当我军在左宗棠大人的带领下，接连拿下三城以后。就开始向着阿古柏军队的腹地进行进攻，而南疆八城的战役就是在八月二十五日开始，打到了次年的一月，费尽了心血，且听作者缓缓道来。
正当左宗棠部署进攻南八城之际，英国侵略者担心阿古柏有覆亡的危险便出面干涉，建议由阿古柏的儿子伯克·胡里向中国交出新疆南路东部4城(喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什)，作为交换条件，中国政府允许他保留西部4城(叶尔羌、英吉沙尔、和阗和喀什噶尔)，以喀什噶尔的名义作为一个国家继续存在。清政府征询左宗棠的意见，左宗棠指出：英国人想立别国，为什么不在英国或别的地方去建立，偏偏要索取我国肥沃土地?他们显然是借建置别国之名，行蚕食中国之实。在两次鸦片战争中，英国人“恃其船炮，横行海上，犹谓只索埠头，不取土地，今则并索及疆土矣。彼阴图为印度增一来屏障，此何可许?”在这之前，风闻英国人要来新疆调停，他曾指示刘锦棠说，喀什噶尔是我国固有领土，清军的任务是蹑踪追剿，尽复疆土。如果英国人无理纠缠，尽可置之不理，或让英国人到肃州大营来说话，左宗棠大人的这种做法得到了朝廷的认可，挫败了英国政府的阴谋。
左宗棠大人决心在丁丑年秋对南疆八城进行最后的反击。他认为，阿古柏无家可归，白彦虎“悍鸷不足，狡猾有余”，“一闻官军进逼，其避兵鼠窜，自在意中。”他们逃窜的方向，最大的可能是北越天山，再窜向伊犁。左宗棠指令刘锦棠、张曜等人，要严加防范，千方百计，全歼叛军，一旦逃窜，必须穷追不舍，直到歼灭为止。同时命伊犁将军金顺、驻精河的副督统福珠哩、记名提督金运昌等，密切配合，严防敌人逃跑，以竟全功。
八月二十五日，刘锦棠率部攻打东4城。他派遣提督汤仁和、张春发各率一部官兵，分两路由小道进至库尔勒以东的曲惠，准备薪草，开挖泉井，为后续部队预作准备。9月3日各部队全部抵达曲惠地区。4日，兵分两路，对库尔勒发起攻击。刘锦棠令提督余虎恩、黄万鹏率马步14营，取道乌沙塔拉，沿博斯腾湖南岸西行，插至库尔勒的侧背，为奇兵。5日，刘锦棠亲率主力由大道渡开都河进击库尔勒，为正兵。白彦虎为阻止清军前进，掘开开都河河堤，河水漫流泛滥百余里，深可灭顶，浅处及马腹，部队无法通过。7日，刘锦棠下令绕道百余里，抵达开都河东岸，令马步5个营搭造浮桥，堵塞上流，掘修车道；命令部队轻装简从，由蒙民向导引导，渡过水漫区，进至喀喇沙尔，城内水深数尺，房舍荡然无存，居民被白彦虎裹挟而去。9日，刘锦棠部在哈尔哈阿满沟同敌数百骑兵遭遇，清军追斩10余骑，生擒两人，余部溃散，阿古柏军队弃守库尔勒，清军不战进城。刘锦棠侦知阿古柏军队裹挟难民向库车逃跑。他觅得军粮数十万斤，挑选健卒1500名，精骑1000匹，亲自率领追歼逃敌，令道员罗长柘统领后队跟随前进。清军3天追赶阿古柏军队400里，至洋萨尔时，白彦虎刚纵火逃跑，村堡火光烛天，刘锦棠传令后队救火，前队穷追不舍，在回庄追上逃敌后队千余人，黄万鹏率马队进击，遭敌反扑，谭拔萃率步卒赶来，斩敌百余名，俘敌10余人。在前队敌军中，有难民万余人，刘锦棠传令，凡执军械者斩，余皆不问。清军号角齐鸣，马步并进，救下难民，刘锦棠令陶生林妥善安置，其余各部继续追击。追至库车，敌人集队抗拒。