首先，在写云南回民叛乱之时我们得好好的介绍一下中国历朝历代都很魔性的一个省份—云南。这个地区是个不一样的地方，放到现代地图中，它的三边全部是很厉害的存在，比如缅甸、老挝、柬埔寨还有泰国在东南亚也是很厉害的，当然是以前。在清朝时期，他们也都是我们的附属国而已。
云南地处西南边疆，境内多山，土地瘠薄，清政府每年向云南征收赋税达白银四十万四千二百两以上，各级地方政府的费用和官吏的“养廉”以及巧立名目的苛捐杂税，随征科派。当我初登基之时，看到了云南历年向朝廷进贡的银两就很是震惊，让一个偏远地区缴纳四十万的银子让当地老百姓怎么活下去。所以下令减免云南的赋税，从四十万两一降再降，降到了五万两的赋税。紧接着洋务运动时期也关照了一下云南。建立了昆明军械所、腾冲机器局、普洱第一工业局等一系列工业和民间的企业，带动了云南的经济增长，但就不知道怎么了，这里的少数民族看起来很是抗拒工业化，所以反了。我们在云南驻有绿营兵近四万人，每年所需俸饷及军械弹药、恤赏等费甚巨，其中半数以上由地丁银中支取，余由江南各省的协饷银补给。在打完各式各样的战争后，江南各省也是自顾不暇，因为银子的短缺，断绝了协饷银的来源，“军费不足，则加赋税；赋税不足，则抽厘金；厘金不足，则逼捐输”。各地团练“任意科敛，弊窦丛生。
云南是多民族的省份之一，有汉、回、彝、白、哈尼、壮、傣、苗、景颇等几十个民族。除汉、回两族外，清统治者对其他民族统称之为“夷”。回族人数约占全省人口的十分之一二。回民和汉族之间不断发生纠纷。早在嘉庆初年，就因回汉上层分子争夺厂矿利益，开始发生仇杀。道光朝以后，回汉之间的矛盾越来越大，械斗和仇杀的次数越来越多，并愈演愈烈。这种情况，使得云南的阶级矛盾和民族矛盾错综复杂地交织在一起。我登基的时候，云南边境的叛乱冲突一直很多，但没有大规模的反叛，结果这个时候突然回民的叛乱直接一拳把云南的工业体系砸了个稀碎，并且流民四起，民间冲突不断，随后上升为武力冲突。紧随其后发生了武装斗争和大规模的械斗，说白了就是几个村子的打架，不过打架的人数很多，武器很杂等以外。
这个时候，有一个读书人在云南战乱纷飞的时候站了出来，一挺胸膛：“回民同胞们，让我们团结起来，反抗清王朝的统治，恢复咱们以前的万里江山。”他的名字就叫杜文秀。6月，姚州（今姚安）回民首先起事，7月即攻占州城。在看到了姚州回民起事以后，杜文秀抓住时机，8月，杜文秀乘云南提督文祥率兵离大理赴楚雄的有利时机，在蒙化率众起事。随后，带动了9月7日，杜万荣、蓝金喜在大理府城起事。杜文秀闻讯，立即率军前往大理，与当地回民会合，大败清军，毙迤西道林廷禧、太和知县毛玉成等。这个时候云南回民大有燎原之势，我们在北京静观其变，当然肯定不会放任他们不管，随即命令：“靠近滇区一带的省份全部调集兵马进入云南平叛。”，随后黔军和桂军率先进入云南，为了以防万一，还请了湘军和淮军进入战场，也是有心了。大约规模三十万的部队分成了三路开赴于云南一带进行平定叛乱。
9月16日，大理知府唐惇培败逃宾川，回民军胜利占领大理城。夺据大理的胜利，使一部分起事军首领昏昏然，他们不去组织力量防御清军的进攻，却自恃有功，争权夺利。当得知朝廷派兵进入云南以后，唐惇大喜过望，连夜带着亲信和兵马与大军汇合，云贵总督岑毓英看到了自己的手下如此之怂感到十分的气愤，给了唐惇几个暴栗子，让他明白自己的错误。
