当我听到了新疆被那些浩罕国的亡命之徒给占了的时候，十分的气愤。中华疆土光耀四方，怎么可以未经我中国之允许而妄然进攻我们的新疆地区，难道他们不晓得他国领土不容侵犯，或者叫中华领土不容侵犯，让他们滚回去。但是，朝中就分为了两派，一派认为要打另外一种叫和，当然和的一派就以李鸿章等人为代表，因为他们觉得中国上下这么多的领土，丢了一百多万也没什么关系，但是，左宗棠等人力争：“倘若新疆地区一丢，西北门户一旦打开，则干扰青海、甘肃以及广大的西南的地区，此乃国之耻辱，新疆乃为我中国旧土，臣觉不允许新疆地区上驻扎这外洋的一兵一卒。”，而且，这个时候也是海防和塞防的力争，曾国藩认为要搞好塞防，拱卫京畿要地。而李鸿章认为，国家需自强，海军必然要屹立于世界民族之林中。
而这个浩罕国入侵中国的新疆其实在戊辰年以前就开始了，新疆的维吾尔、回族等各族民族发动了起义，后因领导者自身蜕变或封建主窃取领导权等故，出现了伊犁、库车、乌鲁木齐、喀什噶尔、和田等五个割据政权。其中，喀什噶尔的封建主金相印和司迪克向浩罕汗国请求迎回张格尔之子布素鲁克，而浩罕汗国派该国军官阿古柏同布素鲁克于1月侵入南疆，随后，阿古柏得意忘形，阿古柏驱逐司迪克，强占喀什噶尔新城，又攻占英吉沙尔。同年，一支7000人的浩罕败兵投奔阿古柏，进一步加强了其力量，年底，阿古柏诱杀哈比布拉，吞并了以和田为中心的割据政权。，阿古柏消灭了以库车为中心的政权，势力到达喀喇沙尔和库尔勒一带，成立“哲德沙尔汗国”，自立为汗。阿古柏又侵入北疆，侵占了乌鲁木齐和吐鲁番等地，至此，南疆全部和北疆的部分地区都被阿古柏侵占。而且，这个时候的阿古柏在俄罗斯沙皇帝国的怂恿下，在新疆站立了脚跟，俄罗斯沙皇帝国开始不将新疆叫新疆了，而叫它为东土尔斯坦共和国。
阿古柏侵占新疆期间，对内进行残酷的经济掠夺、恐怖的特务统治，不仅使普通民众受到沉重压迫，也加剧了浩罕贵族同新疆土着上层分子的矛盾，在新疆出现了期盼清廷和兄弟民族支援的民情，也有人长途跋涉至北京向清廷呈报情况，而英俄的介入，进一步使新疆问题严重化。
结果沙皇俄国开始了不做人，沙俄借口塔札别克为伊犁当地的割据势力接纳，出兵强占中国伊犁地区，以免前一年入侵北疆的阿古柏在伊犁“建立亲英的统治”，同时也为沙俄侵入全疆夺取重要桥头堡。，沙俄承认阿古柏政权，同阿古柏签订通商条约，攫取侵略权益。同年，一支伪装成商队的俄军企图偷袭乌鲁木齐，后在徐学功所部民团的阻击下撤退。伊犁地区多好的一块风水宝地被阿古柏这个浩罕国的首领给占了，很是不甘。
而后，英国人开始了蠢蠢欲动。自从两次鸦片战争把它打在了地上，可是这十年间又打算开始觊觎我中华的南疆地区，锡克戍卫府的将军直接把部队派到了中英西南边界附近，临阵以待。倘若英国人胆敢跨界进攻，他们立马杀进印度境内，把英国人狠狠地痛打一顿。英国在征服印度后，觊觎喀喇昆仑山以北的中国南疆地区，英印当局多次派人进入南疆活动，而阿古柏因对沙俄怀有疑惧，也希望得到英国的庇护。英国茀赛斯使团同阿古柏签订正式条约，英国在阿古柏统治区通商、驻使并取得诸多特权。
但是对于进攻新疆的这种大规模会战，左公还是很忧愁的，陕甘的困局也是一个大问题。沙俄攻占伊犁，进一步意欲代为“收复”乌鲁木齐，这引起朝廷警惕。朝廷命景廉、成禄等率军力图尽快收复乌鲁木齐等地，令刘铭传率淮军出关，令左宗棠“妥筹兼顾”，从陕甘局势看，左宗棠原计划先平定河湟马占鳌等部，再“一意西指”，但伊犁和乌鲁木齐的紧急局面使他决心提前打通入疆道路。1月，徐占彪奉左宗棠令进兵肃州。马文禄依托坚城固守。11月13日，清军攻占肃州，终于为清廷出兵新疆打通了道路。初，他进一步调派张曜所部\\\"嵩武军\\\"抵达玉门关，同年张曜部行抵哈密。索性，左宗棠大人开始了自己的挑选将领，结果，一个个的很怕死