刘锦棠令黄万鹏、崔伟、毕大才、贺长发、戴宏胜等率步兵支援；令章洪胜、方友升、夏辛酉、张宗本等率马队从左攻击；由张俊、胡登华、石蕴玉等率步兵支援；刘锦棠居中指挥，罗长祜率后队跟进策应。敌四五千人分两路迎战，清军勇猛攻击，正酣战间，罗长柘率后队横跃入阵，敌溃乱，追杀40里，毙敌千余人。刘锦棠令各部返回库车，一面安抚各族民众，设官治理；一面准备水食，以渡戈壁沙漠。10月19日，刘锦棠拔队向拜城、阿克苏西行，继续追歼敌军残部，清军在库尔勒、库车一带作战，6日夜兼程900里，歼敌千余，救出各族难民约10万人。记名提督王庆福等11人力战阵亡。21日，总兵方友升在拜城附近，阵斩敌军50余人。刘锦棠抵拜城，阿古柏军队先一日逃走。22日拂晓，官兵冒严霜，履薄冰，手足冻裂，人困马乏，刘锦棠下令各部忍受艰难，追敌至铜厂列阵分两路抵抗，清军分两路包抄，号鼓齐发，杀声震天。夏辛酉身先士卒，跃马冲入敌阵，生擒敌酋要路打什，敌人惊慌失措，清军前后堵截，一场混战，毙敌数千，俘敌126人，夺获战马200余匹。23日，西征军渡戈壁140里，在哈拉裕勒休息片刻，于24日午夜，强行军60里，抵阿克苏，在胡玛纳克河衅追上叛军，又毙敌400，收容敌眷属两千，送回库车。这时，阿古柏为分散清军兵力，迷惑清军，拟从两路逃跑，一走乌什，一走叶尔羌。刘锦棠决计集中兵力，追赶白彦虎。25日拂晓，踏冰渡胡玛纳克河，续行80里戈壁，擒敌军后队马有财等16人。26日在乌什东20里处，从两翼包抄，白彦虎残部拼死狂奔，被清军斩获一部，获战马80余匹。阿古柏向喀什噶尔逃去。清军收复乌什，尽收南疆东4城。这次追歼战，历时1个月，驰驱3000里，广大清军官兵不顾疲劳，不怕牺牲，救出了大量各族民众，歼敌数千，把残敌追赶到西4城，为收复新疆失地建立了不朽的功劳。
随后攻克东四城以后，紧接着向西四城风卷残云一般飞到了西四城。西征军南疆东4城之捷，使敌人成了丧家之犬，分崩离析，内部一片混乱。和阗的敌军头目呢牙孜向清军投降，伯克·胡里亲率骑兵5000，在叶儿羌同呢牙孜酣战。阿古柏军队逃到喀什噶尔，被阿里达什拒之门外。投降阿古柏的原绿营守备何步云、旗员英韶率满汉兵民百人反正，据守喀什噶尔的汉城，阿里达什日夜攻扑，形势危急，何步云乞求刘锦棠派兵援助。刘锦棠抓住这一有利时机，兵分3路，乘敌不备，迅雷而击，先攻取边城喀什噶尔，裹敌中央，截断敌人向俄境逃窜去路，然后再攻打叶儿羌、英吉沙尔、和阗3城。令提督余虎恩为一路，率步兵3个营，骑兵1个营，总兵桂锡桢率马队1个营，从阿克苏取道巴尔楚克、马纳巴什，直指喀什噶尔，为正兵；令提督黄万鹏率马队6旗，总兵张俊率步兵3个营为第二路，由乌什取道布鲁特边界，迂回至喀什噶尔之西，为奇兵。两路所有部队，由余虎恩指挥，于12月18日前抵达指定位置。刘锦棠亲率马步各营，为第三路，随后进发，一面阻击和阗、叶儿羌方向之敌，一面策应攻击喀什噶尔之清军。当夜3更，黄万鹏从喀什噶尔城北的麻古木，余虎恩从城东的牌素特，同时攻城。两军齐抵城下，城内火光烛天，敌军在城外顽抗。余虎恩在中，提督萧元亨、总兵桂锡桢、副将夏辛酉在左，提督戴宏胜、陈健厚、总兵张宗本在右，3路步骑兵，一齐攻击城东。守敌困兽犹斗，组织骑兵千余骑，向清军冲扑过来。西征军将士奋勇阻击，步兵压逼而前，骑兵张两翼包围，尽歼该敌。