孙承宗的遗诏写道：“内阁辅臣，亟为简任，卿贰大僚，尽行推补。两次考选并散馆科道，俱令授职。建言废弃及矿税诖误诸臣，酌量起用。一切榷税并新增织造、烧造等项，悉皆停止。各衙门见监人犯，俱送法司查审，应释放者释放。东师缺饷，宜多发内帑以助军需。阵亡将士，速加恤录。丧礼遵旧制，以日易月，二十七日释服，毋禁民间音乐嫁娶。亲王藩屏为重，勿得擅离本国。各处总督镇巡三司官，地方攸系，不许擅去职守。闻丧之日，止于本处哭临三日，进香差官代行。卫所府州县并官逆光进香，诏告天下，咸使闻知。“
皇太子朱常洛即皇帝位，改年号泰昌，泰昌帝即位大赫天下，减免全国受灾区税赋、发内帑给边关将士，更有朝臣禀报黄河水清，这是公认难得一见的吉祥之兆，当时全国臣民们都沉浸在一片兴奋、期待大明中兴的心情中。
胡子睿知道万历执政长达四十八年，创下了所有明朝皇帝中执政时间最长的纪录。然而，泰昌皇帝却在执政不到一个月后就去世了，父亲是执政时间最长的皇帝，儿子却是执政时间最短的皇帝，历史有时侯比小说更夸张！
天启皇帝继位后，孙承宗被推举出来当经筵讲官，孙承宗当了多年的家庭讲师，摸索出一套讲课的办法，天启皇帝讲课时的时侯“声情并茂”、“绘色绘影”，很受天启皇帝的喜爱，天启皇帝每次听完孙承宗的课，也非常高兴；袁可立、徐光启等人也给天启皇帝讲过课，但这么多老师当中，天启皇帝最喜欢点孙承宗这个“大胡子老师”的课，孙承宗因此被升为少詹事。
天启元年，沈阳、辽阳失陷于建虏之手，袁应泰也自杀而亡，当时京城人心浮动，朝臣们都认为孙承宗懂军事，应该让他出马；御史方震孺更上书天启皇帝，请求罢免当时任兵部尚书的崔景荣，用孙承宗来代替他；天启皇帝喜欢听孙承宗讲经筵课，不舍得放他，方震孺几次上书请求，天启皇帝不得已之下，让孙承宗担任兵部左待郎。
天启二年，广宁也失陷，天启皇帝这次再也坐不往了，他决定让张鹤鸣退休，启用孙承宗来应对建虏，于是天启皇帝拜孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，又过了数日，天启皇帝更任命孙承宗为内阁成员。孙承宗上疏曰：“迩年兵多不练，饷多不核。以将用兵，而以文官招练；以将临阵，而以文官指发；以武略备边，而日增置文官于幕；以边任经、抚，而日问战守于朝；此极弊也。今天下当重将权，择一沉雄有气略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿使文吏用小见沾沾陵其上。边疆小胜小败，皆不足问，要使守关无阑入，而徐为恢复计。”
孙承宗新官上任要烧三把火，他以兵部尚书兼内阁成员的高姿态，指责辽东经略熊廷弼、辽东巡按方震孺等人没有起到自己的职责；不得不说，孙承宗说的话在天启皇帝心目中还有蛮有分量的，本来熊廷弼在之前，曾经几度提醒过天启皇帝及内阁，可是大家都不听他的，现在孙承宗一发话，熊廷弼果然下狱了，方震孺也被罢官。
当时朝堂中同情熊廷弼的朝臣不少，甚至还有人提出应该重新启用熊廷弼，孙承宗刚刚上任，正是“踌躇满志”的时侯，面临着这些质疑的声间，孙承宗需要拿出政绩来证明自己不光是个教书学生，自己也是懂军事的行家；说来也巧，王在晋这个时侯提出来修八里铺长城，孙承宗本来就看王在晋这个新任辽东经略不太顺眼，于是孙承宗主动提出来要去山海关来个实地考察。
天启皇帝听到这个消息大喜，给自己的这位“大胡子老师”加太子太保，赐蟒玉、银币。孙承宗这次来到山海关，王在晋主动地向他谈起自己的八里铺筑城计划，两个人之间发生了一场很有意思的对话。
孙承宗后来专门跟天启皇帝上的奏折里谈到了这次对象：“臣时执偏见，谓经臣（王在晋）议诚然，独是八里为两城，而旧城之坑、壕、空营当在三里之外，而新城之守卒法当四万.则四万之退步跟将及之，而一不戒，将城下之备尽为我设，北山南水既无旁出，而贼方拥此四万于旧城之下，开关延之不可，闭关谢之不可.将城上之备，又为我设，而城中惊溃无问也。
经臣曰：于山建山寨三，以为退守计，而三道关俱可入.孙子兵法云：’置之死地而生‘.经臣言边兵善走也，即杀不能止，况大势散，谁复为杀者.故为两城以固其心，而实置之死以励其必死之气，臣遂无以应.“
孙承宗一向是个在京城的清贵翰林官，而王在晋则从地方上一层层升起来，两人对于实务的熟悉程度自然不可能一样，所以孙承宗在这封奏折里坦承自己在与王在晋的交谈中处于下锋--臣时执偏见；同时他也坦承自己对辽东军的了解，根本没有王在晋那么深刻，辽兵在阵前善于逃走、即使执法官在阵前杀戮也来不及阻止这些情况，孙承宗都是没有想到的，所以孙承宗坦陈自己臣遂无以应。
孙承宗虽然在跟王在晋的交锋中先折了一阵，然而，孙承宗毕竟是简在帝心的帝师、内阁成员，小小的挫折让孙承宗越挫越勇，很快他就想到了怎样扳回劣势；王在晋在孙承宗没来之前，安置难民、清点兵员、盔甲、器械，忙得团团转；现在孙承宗来了，王在晋也乐得轻松，可是没过几天，他的下属来找他反映，说孙承宗每天关在自己的府衙里，不知道忙什么。
王在晋一听就明白，原来之前他曾经跟孙承宗在兵部短暂供过事，后来自己也说道：“孙公一日入阁，一日于兵部大房决事，左右侍郎力趣之，终日不出堂。凡发一疏更削数次写本，人役甚苦之，部务如丛，日至壅积；予初总理三部及署部，晨入暮归无晷刻之暇，今得越旦进部，旷日悠闲，心热于边声之至急矣。”