，蔓延畿辅、山东、山西、河南、陕西、四川各省。王森居滦州石佛庄，徒党输金钱称朝贡，飞竹筹报机事，一日数百里。
万历二十三年（公元一千五百九十五年），有司捕捉王森，论罪当死，王森用赂贿得以释放；王森遂入京师，结外戚、中官，大肆传播教义；后来，王森徒弟李国用叛立出教，用符咒召鬼。两教于是相互仇视，邪教本质于是尽皆败露；
万历四十二年（公元一千六百一十四年），王森复为有司所捕，过了五年，毙于狱中；王森之子王好贤及钜野人徐鸿儒、武邑人于弘志继承王森的衣钵，继续传播白莲教，徒党益众；王好贤见建虏举起，明军连败，辽东尽失，于是勾结四方奸民，思得逞之志，与徐鸿儒等人约定明年中秋一并起兵谋反。不料奸谋泄露，徐鸿儒遂先行造反，自号中兴福烈帝，称大成兴胜元年，用红巾为识。五月戊申陷郓城，不久又陷邹、滕、峄，流贼人数增至数万。
内地承平日久，郡、县无守备，山东故不置重兵；赵彦任命都司杨国栋、廖栋，而下檄文给所部练民兵，增诸要地守卒；赵彦向天启皇帝请求调遣留京操班军及广东援辽军，以备征调；赵彦推荐起用曾经任过大同总兵官杨肇基为山东总兵官，讨伐流贼；流贼乘杨肇基未至，袭兖州，为滋阳知县杨炳所却。
杨国栋、廖栋等击败流贼，克复郓城。徐鸿儒遣别部兵马犯钜野，知县赵延庆固守，流贼攻击不下，杨国栋出兵救援，击败侵境之贼，又败犯兖州流贼；杨国栋遂偕廖栋等兵马合攻邹县。不料战事不顺，兵马溃败，游击张榜战死，流贼遂围曲阜、郯城。不久败退而去，官军遂收复峄县。
赵彦视师兖州，甫出城，遇贼万余，赵彦忙入城，命杨肇基迎战，又令杨国栋、廖栋分兵夹击，大败流贼于横河；当时，流贼精锐聚集于邹、滕中道，彦欲攻邹、滕。副使徐从治曰：“攻邹、滕难下，不如捣其中坚，两城可图也。”
赵彦乃与杨肇基令游兵将流贼精锐留在邹城，而赵彦自统大军击贼精锐于黄阴、纪王城，大败流贼，遂后才被邹城团团包围；经历大小数十战，邹城仍未攻下，赵彦令天津佥事来斯行及杨国栋等乘间复滕县。杨国栋又大破流贼于沙河，至此邹城孤立无援。
赵彦筑长围以攻邹城，徐鸿儒抗守三月，城中食尽，贼党尽出降；徐鸿儒单骑逃走，被杨肇基擒获，抚其众四万七千余人；赵彦这才向天启皇帝上报功绩，告庙献俘，天启皇帝磔徐鸿儒于市。徐鸿儒纵横山东二十年，徒党不下二百万，至是始伏诛。
于弘志亦于是年六月间据武邑白家屯，将取景州应鸿儒。天津佥事来斯行方援山东，还军讨于弘志；于弘志突围逃走，为诸生叶廷珍所获，凡举事七日而灭，王好贤亦捕得伏诛。