莲花峰是当地人的叫法，其实这里的学名叫九莲山。这里就是后来的南少林祖庭所在地，原来这个后来赫赫有名的南少林，是用来看管小皇帝阿离一家人的。因为需要保密，因为需要理由，所以朝廷和少林寺借口建立南少林。从此小皇帝一家人住在后山一个山谷里面，唯一进出的山路上，建立了一座后世闻名的寺院。
南少林位于福建省莆田市荔城区清源山下林山村境内，南少林寺建于南朝初年，是南少林武术文化的发源地。莆田南少林寺不仅是佛教中禅宗的代表性寺院之一，也是中国武术南拳的发源地之一。其建于南朝永定年间(公元577年)，相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵“，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，莆田市荔城区九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大(占地约三万平方米)，武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。直至1986年，考古学家挖掘发现南少林寺遗址(泉州南少林寺遗址)。1989年，在政府的大力扶持下开始重建。
1992年4月25日，莆田市人民政府在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址。中国佛教协会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，确定并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下“的亲笔题词。原全国*****、中国佛教协会会长赵朴初老亲笔题写“南少林寺“匾额，支持南少林寺的开发建设。1998年12月8日，南少林寺重建工程竣工，正式向海内外开放。
唐太宗贞观年间，嵩山少林寺僧南下，不远千里来到九莲山，住锡在林泉院。此后，林泉院易名林山少林寺。北宋时，寺庙更加兴旺，僧人500多名，武风极盛，形成南少林拳。与北少林的腿功一起誉称“北腿南拳“。南宋时，寺院仍保留兴旺趋势。刘克庄也盛赞“邑之嵩山少林“。此后，几经兴废，几易其各，而为名寺。林泉院毁于清初。现在南少林寺遗址一带仅存一些附属寺院，如资福寺、红花亭等。
1990年4月13日，河南嵩山少林寺方丈德禅大师写下手书:“南少林寺就在福建莆田九莲山下“。中国佛教会会长赵朴初先生题写“南少林寺“寺名。1992年4月25日，经福建省人民政府批准，莆田市和莆田县人民政府在北京人民大会堂举行了南少林遗址论征暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会。1998年，南少林寺重建落成。2006年12月，南少林寺正式接纳广化寺方丈管理，成为两寺院共同统一体制。
福建莆田南少林寺是历史上的武林圣地，曾因“南拳北腿“与河南嵩山少林寺遥相呼应，世称“南北少林“，是我国佛教禅宗文化遗产和少林南拳的发源地。
武术是我国国宝，莆田是武术之乡，自唐代武则天首开武考以来，莆田共中全国级武状元12人，武进士307名，有22人任过兵部尚书。南少林寺是南拳的发祥地，也是东南沿海武术活动中心，南少林的“佛家拳“、“安海拳“、“一指禅“等名扬大江南北，远播日本、东南亚。1990年以来已连续举办五届南少林传统拳术大赛。各路拳师表演51种不同的拳械，110多个套路，并首次发现了新的拳种“佛祖拳“。习武有上自88岁的长者，下至5岁的孩童，反映了南少林故乡的武术遗风。
南少林寺原名林泉院，始建于南朝陈永定元年(公元557年)。林泉院的习武之风，缘起于唐初，传说唐太宗李世民登基后，辅公部将路得才聚众东南沿海沦为强盗，夜集明散，弄得民不聊生。唐太宗命已敕封为大将军的少林寺方丈昙宗率僧兵惩治海盗。昙宗派十三棍僧之一的道广和尚和僧广、僧满三人带五百僧兵入闽平暴。他们在当地收下不少禅宗弟子，沿海人民挽留这些救难的活菩萨。道广也感到盛情难却，就回嵩山少林祖庭禀告昙宗方丈，昙宗方丈送一首偈语让其在福建找一处同嵩山九顶莲花山相似的地方建一座南少林寺:一则示不忘祖庭;二则在沿海传播大乘禅宗。偈语是“傍海平盗日月久，九莲山下有宿头;南北少林同一寺，大乘禅在心中留“。