然而，更为气愤的是：“10月23日，滇西回民军齐集大理校军场，筑坛拜帅。杜文秀以原提督署为大元帅府，组织大理伊斯兰政权。授蔡发春为扬威大都督，总各路军事，其他文武官员也各有职称。宣布“遥奉天地之召号，除满清”，并通令“改正朔，蓄全发，易衣冠”。这个时候说明了回民起义军杜文秀打算跟朝廷分庭抗礼了。岑毓英看到了自己的治下回民居然如此，也是流下了伤心的泪水，自己勤勤恳恳、兢兢业业，修水利、垦荒田、减赋税、搞工业。结果到头来，回民们还是对他毫无感情，毫无感情也就算了，还要反抗。是他的心受到了极大的伤害，左宗棠看到了他的这副摸样心中不忍。拍了拍他的肩膀语重心长的说：“毓英，振作起来。回民终究会在你的带领下走向富裕和繁荣的，总有一天回民也是整个中华民族中不可分割的一部分。”岑毓英听到了自己的前辈这么一讲，顿时没了悲伤之心。因为这个时候的岑毓英很是年轻，想要为国为民鞠躬尽瘁，所以就是心急如焚终究哭了。听到了左宗棠大人的一番劝说，他有重拾信心，打算帮助回民走向更好的明天。左宗棠看到了这个孩子有如此雄心，心里甚慰。想到了当年自己也是在岑毓英的这个年纪，被林则徐大人教导：“宗棠啊！以后咱们大清国的西北就交给你了，你不要给国家和圣上丢脸啊！。”这两句话深深烙印在了左宗棠的心里，所以他决心提携后辈，让他们不要在吃自己以前吃过的苦，也是想让自己的恩师在九泉之下可以安心的瞑目了。
7月12日，回民军占据距城仅五里的江右馆为大营，分据大树营、王家桥、堡基、马街子、碧鸡关、红庙、西坝等村寨，随即发动对省城的围攻。城内粮源断绝，战守无兵，云贵副总督恒春自缢而死；巡抚舒兴阿也“引疾乞假”，藏匿家中。次年夏，文祥指挥清军进攻下关东面的赵州。时值滇东、滇南回民军围攻昆明，滇西回民军便乘机袭击文祥部后路。清军腹背受敌，溃不成军，文祥退回镇南州，弥渡和云南县为回民军占领。清军营中乱做了一团，因为回民的攻势迅猛，让人琢磨不清。这个时候把太平军和捻军以及幅军调过来也是为时已晚，因为捻军和幅军的战斗力是可以的，但是关于民族方面他们是不合的，而且太平军军中虽是太平军，但也信教。所以，对于回民来讲就只有贵州的回民懂得云南的回民了。所以，曾国藩写信给贵州巡抚让他调集本地的回民支队来到云南协助平叛。贵州巡抚也是欣然同意，让统领带着回民支队进入云南与大军汇合了。
春，滇东、滇南起事军的主要领导人马德新和马如龙与官方订约，承诺“永不滋事”，并将围攻省城的回民军撤离，散归各地，滇东、滇南回民军第一次围攻省城遂告结束。结果滇东、滇南回民军从昆明撤围散归各地之后，当时任巡抚的张亮基即调集清军向回民进攻，回民自卫。马德新、马如龙乘机再次起兵，于是滇东、滇南回民起事军又得到了发展。次年2月，董家兰指挥“兴义营”团练军水陆两路对大理发动突然袭击。潜伏在大理城下的数百名练勇利用夜暗，用棺木装火药将城墙炸开，夺占了东门城楼，但从洱海进攻的团练主力因遇到大风浪，未能按期到达，以致对大理的袭击又遭失败。不久，董家兰因援邓川被起事军击毙，张正泰亦因内讧被部下杀死。张董二人既死，所部团练军一蹶不振，陆续被起事军消灭。春，马如龙受马德新之命，率部西援，4月底与李芳园部会合，共万余人，由南安州直逼楚雄。楚雄守军也是英勇奋战数昼夜，不能让回民起事军在这么嚣张下去了。随后发起数轮反冲锋将回民起事军的士气大大打击了，而且杀死杀伤回民军队五千余人。楚雄一战挫伤了回民的战斗性，紧接着向各部退去。5月3日，攻克广通。
