正在胜利队的几人准备开亚特迪斯号出发的时候，回收的机器人却又复活了，数量相当的多。
在指挥室崛井对八尾博士说道：“八尾博士，听说你已经花了二十年研究麦格斯动力系统，对不对？你为什么要这样做？”
“这是因为，我坚信它能维护地球和平。”
“我想听你跟我说实话！”
“这是因为，我从小到现在一直想做一艘谁也见没过的，特别大的船。”
“这我了解，上一次的事真对不起呀，祝你早日成功八尾博士。”
“谢谢你。”
这个时候新城回来了，可是又要出发了，最后大家都到地下乘坐亚特迪斯号。
结果这个时候基地内发现入侵者，而且数量非常的多。
在地下大家都看到了破坏周围的机器人，于是几人都拿着海帕枪攻击机器人。
新城也吐槽到：“这些机器人，到底是出妖怪了还是又苏醒了？”
这个时候机械岛仍旧在攻击地面，队长也在催促着他们赶紧登上亚特迪斯号。
“这里交给我，你们快上亚特迪斯号。”大古说道。
走之前新城又给了大古一份弹夹，然后大家都马上离开了。
于是大古一个人面对许多的机器人，一个接一个的射击，无一例外被击中的全倒了。
上到亚特迪斯号的指挥，丽娜，新城，崛井到了驾驶室。
崛井说道：“要发动这个大家伙，一定要很大的动力啊。”
丽娜：“在上升中依靠麦格斯动力系统的运转，可能会引起很大的倾斜，大家一定要抓紧。”
然而启动亚特迪斯号还需要三分钟才能起飞。
在仓库和机器人战斗的大古，发现枪没子弹了，就赶紧换子弹差一点就被机器人近身了。
丽娜：“大古，我们要出发了，赶快从那离开。”
幸好有大古的帮助，亚特迪斯号及时离开地下，很快就飞离了基地朝着宇宙中机械岛的位置飞去。
然而这时候所有的机器人都飞了起来，破坏了墙壁在基地外合体成巨大的机器人“哥布纽（基加）”
在基地指挥室的野瑞也发现了哥布纽朝着基地走来。
而在地下水里的大古，拿出神光棒变成了迪迦应对哥布纽，然而前者根本没理他。
迪迦抱住哥布纽想阻止，结果哥布纽挣脱了迪迦的束缚还把迪迦推倒了，迪迦再次冲向哥布纽并绊倒它，在它身上捶打，还是被甩了下来。
迪迦还想阻止可是力气根本不如哥布纽，还被压在身下还是打不过。
已经飞到太空的亚特迪斯号崛井发现基地有危险，有迪迦在也不怕，他们就还是应对机械岛。
他们看到了就开启了德拉克炮，和许多的小炮攻击了机械岛。
在水里和哥布纽战斗的迪迦，看力气比不过就变成强力形，挣脱开哥布纽就把它甩到了后面。
结果被哥布纽给缠住挣脱不开了，然而哥布纽眼睛的灯开始熄灭就准备自爆。
亚特迪斯号的攻击对机械岛根本没作用。
迪迦看哥布纽这么难缠，就直接发动全身力量踢掉了哥布纽的左腿，然而一条腿和闪着一个眼睛的哥布纽还朝着基地走来。
迪迦则是赶紧把它从水里举着飞出去退出了，在空中迪迦耗尽能量消失了，而哥布纽也自爆了。
太空中机械岛也放出许多小的哥布纽，一群都撞向亚特迪斯号，于是新城和崛井驾驶飞燕一号保护亚特迪斯号。
变身迪迦耗尽能量的大古此时在基地外趴在哥布纽的碎片上，在大古的意识里想起以前的事情。
大古在意识中看到在太空作战的崛井被哥布纽击中了，于是赶紧飞回亚特迪斯号，新城则还在对付机器人。
大古看到这：“不只有我一个人。”
幽怜这个时候出现了：“是，这个光的力量，从远古以前一直传承到现在，现在人类正在朝着下一个时代迈进，光的力量再度被人类所需要，但是你并不是一个人，人类如果不能齐心协力，就不能够进去下一个时代，就像我们的种族一样面临绝迹......”
大古看手上的神光沉思道，这个时候野瑞开着小皮艇来接大古了。
野瑞和大古把哥布纽的一个碎片搬到船上还说到：“迪迦奥特曼，败给了这个机器人了。”
大古：“光靠迪迦一个人是不行的，我们也要齐心协力啊。”
“你说的很有道理。”
“干嘛要回收这个啊？万一复活的话不就惨了吗？”
“只是一小块而已，没有关系，不是说知己知彼才能百战百胜吗？对不对。”
于是两人就带着碎片回到了基地。
亚特迪斯号则开启了麦格斯动力系统飞到机械岛上空，然后机械岛的一个大洞打开了，结果亚特迪斯号就被吸进去了。”
大古这时候也回到了指挥室，八尾博士也很奇怪现在的事情，就觉得和麦格斯动力系统有关系，野瑞则是想用碎片看能不能有什么信息。
被困在机械岛里的亚特迪斯号也无法离开。
泽井总监问野瑞：“你准备怎么处理它？”
野瑞：“这个机器人可能是某一种机器生命体，这些破碎的碎片，既可以说是电脑也可以说是引擎，所以我能够让它说话。”
于是野瑞启动了碎片，上面浮出一个哥布纽的上半身。
于是野瑞问它问题：“请问你们是什么人？”
哥布纽说道：“我们是保障系统。”
队长说道：“保障？保障什么东西？”
“当禁止的动力被启动时，我们会展开行动。”
泽井总监问道：“什么行动？”
“当那种动力开始使用时把它消掉。”
队长：“被禁止的力量？会不会是麦格斯动力系统？”
八尾博士激动地说道：“别胡说了！那是我花了二十年的时间才研究出来的。”
大古看时候到了说道：“那确实是博士研究出来的，不过，那也是人类早晚都会发现的东西，不是吗八尾博士。”
“什么话？”
队长还继续问哥布纽：“是谁把你们送到地球来的。”
“我们的记忆体里没有记录是谁送我们来的，我们只负责执行我们的任务。”
泽井总监：“发现了拥有比自己更高科技文明的星球，就对它展开攻击，太过分了！”
野瑞则是拔掉线：“如果是麦格斯动力系统使它们活性化，具有行动能力的话。”
八尾博士：“对了，如果用相反的动力，让它们相互抵消麦格斯系统逆向位转动。”
队长：“可是该怎么做？”
由于白雪号还在，大古就开着白雪号朝着机械岛飞去。