从出关将领看，刘铭传称病求退，所部经曹克忠接管后军心不稳，最后取消了出关计划。成禄身为乌鲁木齐提督，却驻兵于远离前线的奇台，搜刮民财、诬民为盗（并曾纵兵残杀二百多人）、截粮截款、以戏班侍妾自娱，经左宗棠参奏后，被判处斩监侯。至于景廉，则缺乏足够的兵力。尽管如此，朝廷因其传统的用人政策，在边疆要员上多用“丰镐旧家”（主要指满族权贵），仍寄希望于景廉等人，8月命景廉督办新疆军务，金顺帮办，而左宗棠仅负责转运粮饷，且还要受到袁保恒的牵制，这为西征人为地增加了困难。同时，朝廷又陷入海防、塞防之争中。
还有就是攻打新疆有一定的国际原因，还有一个大原因是因为东瀛人进攻琉球群岛，使我东南海疆遭受到了巨大的威胁，中国的海疆问题也慢慢的凸显了出来，而我们的东海舰队以杭州、温州、常熟三艘中型舰船出动去绕着琉球群岛转圈，告诉东瀛人不要轻举妄动，这个时候后果很是严重的，而后李鸿章、鲍源深等人力主海防，主张暂时放弃塞防，“停撤之饷，即匀作海防之饷”；醇亲王奕譞在承认“严备俄夷尤为不刊之论”的同时，称赞“李鸿章之请暂罢西征为最上之策”，河南巡抚钱鼎铭还在李鸿章支持下撤回了原在左宗棠西征军中的宋庆部。湖南巡抚王文韶则主张塞防，认为：“目前之计，尚宜以全力注重西北。”丁宝桢、吴元炳亦提出沙俄是朝廷的心腹大患。经过了数天的讨论以后，朝廷同意便批准了初步得出海塞兼营的意见。在当年3月10日的谕旨中，朝廷要左宗棠统筹全局、陈述己见，其中有“关外一撤，藩篱难保”，“闭关自守，势不可能”等语。
左宗棠受谕旨鼓舞，4月的《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》中提出：“东则海防，西则塞防，二者并重”；不能”扶起东边，倒却西边“。当然，所谓“并重”并非平均使用力量，而是有一个先后缓急之分。他具体针对塞防论述道：西北塞防军费已经十分紧张，并无余裕可以划拨给海防；不收复新疆，陕甘清军便会被长期牵制，不仅不能裁减兵饷、助益海防，而且是“自撤藩篱，则我退寸而寇进”；新疆并非不毛之地，而有妥善经营、长期固守的可能性；如果“剿抚兼施”、“粮、运并筹”，收复新疆是有可能取得胜利的。左宗棠海塞并重的观点，是有关海塞之争的折片中占多数的观点；其中出兵收复新疆的意见，得到了军机大臣文祥的大力支持。与此折同时，左宗棠又上《遵旨密陈片》，批评当时督办新疆军务的钦差大臣景廉和帮办西征粮运的袁保恒，请求将两人调走，也获得了准允，5月，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务。
在海塞之争中，由于左宗棠等人海防和塞防并重的主张的充分发挥，不仅阐明了加强海防的重要性，更论述了塞防的迫切性，这就为清军出关收复新疆统一了认识；此外，左宗棠也在此过程中成为西征统帅，这也清廷为收复新疆作出的重大决策。这一仗打出了中华民族的威风和民族气节，左宗棠这一次站在了自己恩师林则徐的角度，终于知道了当年林则徐为什么苦口婆心的教导左宗棠，中国的敌人不是英国、法国，而是北方的劲敌——俄罗斯沙皇帝国。
