当左宗棠大人拼了老命将乌鲁木齐拿下以后，他就开始愁着后面的事情了。左宗棠大人带领清军奔赴新疆一线，驻扎在肃州。左宗棠大人每日每夜都在研究战况，批阅前线传来的战报。本来他还有些担心，这长途跋涉而来的清军会是那些盘踞在当地的势力对手吗？此时的左宗棠大人已经快要70岁了，精力也大不如前，更是受不得战败的打击，受不得打击也是可以理解的。
幸亏，就传来刘锦棠攻下乌鲁木齐的消息，北疆已是胜利在望，这才让左宗棠心下稍安。清军取得了重大战果，朝野上那些敌对派的叫嚣声浪也被压了下去，左宗棠大人总算可以喘口气了。当时的海防派和塞防派争论不休，所以有人就有意地将矛头往左宗棠大人身上引，打算使其引火烧身，就开始用前面的败仗拿过来以此大做文章，说左宗棠大人是通敌的，是败坏国家和放走敌酋的祸害者，更有甚者希望将左宗棠大人的官职给撤了，幸好我不是昏君，带着奕詝和奕欣两个儿子顶住了压力，并且拨了八十万两白银去援助左宗棠大人了，这也是朝廷唯一可以干的事情了。
但是左宗棠大人还没高兴太久，金顺和刘锦棠分兵出击的报告就到了。左宗棠大人一看之下，脸色再次变得严峻，大事不好了。他立刻通知手下起草命令，告知驻守在哈密和巴里坤的清将，不要南去，留守待命。随后开始盘点物资，看自己还有多少老底，为什么呢？老大人这么一来，一众沉浸在胜利喜悦中的手下看不懂了。不就是分兵出击吗，这有什么不行的？左宗棠看出大家的疑问，不由得感慨地叹了一口气，说要拿下吐鲁番恐怕没那么容易了，众将还是不懂，此时清军正是顺风顺水，打得气势高涨，乌鲁木齐都拿下了，拿吐鲁番又有什么难，他们也是被如今的战况冲昏了头脑，认为清军是战无不胜，攻无不克的，但是每个人在无敌的背后总有软肋可以找到，左宗棠大人只是淡然地甩出一句话，问若要打到十一月底，还需要多少银子。底下人立刻算了起来，最终的结论是还得二百万两银子。
这个时候众将犯难了，他们只是搞进攻的，谁去搞经济都是一头雾水。左宗棠大人摇了摇头，说他们算错了，还要再加一百万银子才够，因为马上就得给刘锦棠增兵了，不然他就快成光杆司令了，刘锦棠没兵了？这怎么可能？众手下满肚子都是疑问，都求老大人赶紧明示吧。金顺是个仁将，这样的人做主将，难免不够杀伐决断。所以金顺去打玛纳斯，一定很费劲，恐怕还得求刘锦棠支援他。只是刘锦棠已立功多次，为了顾全金顺的面子，他自己是不会去的，只会把兵马派去支援金顺，这是左宗棠大人的意思，可刘锦棠的兵马也不多，再分给金顺，他不就成了光杆司令了？若被敌人探查到刘锦棠手下空虚，集中力量打他，那刘锦棠可就危险了。尽管有些人觉得左宗棠有点担心得多余了，但也没有人出声反对，毕竟是自己的统帅，加上戎马半生，基本上的政策和战略部署他们都是听从左宗棠大人的意图，才不至于都打败仗。
左宗棠大人见士气不振，连忙又说，眼下要赶紧把钱筹集好，事已至此，也无法挽回了，今年虽然拿不下吐鲁番了，但能拿下乌鲁木齐也算很难得了。随后左宗棠让人去找胡雪岩想办法凑钱，打算做持久作战的准备了，是要准备好打持久战的样子了，我们的兵增援，阿古柏的军队一定也会增援，所以必须要在势均力敌的时候击败对方，要不然兵力超过了阿古柏那也是不太现实的事情，军队太多容易引发吃空饷，所以还是节俭兵力还是重中之重的目的。事实还真和左宗棠大人担心的一样，金顺在玛纳斯吃了大亏，死伤无数。小小的玛纳斯战力超群，称之为清军绞肉机也不为过，金顺没办法只能厚着脸皮向刘锦棠求援。刘锦棠无奈派遣了六千人前去支援金顺。