黄万鹏、张俊所率马步各营在喀城西北角，与守敌三四千酣战，敌被击溃，从西门逃窜。伯克·胡里令于小虎率其眷后行，自己率400余人先窜。于小虎被萧元亨、戴宏胜前后夹击，被都司余福章、军功马德海擒获，伯克·胡里逃入俄境。余虎恩完成追歼逃敌任务后，又转师恰哈玛克，奔袭300余里，配合黄万鹏追迁白彦虎。白彦虎残部，在前有拦截，后有追兵的困境中，不战即溃，伪元帅马元被俘，副元帅白彦龙被斩，阿古柏率一二百骑，携带金银，逃入俄境。
12月19日，刘锦棠抵达玛纳巴什，21日收复叶儿羌，接着赶英吉沙尔，令董福祥从叶儿羌进兵和阗。1878年1月2日在和阗战斗中，生擒敌头目达的罕条连、洛巴什俄波和伪元帅常世和、王孝等人，全歼敌人。南疆八城中的最后一个城市，被清军收复攻打西4城之战，毙俘敌万余人，俘获阿古柏军大小头目1000余人，缴获大炮百余门，战马万余匹，战果辉煌。至此，我国神圣领土新疆，除了伊犁地区尚被沙俄占领外，其他地方重新回到了祖国怀抱。
基本上新疆地区大部分全境解放，除了伊犁地区仍被可恶的俄罗斯沙皇帝国的敌军占着，基本上全部都是已经回归到了祖国的领土中，在丁丑年的过后的第二年，清军开始了最后的收复领土之战—收复伊犁。
1月2日，清军收复和阗，南疆八城之战结束，清军顺利收复除伊犁外的新疆全境。伊犁是大清帝国统治新疆的核心，也是大清帝国在新疆最高军政长官伊犁将军的驻地，它控扼着中亚通往新疆的交通要道，伊犁河谷更是整个中亚最精华的地区，足以供养一支大兵团驻防，战略位置极其重要，沙俄与大清帝国围绕着伊犁的明争暗斗持续了100多年，只不过前期大清帝国属于上升期，沙俄一直未能得手。阿古柏之乱中，沙俄算是逮到了一个千载难逢的机会，在辛未年时，俄罗斯沙皇帝国悍然侵占伊犁，并高调宣布，说“俟关内肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复之后，即当交还。”沙俄原以为清军无力解决阿古柏，毕竟阿古柏后面可是大英帝国撑腰，没成想左宗棠带领的湘军勇士和各族军民在短短2年之内就荡平了阿古柏之乱。年底，朝廷决定先礼后兵，派崇厚为公使赴俄国谈判归还伊犁问题。沙俄的德性在业界是出了名的言而无信，对于吃到嘴里的肉，沙俄向来是不会吐出来的，再加上崇厚崇大人，不读书不看报不了解外面的局势，结果被沙俄老毛子一通忽悠带恐吓，签下了丧权辱国的《里瓦几亚条约》，以丧失大片领土和赔款五百万卢布为代价“收回”了九座空城（伊犁九城），消息传到国内，舆论大哗，崇大人也被迫引咎辞职。崇厚大人这么一番忽悠，差点就要把左宗棠大人奋战了两年的结果全部都扔掉了，还好朝廷的有识之士都纷纷上书再让左宗棠大人御驾亲征，收复伊犁。左宗棠大人也是众望所归，再一次御榇亲征，这一次打算直接把俄罗斯沙皇帝国打服为止，收复伊犁。