随后，左宗棠十分的焦虑，因为有一个最大的问题就是没有经费。所以他特地找到了管理户部的四王爷奕詝要钱，可是奕詝也是很为难啊！全国上下一堆地方要用钱，这一次用钱的地方都是一些费钱的地方，西南、西北和中原地带全部要钱进行大规模的建设，国家的漕运以及银行中的存款也仅仅只能维持住表面的财政，所以只能让左宗棠大人自己想办法了。左宗棠大人在自己的府中踱来跺去，不知道怎么办可好。愈想愈烦躁，索性先去把地给浇了，随后，左宗棠大人自己一个人前几年开了一个不大不小的菜园用来自力更生，但是，正当左宗棠大人自己干的热火朝天的时候，突然，左府上来了一位贵客，他年过而立之年，身穿蓝色的蓝绸缎袍，头戴圆毡帽。对着门客讲：“鄙人胡雪岩前来拜见左宗棠大人。”，那个门客看起来不知道胡雪岩是什么大人物，他说：“左大人在他的院子里浇地呢，你自己进去找他吧。”，胡雪岩是一位知书达理的人，朝他点了一个头，给了几两散碎银作为答谢。
紧接着，胡雪岩就伫立在那里看着左宗棠大人在地里辛勤的劳作，完全没有高高在上的总督气概，与其他平常老百姓无异。胡雪岩抬头看了看天，日落西山，看起来马上就要天黑了，他才缓缓开口：“敢问，您就是左宗棠大人吧？”，左宗棠大人这才回过神来，连忙转头看向那位来客，脸上带着歉意的微笑。擦了擦自己的手，才缓缓地从田地里踏出，说：“敢问，贵客姓甚名谁，好让老朽晓得。”，胡雪岩谦恭地讲：“鄙人不才，姓胡名雪岩，曾是一位商人。”，左宗棠大人一听，明白了。他就是在乾嘉年间做生意起家，而且赚的盆满钵满的大商人胡雪岩，全国一半以上的店铺都有胡家的投资，可谓是富可敌国，与春秋时期的范蠡都有的一拼。
左宗棠大人讲：“胡大人来此想必不单单是叙旧这么简单。”，胡雪岩哈哈大笑：“左大人是个直爽的人，来，屋里请。有话咱们两人慢慢讲。”，左宗棠大人也是一个外刚内柔的人，看着这个年轻人仿佛看到了自己年轻的时候，也没起太多疑心就随同他一起进屋去了。胡雪岩一进屋就打开天窗说亮话：“左宗棠大人，鄙人知晓了您要远征新疆之事，实在佩服，但看左宗棠大人夜有所思，日有所想。想必出现了让左大人所忧愁之事，不知雪岩是否可以帮忙。”左宗棠大人也是知道胡雪岩也是好意，如果把胡雪岩争取了过来，那么远征新疆的经费基本上三年到五年是没问题的。左宗棠大人也是直言：“不瞒胡大人，老朽实是碰见了一些难题，不瞒你说，大清国的国库仅仅给了老朽一千万两白银作为战资，可是精打细算仍是赤字，将领五花八门，什么都有，军械马匹粮草弹药和后勤每个都要考虑进去，这是一笔不小的费用啊！” ，胡雪岩也是当然知道打仗肯定是要花钱的，他说：“左大人，经费的问题你放心，我来解决，就算鄙人砸锅卖铁也要资助左大人收复新疆，此乃民族之幸，中华之幸。”，那其他的问题只能让左大人自己考虑去了。但有了胡雪岩的话做保底，左大人的心也放下去了不少。
随后，左宗棠大人开始了战略战术上的研究和钻研，早在三月份时，左宗棠总督就曾致信总理衙门，除强调武力的重要，并指出关外诸军难以立即倚仗、关内局势也不利于立即出兵外，就战略提出：如果乌鲁木齐城收复，则军威彰显，再大兴屯田以保证长期后勤供应，安抚新疆各部族耕牧如常，依托稳固的形势，清廷可以进一步向沙俄宣示伊犁的主权，一旦不得不动兵，清军也有获胜的可能。总之，要粉碎俄人的侵略阴谋，必须先击败阿古柏、安定回部；欲收回伊犁，必须先收复乌鲁木齐，并且左大人提出了有名的“先北后南，缓进急战”的战略方针，即先安定北疆（但不急取伊犁），再进军南疆。这是综合考虑了敌方兵力部署、新疆地理环境以及历史经验的结果。阿古柏的势力集中于南疆，其在北疆势力比较薄弱，而北疆反抗阿古柏的势力则比较活跃，先攻北疆可以避实就虚，易于先声夺人，并可解除南下南疆时的后顾之忧。