左宗棠大人在大营中已经是拍案了：“本帅早就告诉金顺不要优柔寡断，要沉着冷静，愣是不听，现在好了真要把刘锦棠变成光杆司令，让刘锦棠去拿什么跟阿古柏打。”，左宗棠大人这一次是真生气了。刘锦棠此时手底下没什么兵马，无法继续进攻，只能换成防守阵势，坐拥地利，与阿古柏的军队对峙，这是刘锦棠将军唯一能够想出来的好办法了，其他的想法都不太现实，只有这么多的士兵，不能那他们的嘛命去冒险。此时有了援军的金顺开始攻打玛纳斯。他让清军用火炮日夜攻城，又在城外修筑战壕，士气一时无两，可即便如此，城还是没打下来，清军死伤惨重。此时徐学功对金顺说，我们围城这么久，顽敌应该也没什么吃用了，不如咱们招降他们吧，说不定他们为了一线生机能够答应呢。对于这个建议金顺不肯采纳，他打了这么久还没破城，心里一肚子火。
金顺和徐学功都恨不得把那些敌人全宰了，怎么可能去招降他们。金顺让清军挖地道，在城底下埋炸药，把城墙炸开，然后让清军从城墙缺口往里冲。可是城中的守军也是悍不畏死，拼命堵塞豁口，一时间，在豁口处死尸堆积成山，拼到最后清军的优势大一些，敌军的指挥也被火炮炸死，这样又打了一段时间，玛纳斯的守将终于决定投降了，可是他们的投降也算是诈降好了，可这些人投降也不老实，那些兵士混在百姓中一起出城，还带着武器，金顺担心有诈，就让城里的人放下武器，可那些人却不肯，还向清军发动攻击，那清军也是严阵以待，见是如此，就一鼓作气，也不管是兵还是百姓了，全都杀戮一空。就这样玛纳斯终于被金顺给打了下来。不过这一战，清军虽然胜了，也是惨胜而已，对于金顺，左宗棠对刘锦棠说，金顺这人只知道贪功，难成大事。不过在向朝廷禀报战事时，左宗棠却没有批评金顺，这就是他的聪明之处，毕竟在这种关键时刻，要维护军队的团结一致，才可以在最大的限度内去争取胜利。
紧接着，金顺的部族进入到了玛纳斯以后，他多月以来积压的仇恨全部都发泄到了那些叛军的头上，清军破城后，金顺所部率先入城，面对城内数不尽的百姓尸首，这些都是叛军在城破前处死的无辜老弱妇孺，真是丧尽天良，见此情景，清军将领金顺莫不悲伤，再加上3个月来那么多牺牲的战友，金顺震怒了，他不顾左宗棠“杀人过多，有失民心，不利屯田。”的告诫，将活捉的数千名叛军全部斩首示众。随后刘锦棠等部清军一起入城，清理尸首，安抚幸存的1500名百姓，玛纳斯这才回到祖国的怀抱。
随后，随着清军收复玛纳斯，阿古柏在北疆最后一个据点就此被清军拔除，左宗棠收复了整个天山以北的北疆地区（除了沙俄侵占伊犁外），左宗棠收复新疆的目标完成了一半，自肃州誓师出关以来，清军用1年多的时间就收复了北疆，不得不说是一个奇迹，玛纳斯之战后，冬季也来临了，新疆的冬季格外寒冷，更要命的是，大雪通往南疆的通道全部阻断了，左宗棠想乘胜南下的计划暂时被搁浅，再加上1年多的战事，使得清军将士也非常疲惫，继续休整。于是，左宗棠决定暂时停止进攻，养精蓄锐，以待天气好转后再做打算。
随即，沙俄方面已经震动了，沙皇亚历山大二世已经是处于一种十分震惊的状态了，他居然想不到清军在短短的一年多的时间里收复了整个北疆地区，而且他连巴尔喀什胡都没占下来，自己的士兵也已经伤亡在了三万多人以上，亚历山大二世顿时有点后悔去扶持那个阿古柏的叛军政权了，假如万一真的把清军惹怒了，估计自己还要再签一次城下之盟，那太不值了，但是亚历山大二世坚持自己的原来想法，哪里都可以丢，伊犁不可以丢，这是底线和原则。
随即，清军从乌鲁木齐开拔，进军南疆地区。