该寺所在的林山村周围有九座山围成一圈，形如九瓣莲花，寺院就坐落在花心的位置上，因此名为九莲山少林寺，俗称南少林寺。南少林寺在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的关系，南少林寺武僧所具有的强烈泊疾恶如仇、除暴安良的忠义精神，曾受到民众的推崇。在反清复明斗争中，南少林寺被清兵所焚毁，由于清廷的舆论封锁，这一段悲壮的历史鲜为人知，只是在民间悄悄流传。“寺因武显，武以寺名“，南少林寺是南拳的发祥地，当时此寺习练少林南拳武风极盛，并广泛流传民间。
去过北少林的人知道，嵩山少林寺北靠五乳峰，寺前有条小溪(少溪河)自右向左流过。河对面为少室山，寺右侧有塔林，右前方有“卧佛山“，左前方为九顶莲花寨。林山的林泉院，它背靠祖(朱)山等几个小山头，院前也有一条小溪从右向左流过(现为护寺河)。院右侧有塔群(今为塔里，塔西自然村)，寺院右前方也有一座“卧佛山“(当地叫它为弥勒献图山、石面桶)，寺院左前方有九叶莲花峰。
在林泉院遗址上重建的南少林寺四周山头海拔在600米左右，最高峰为北部的祖山(又称朱山，与明亡后天地会拥戴的反清复明精神领袖朱太子有关)，高642.1米，西部大舞寨600.2米，东部山头尾576.6米，南部斜仑595.5米，紫霄峰559米，南少林寺对面巨岩“石面桶“(卧佛山)576.6米。站在朱山半山腰，可以数得出九个山头恰似莲花，故乾隆莆田县志称为“九莲峰“。
林泉院正处在莲花心上，居九华山脉中段，其附近有九堆天然巨石也形似莲花，俗称“莲花穴“。林泉院的基地有二万多平方米。周围有苦竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院，环绕着林泉院形成洋洋大观的寺院群，十方丛林的恢宏气势可想而知。
考古队在南少林遗址考察附近的资福寺建筑大多已毁，现存一室，建于光绪二十四年(1898年)，内有一对石刻对联:“云日就瞻祝无最寿，天人欢喜演上乘禅“，为宣统皇帝的老师陈宝琛敬书。北面有一座“红花亭“，系明朝遗臣陆圻、郑郏创建于清顺治三年(1646年)，神案前有石砌莲花图案，亨柱上有“万物总归三尺剑，五云时现七星旗'的楹联，题头暗示天地会的武将万云龙和南少林寺五祖和尚反清复明之举，是天地会反清斗争的聚义厅。
林山村至今保存大量与寺院有关的地名，如院前、院后、院口、塔里、塔西、放生池、练功埕、马槽等，更有与习武有关的姑嫂营、南营、后营、尾营、将军庙、旗杆坪等，单是长226厘米，宽100厘米的刻有“诸罗汉浴煎茶散“字样的僧兵治疗伤病的石槽和7千多亩的茶园遗迹，就足见当年金戈铁马之盛。
九莲山下的小湾存有一块大石，上刻有“僧继言造“。据说这四个字是一个叫继言的和尚用手指刻写的，相传当年有一武林高手扮成游僧来林泉院偷走少林剑谱，继言识破后，在溪边拦截，却不动武，只说要架石替他做桥，说罢背起一块大石架在溪上，用手指写下此四字，然后客气地让路，那假僧一看，自知功力不如，就把包袱放下飞快逃走了。继言和尚以一指禅功扬名，传说他可用一指帮人治病。林泉院附近有一块“一指禅石“，象手一样，食指指向西方，形似南拳标准手势，成为当年照此石启示，练功坐禅的天造之物。
此外，这里相传的“千灵祖师斗山魈建苦竹寺“、“佛光创建霞梧院“、“吉星侍卫“、“五百僧洗反“等故事道出了一处处历史典故。在众多的南少林寺遗址研究中，第一个也是唯一的一个向国家申请探方考古。1990年12月1日至1991年5月25日，经国家文物事业管理局批准，福建省考古队对林泉院约3万平方米遗址进行第一期1325平方米的重点发掘，又出土了大量隋唐至清初的历史珍贵文物，发掘了五个刻有“僧兵“、“诸罗汉浴煎茶散“等文字的北宋石槽，史载只有少林寺才能冠以“僧兵“二字。考古发掘出土了“真觉大师难提之塔、林泉院、天佑“唐代石刻和“长兴四年岁次癸已正月“等字样的南唐陶质鸱尾等珍贵的历史文物。