崇祯十七年，京城陷落后，黄道周在弘光朝廷中出任礼部尚书，可惜的是，后来清兵南下攻陷了南京，弘光帝仓惶出逃，惨遭叛徒出卖；黄道周于是改仕隆武朝廷，隆武帝倒是委他以兵部尚书加大学士的重任，可惜的是，朝廷的兵马大权实际掌握在被招安的海盗头子--郑芝龙手上。
建虏进攻隆武朝廷的门户之地--江西赣州，此时的郑芝龙已经与建虏“勾勾搭搭”、”互传秋波“，他一心只心在福建割据称王，坐视赣州被清军围攻，拒绝隆武帝的诏令，以无兵无饷为由不发兵救援。黄道周为了抗清事业，向隆武皇帝自请去支援赣州，隆武皇帝虽然知道黄道周是个文人，并不是带兵之人，然而朝堂都是郑芝龙的人，实在无人可用，于是他派了施琅去给黄道周当副将。
南明隆武元年（公元一千六百四十五年）七月，黄道周从福建出发，前往江西赣州，他的夫人蔡氏叹息道：“自古到今，我还从来没有听说过大将在朝中把持朝政，却让丞相带兵出征能够成功的，道周漂泊半生，虽然遇到了赏识他的主人，却为时已晚了！“
虽然同为儒学宗师，黄道周相比于刘道周还是要通达权变一些，黄道周在福建募集了一支几千人的义军，然而这支军队主要成分还是农民，军事训练不足，武器也很简陋。施琅看到这种情况，私下里劝说黄道周，这支军队还不如干脆遣散掉算了，我带几个亲信的家丁护送你到赣州，你用兵部尚书加大学士的头衔召集各地总兵，督抚共同抗清。
虽然出发前隆武帝曾经向黄道周交代过，施琅很有军事天赋，遇到战事要多听听他的意见，然而，黄道周还是低估了建虏，他没有采纳施琅的意见，后来黄道周不幸被建虏击败，自己也做了俘虏。黄道周身为儒学宗师，在朝野民望极高，建酋顺冶听说捉到了黄道周，“如获至宝”，比占据了几个州郡的土地还感到高兴，专门派了他的福建老县和熟人洪承畴前来劝降黄道周。
黄道周“义正辞严”地痛斥洪承畴这个“背主求荣”的小人道：”我认识的洪承畴，早在当年’松锦之战‘的时侯就已经阵亡了，崇祯皇帝还专门为他举行过祭典仪式，你这个鼠辈就算是鬼、是怪、是妖，也不可能是洪承畴，你不要冒用他的名字，侮辱他的名节！“
洪承畴当即羞愧地掩面而退，然而他还不肯死心，又提出一个较为缓和的条件：即只要黄道周同意剃头，出家当和尚，他可以放黄道周归隐山林。
虽然黄道周一直向往过那种隐逸山林，传经布道的生活，然而黄道周终究是众人敬重的大师，明末文坛的领袖人物，怎么可能就此妥协，他不屑于回复洪承畴，只是写了一封对联以明志：“史笔流芳，未能平虏忠可法（此处指弘光朝的时侯，史可法在扬州坚持抗清而壮烈殉国）；洪恩浩荡，不思报国反成仇（讽刺洪承畴为了高官厚禄，出卖国家民族）。”
洪承畴接到对联后，当着众人的面说：”黄道周不过是个不懂时务的书呆子罢了！“洪承畴心中忌恨黄道周揭露他的丑恶面目，在给建酋顺冶的回信中“加油加醋”地说黄道周民望极高，而又是个死硬的反清派，因此绝对不可留下此人，必须杀了以绝后患。
洪承畴出任江南总督后，曾经亲自去福建老家迎接老母亲，他的老母亲看到洪承畴就打，一边打一边骂道：“自从你父亲死后，我辛辛苦苦几十年才把你养大，当年松锦之战的时侯，听说你战死沙场，崇祯皇帝还专门为你主持祭典仪式，我当时虽然很伤心，但想到你也是为了国家、民族捐躯，我心里还一直以你为傲！“
洪承畴虽然贵为总督，但他在母亲面前还算孝顺，他满脸堆笑道：”娘，别说那些陈年往事了，我这次来是专门接你去京城那个好好世界享福的！“
”没想到你竟然’贪生怕死‘投降了建虏，建虏就是披着人皮专门残害百姓的畜生啊！你这个畜生，我白养了你一场，好好的人不做，你要去做鬼。”洪承畴的老母亲喘了一口气，继续骂洪承畴道：“你不要给我’花言巧言‘了，你现在又来找我，是要给旗人去当老妈子么！”原来洪承畴降清后，被列为镶黄旗的包衣牛录，按满州制度，旗下命妇须进宫轮番服侍太后。
洪承畴的老母亲坚决阻止洪承畴进自己家的大门，说道：“逆子，你有六不孝不能进门！你卖国求荣，祖宗不会认你作后人，老娘不会认你作儿子，你的妻子不会认你作丈夫，儿子不能认你这个父亲，兄弟不会认你这个兄长，老百姓不会把你当人！“
洪承畴不得已只好在泉州新造了一座府弟，然而，这座新的洪府造好后，没有一个门生，亲戚来串门，洪承畴在大明王朝当官的时侯，也和黄道周一样，是一代大儒，门生遍天下，受到众人的敬仰，一旦降清，则众人视他为寇仇。
大过年的时侯，有人贴了一付对联在洪承畴府弟门口，上联是”忠义孝悌礼义廉！“，下联是”一二三四五六七“，横批是”无耻王（忘）八！“洪承畴的弟弟为了躺避他这个兄长，专门买了一艘船在海上飘泊，也不愿踏上满清的土地。
黄道周的夫人蔡氏在他入狱后寄了一封信给他：”忠臣有国无家，勿内顾！“既然有如此贤明的夫人，黄道周还有什么事是放心不下的呢？
南明隆武二年（公元一千六百四十五年）三月五日，黄道周梳洗完毕，戴上网巾，穿上明朝士大夫的服饰，在衣服上特地写上”大明孤臣黄道周！“几个大字，
黄道周在生命的最后一天，还记得要完成最后对人的承诺，他从容自如地画了二幅画，像往常一样在画上签字盖章后才慷慨赴死。黄道周在临死之前，留下遗书，“纲常万古，节义千秋，天地知我，家人无忧”。