5月5日，在回镫关大败楚雄援军，毙游击高天泽。但是我军也是奋起反抗，虽然大败而归但也是重重的打击了敌方的嚣张气焰。5月8日，又在小腰站歼灭楚雄清军千余人，毙千总苏镇东。5月21日，滇东、滇南回民军包围了楚雄府城。楚雄知府杨觐向褚克昌求救。褚克昌正在进攻弥渡、红岩，无兵可派，只得尽撤镇南大营清兵赴援楚雄。岑毓英也是开始慌张，因为回民的进攻速度比他们想象的要快速，所以亡羊补牢也是为时已晚。他们所能做的就是在各个地区尽量可能多的去消灭回民而不是全部消灭回民，因为就目前来看全歼回民不太现实。6月4日，褚克昌亲抵楚雄府城。马如龙、李芳园指挥回民军昼夜围攻。6月11日，用地雷轰塌城垣二十余丈，攻入城内。清军一部投降，大部被歼。知府杨觐、副将庆连等被打死，褚克昌逃往镇南。当岑毓英得知褚克昌逃往镇南十分气愤，将褚克昌的官职降了，次年1月，新任云贵总督张亮基于奏请以总兵褚克昌署理云南提督，办理滇西军务。褚克昌率兵西上，经禄丰、楚雄，于3月间至镇南州，接任提督。他一面分兵进攻回民军占据的姚州、大姚，一面率主力继续西进。回民军为了收缩兵力，主动放弃沙桥、云南驿等据点，退守云南县城。褚克昌尾追至云南县城下，指挥所部清军进攻县城和弥渡、红岩等地。面对褚克昌部清军的大举进攻，杜文秀一面派人发动滇东、滇南回、汉、彝各族人民起事，以牵制清军，一面催调正在进攻缅宁的大都督蔡发春率军回援。同时，致书澂江马德新，请求派兵支援配合，以切断褚克昌部的后路，造成东西夹击的态势。4月底，回民军大都督蔡发春攻陷缅宁后，即率领云州、顺宁、蒙化、缅宁起义军二万余东下，杨德明等也率大理、蒙化回民军八千余人，在云南县与之会合，联合向弥渡、红岩等地进攻，红岩、弥渡先后失守。回民军随即进攻云南县清军大营，并分兵一路，由虎应龙、保文明、桂春亮率领，北攻宾川。滇东、滇南回民军也先后攻占了南安州、镇南州和定远县城，控制了楚雄府全部州县。
楚雄的沦陷也是早晚的事情我们也没有办法去阻挡，因为这个时候的回民已经是如同风卷残云般的把云南各地全部占领了，现在在云南的清军大部已经绕着云南边境布防了，只要回民军队不突破到广西以及贵州地区也是苍天护佑了。曾国藩和左宗棠也是连夜的不睡觉去安排后面的事去了，他们作为久经沙场的老臣连声势规模远超回民的太平军都歼灭了，还怕那区区回民。越是在战场形势越严酷，他们就要越淡定，得保持军心不乱，8月18日，回民军发起进攻，9月9日攻破宾川清军大营，全歼守军，并杀死褚克昌。褚克昌全军覆灭。不久，马如龙等第二次围攻昆明，徐元吉战死，围城仅十日即被迫撤围。在杜文秀的指挥下，滇西回民军迅速扫清了大姚、姚州等地的残余清军，各将领乘胜向滇西各地清军发起进攻。蔡德春到楚雄与已参加了滇西回民军的李芳园会合后，于11月率军攻占了禄丰县和安宁州城。与此同时，陈义、杨德明、马金保、张遇泰等率部攻占了鹤庆、剑川和丽江城；虎应龙、桂春亮率部进攻3月，蔡发春、陈义率部由南北两路包围了永昌府城，经数月围攻，于7月底攻克。永北厅；蔡发春则率部返回云州、顺宁，转攻永昌府。