但崇大人的留下的烂摊子还要人去收拾，我遂再次启用收复新疆的大英雄左宗棠上场，左宗棠属于放眼看世界的那种开明官僚，特别喜爱读外国人的报纸，左宗棠深谙世界局势，知道当时正是英俄争霸的关键时刻，于是打算动用英国人的关系来进行外交斡旋。果然，英国人为避免沙俄在中亚一家独大，需要大清对其制约，遂警告沙俄政府，不得在海上影响中国的自由通商，否则大英帝国不会袖手旁观。趁此机会，清廷废除崇厚与沙俄签订的条约，并派大清国驻英法公使曾纪泽，立即前往圣彼得堡，重新谈判伊犁条约，与此同时，朝廷按照左宗棠的建议，下令李鸿章加强沿海的防务，重新征召湘军名将鲍超，率领旧部一万，前往天津驻防，再次启用淮军名将刘铭传，前往东北设防。而在新疆，左宗棠命令北路的金顺，中路的张耀，南路的刘锦棠，全面进入战备状态，随时准备向伊犁进军，而已近古稀的左宗棠则亲自率领援军，抬棺进疆，以示不死不不休的决心，清军士气亦为之一振。
面对大清帝国的强硬态势，沙俄也开始积极备战。当时俄军有人驻扎在伊犁，人驻扎在黑龙江，并向西西伯利亚派出了名援军，向东西伯利亚派出了3000名援军，向太平洋舰队增派了2000名援军，俄国海军最大的一艘铁甲舰，排水量9600吨，正在赶往海参崴。同时还招募了8000名极端穆斯林分子，加入了俄军，部署了50门大炮，加强了伊犁的防备，沙俄认为这个样子清军他怎么可能不怂呢？吓都要吓死了，俄罗斯沙皇帝国以为这么多的军队我们会害怕，他想错了，我们的民兵和自卫队加上那些收纳于我们麾下的能征善战的部族有很多，加起来都有一百万的基础部队，国防力量更不用讲了，三百二十万人，不是吹的。
为了避免侧翼受敌（当时东瀛人趁清军主要对付沙俄时候，又开始对我们的属国朝鲜动手动脚），大清国在做好了自己的准备工作的同时，还为朝鲜鸟枪换炮，武装了朝鲜的3万王城守军，朝军的战斗力瞬间提升了几个档次，东瀛军不得不暂时放弃对朝鲜的侵略，一看我大清国这次真的是“不怂”了，沙皇紧急召开了御前会议，正式考虑对清作战问题，陆军大臣米留金发表了热情洋溢的战争动员，获得了一片的掌声，大家全都激动不已。但是当沙皇把目光转向财政大臣格列格的时候，他只是把手一摊，耸了耸肩，表示没钱，这不仅仅是因为俄国现在还背负了5200万两白银的外债，最重要的是因为清军已经做好了准备，现在和大清开战，那就是一场举国战争，其花费将远远超过第十次俄土战争，这个预算将是天文数字，沙俄已经没钱打这一仗了。而大清因为刚刚平定阿古柏之乱，就算国库空虚，大清可以坚持打下去了。
最终沙俄与大清重启谈判，双方你来我往，反复拉锯，于二月二十四日，签订了《伊犁条约》，伊犁几乎绝大部分地区都被收回，但是大清需向俄国多赔偿了400万两白银，俄方也放弃了很多崇厚答应的不合理要求。虽然这依然是一个不完美的条约，但是一切谈判的基础，最终还是国家实力的反映，清俄之间毕竟国力悬殊，而曾纪泽已经把手中所有能打的牌，全都发挥到了极限，所以他堪称不辱使命。
4月30日，金顺率军重返伊犁，新疆全境再次回到了祖国的怀抱。1884年，新疆建省，刘锦棠出任新疆第一任巡抚，迪化（乌鲁木齐）从此成了新疆的首府，这是晚清历史上，最高光的一刻，而左宗棠也凭此丰功伟绩，被梁启超誉为500年来第一伟人。
收复新疆用了整整两年多的时间，如果没有左宗棠大人如今的中国人民去新疆还要给俄国人签证，那是莫大的耻辱。所以，禁烟离不开林则徐大人，收复新疆离不开左宗棠大人，左宗棠大人千古。
收复新疆战事告一段落，并且这一次的收复新疆还签订了《中国西北条约》，巩固了我国在西北的宗主地位，巴尔喀什湖和葱岭一带都是我国疆域，还有让俄罗斯沙皇帝国赔偿了我国四千万两银子，割让了巴尔喀什湖以西大约五十万的领土给我们。
堪称大获全胜。