当然，也不排除阿古柏率主力支援北疆、双方展开恶战的可能，但只要清军能够取胜，则进军南疆会更加顺利。从地形地貌看，从北疆进军南疆，有利于避免清军受阻于塔克拉玛干沙漠；而且，北疆地广土沃，泉甘物阜，可供驻军及作为军储基地，甚至进一步作为全疆的政治和远征中心；从地理区位上讲，收复北疆，也可为收复伊犁创造必要条件。从历史经验看，清军平定准噶尔、平定大小和卓叛乱，也均采取先北后南的方略。（注：大小和卓叛乱是平定新疆叛乱，为1757－1759年，这个时期是清朝清高宗乾隆时期）。
而且，左宗棠大人为了提升军队战斗力，把自己手底下的老湘军全部裁撤了一番之后，又添加了新的战斗力使其满员编制了。同时这也是为了节约粮食和银两，而且左宗棠大人所挑选的兵马中绝大一部分都是来自陕西和河南，还有一部分来自甘肃和内蒙古一部的官兵，并且，这个时候的西部地区也是大规模的建设了数千个农村联合社，专门听从了中央政府的政策，军民一体参加生产。而且，在农忙时他们务农，农闲时练兵打仗，时刻准备着上战场，为国捐躯。随后，就是左宗棠大人手底下的官军总体也是要稍微做一个介绍，他的副将刘锦棠手底下有八千人的队伍，而北路方面有九千人的部队人数，而在南路的炮兵兼其他的队伍达到了一万人以上，而北路则达到了一万二千人的人数，共计两万两千人左右，分别为左军3营，谭拔萃分统；中军右翼3旗，左翼4旗；右军4营，谭上连分统；董字营3营，董福祥分统，余虎恩部原有3营，后增陶生林部1营，扩充为4营；黄恩鹏统领的旌善马队原为5旗，后扩充为6旗。还有其余各部队加在一起也至少超过了三万人的部队，那么军械方面也是很是考究的。
左宗棠大人的西征军械，一方面由在上海的采运局委员胡光墉采办并且转运西北，另一方面也通过在陕甘的就地生产加以补给。左宗棠先后创办西安机器局和兰州制造局（亦称“甘肃制造局”），为西征军修造枪炮。为了对付阿古柏军的洋枪洋炮，并由广州、浙江调来专家和熟练工人，在西宁造出大量武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，制造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。这两个制造厂撑起了西北五分之一的局面，还有就是以青海、新疆、贵州、广西加上甘肃这五个省的军械也是撑起了西北的一片天。
而在反观阿古柏一方，真的比西方蛮夷还要落后不知道多少倍。虽然他有洋枪洋炮的支持，但他能打得过身经百战、战无不胜的湘军吗？阿古柏的军队，总兵力多达5万人，其中骑兵约占三分之一。步兵的武器是火枪，骑兵则使用火枪和腰刀。除了火绳枪这种当时已经过时的古老火器之外，阿古柏军队从英属印度和奥斯曼帝国获得了1万多支恩菲尔德m1853前装线膛枪和斯奈得－恩菲尔德m1866后装线膛枪。前者在当时虽然稍显落伍，但这种口径0.577英寸的线膛枪曾是当时英军的制式步枪，它的性能可靠，射击精度高；后者则是从前者改造而来。此外，安集延（即浩罕）人在清代也一直有善战之名，连朝廷都一度认为阿古柏是“气吞天南之概”的强敌，尽管如此，此时阿古柏的军队更接近于“纸老虎”。一方面，浩罕人在阿古柏的军队里享有特权：军队的15个最高级军官“爱米尔”中，竟有14个人来自浩罕；另一方面，穿着褴褛衣衫和破烂鞋子、被强征来的士兵们则士气低落，逃亡现象时有发生。库罗帕特金就曾一针见血地指出：“从阿古柏军队的士气看，它不适于打硬仗。”跟我们在现代史上的一支军队有的一拼，我也就不点他的名了，但是他的原身出自同盟会。
随后，收复新疆的机会已经来到了。