8月，杨荣、张遇泰克云龙州城（今云龙），姚得胜、保文明、虎应龙克永北厅城，9月，马成克龙陵厅城，10月，蔡发春、马国玺克腾越厅城。在此期间，滇西回民军还粉碎了署云南提督申有谋进攻大理，夺回了被清军一度占领的广通、禄丰等城。申有谋率残兵不足千人逃回省城。至此，西达龙陵、腾越、云龙、永昌，东至楚雄、广通、元谋、禄丰，南至缅宁、顺宁、云州，北抵剑川、鹤庆、丽江、永北，滇西二十余厅州县都在大理政权的控制之下。起义军声势规模浩大，虽然清军武器人数都占尽了优势可是面对着云南错综复杂和遍地开花的回民起义军也是一点办法都没有，有些地方的将领大有懈怠之势，打算不抵抗了。年底，马如龙联合昆阳杨振鹏和新兴田庆余部回民军，再次向昆明进发，开始对省城的第三次围攻。年初，云南府所属各州县大都被回民军占据，昆明成为一座孤城。当时，兼署云贵总督的云南巡抚徐之铭迫于形势，改变了一意主剿的态度，一面准备向回民军发动军事进攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民军中“议和”，用高官厚禄引诱他们投降。结果，正是这一条议和从此打开了回民起义军走向败亡的大门。3月，马如龙、马德新、杨振鹏等人正式向政府投降。为了表示对大清朝的忠顺，马如龙等亲自到各地说降，胁迫回民军将士解散或撤退，将回民军占据的昆明四周的昆阳、新兴、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民等城拱手献给清军。清军将领授予马如龙“署理总兵”的官职，授予马德新以“二品伯克”之衔。夏，马如龙写信给杜文秀，并派杨振鹏前往大理，一面以高官厚禄诱劝杜文秀投降，一面以军事进攻相威胁。
夏，马如龙又派他的亲信马负图到大理劝降。也是这一年夏天，马德新亲自出马，前往大理游说，6月，清廷调前两广总督劳崇光为云贵总督。劳崇光令署云南提督马如龙防守省城，筹集粮饷军火 ；令署理布政使岑毓英率军进攻滇西，8月，岑毓英临危受命，率清军从昆明出发，于11月20日占领楚雄。此后，岑毓英以楚雄为基地，分兵向大理进犯。清军虽先后占领了大姚、永北、邓川、宾川、浪穹、赵州、云南、鹤庆、丽江等地，逼近大理的南北门户上下两关，但岑毓英所率主力却被回民军阻挡于镇南和姚州，无法前进。2月，回民军在上关大败清军，并收复邓川、浪穹、鹤庆、丽江；不久，又败敌于下关，收复云南、赵州、弥渡。杜文秀乘胜派马得才率领援军从弥渡、三街间道插到镇南清军侧后，突然向清军发起猛攻。清军大败，岑毓英逃回楚雄。杜文秀领导滇西回民军乘胜向外发展，南面达于镇沅，北面达于维西。岑毓英也是无奈，只好灰头土脸的跑回了楚雄。曾国藩纵使有万般气愤也是无济于事，因为他深知到了这个关头每个将领都是重要的，中途换将也是兵家大忌。年初，回民军控制了滇西二十三座城市，这又如何？3月，劳崇光到达昆明，便积极部署对大理的进攻。次年2月，云南提督马如龙率领兵练八千九百余人由昆明出发，并指挥督标中军副将杨振鹏、楚雄协副将李维述、参将杨先芝、游击合国安、昭通镇总兵杨盛宗、腾越镇总兵田仲兴、普洱镇总兵李锦文等部清军和地方团练，分数路向滇西进攻。但李维述败于镇南，杨振鹏溃于宾川，杨先芝、合国安溃于姚州，楚雄、大姚两地的清军先后告急。杨盛宗、田仲兴等也因粮饷不继，分别从永北、蒙化、威远等地败退。回民军占领定远、大姚之后，进而包围了楚雄。
粉碎马如龙对滇西的进攻并进行必要准备后，杜文秀调集大理、楚雄、丽江、永昌、顺宁、永北、蒙化等地回民军十万余人（一说二十余万），由十八大司统率，分兵四路，向云南省城昆明发起大规模的进攻。其北路由大司衡杨荣、大司阃马旭、大司勋米映山率领，从定远出发，占领琅黑等盐井、罗次、武定、富民后，进攻昆明城北；西路由大司政刘诚、大司令马清、大司藩安长兴、大司隶刘纲率领，在占领禄丰、易门、安宁、碧鸡关后，进攻昆明城西；东路由杨威大都督蔡廷栋、大司平马兴堂、大司寇李芳园等率领，从大姚出发，攻占元谋、禄劝、柯渡、杨林等地后，攻昆明城东；南路由大司戎马国春等率领，在占领楚雄、南安、广通等地后，攻昆明城南。杜文秀坐镇大理，指挥各路大军。
岑毓英驻军曲靖，派出一万一千余清军赴援昆明、楚雄等地，企图阻挡回民军向昆明的进军。9月，回民军占领黑、白、琅等盐井，控制了盐井的税收，断绝了云南反动当局至关重要的财源；随后，在两个多月的时间里，连陷广通、禄丰、南安、元谋、武定、禄劝，切断了楚雄与昆明的联系。楚雄清军孤立无援，军火 粮饷皆缺，12月18日，回民军一举攻占了该城。至此，回民军控制了滇西全境。滇西全境都被回民军所占其实也没这么稀奇，因为这是迟早的事，不如放弃。以空间换时间还划算一些，2月19日，杨荣等部北路军攻陷富民，西路军占领安宁。
2月20日，上述两路回民军进至昆明城郊：北路军由富民进占昆明西北的团山、大普吉、梨烟村、夏家窑一带；西路军由安宁攻占昆明西面的碧鸡关、高嶢、梁家河、普坪等村寨。2月28日，南路军攻陷易门，3月9日、10日，在杨振鹏、田庆余等配合下，南路回民军袭占了晋宁、呈贡，随后即进占昆明城南的西岳庙、五华寺等处。至此，回民军从北、西、南三面包围了省城昆明。昆明的被围清军大营也是不得不管了，令云南巡抚刘岳昭率领所部湘军火速由黔入滇，以解昆明之围。在刘岳昭到达之前，防守昆明的署提督马如龙因在城外作战屡败，退入城内，采劝以防为剿”的方针，坚守不出，等待援军。他以“谋叛”的罪名捕杀了总兵合国安等数名回族将领，设立巡防总局，强迫军民日夜登城防守，并以自己和劝捐得来的资财充当军饷，以安定军心。这也是被逼的，因为昆明城一旦破了，那整个云南的工业体系终将化为梦中泡影。3月6日，岑毓英督率三万余清军，由曲靖赴援昆明：游击杨玉科率兵一部绕道四川会理，出奇兵抄袭回民军后路；岑毓英自率主力，进攻昆明城外的回民军，5月上旬，新任云贵总督刘岳昭率二万余清军由贵州毕节到达曲靖，亲率所部湘军往攻寻甸，令新任云南巡抚岑毓英配合马如龙解昆明之围。8月，岑毓英率其主力亲赴呈贡前线，指挥清军作战。清军在昆明外围东、南、北三个战场上，与回民军展开了激烈的争夺战。
次年3月，杨玉科联络当地的团练武装，采取声东击西的手法，相继袭占了大姚县的苴却、元谋等地，4月，又占领了武定、禄劝，5月，驻守罗次的征南大将军张遇泰不战而降。随后，杨玉科率清军向富民进攻。杜文秀派大司卫姚得胜等率军数万由大理东援。6月中，回民军由大姚、禄丰、富民三路齐进，分攻元谋、罗次、武定。在11月1日占领了武定州城和禄劝县城，年3月，当滇西回民军进至昆明城郊时，马如龙部将杨先芝、马天顺、马文成等率部倒戈响应，随即东进占领了寻甸和嵩明州城。这个时候回民的东征走向了衰亡。
（接下文）